苦荞地方种质资源的遗传多样性分析

利用SSR分子标记技术对中国苦荞主产区陕西、云南、四川、西藏等地的82份苦荞地方种质的遗传多样性进行了分析,以揭示中国特有的作物种质--苦荞地方种质资源的遗传多样性,促进苦荞优良品种的选育.结果显示:(1)所用25个SSR引物中有13个引物在苦荞地方品种中具有多态性,且扩增条带的稳定性较好,共扩增出208条条带,其中多态性条带200条,占总数的96.2%;(2)聚类分析结果显示,82份苦荞材料的遗传相似系数(GS)分布于0.52～0.85之间,平均值为0.69,在GS值为0.722的水平上,82份材料被聚为10大类群.研究表明82份苦荞品种间遗传多样性明显,具有丰富的遗传基础.     

基于ISSR标记的中国芋种质资源遗传多样性分析

本研究利用ISSR分子标记技术,对国家种质武汉水生蔬菜资源圃收集并保存的来自全国各地的72份芋种质资源进行遗传多样性检测。研究结果表明,13条ISSR引物在72份芋种质资源中共扩增出109条带,其中85条带具有多态性,平均多态性位点比率为78.51%;不同芋种质资源间遗传相似系数的变幅为0.56~1,说明ISSR标记能够揭示芋种质资源之间较高的遗传多样性;在遗传系数0.725处,72份芋种质资源被聚为3大类,为进一步研究芋种质资源分类、起源、保存和利用奠定了基础。     

乌塌菜种质资源遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR技术对48份乌塌菜种质资源进行遗传多样性分析。从60条随机引物中筛选出稳定性强、条带清晰且多态性丰富的9条引物进行PCR扩增,共扩增出103条谱带,平均每个引物扩增出11.4条带,其中多态性带85条,多态性位点百分率为82.68%。不同乌塌菜种质间遗传相似系数变幅为0.59~0.97,说明ISSR标记能够揭示材料间较高的遗传多样性。利用UPGMA聚类分析,ISSR标记能将48份乌塌菜品种完全区分开,48份乌塌菜种质被划分为4个类群,聚类结果与叶片颜色相关,为乌塌菜品种资源的研究利用提供参考。     

基于SSR分子标记的芋种遗传多样性分析

本研究利用SSR分子标记对来自于国家种质武汉水生蔬菜资源圃的110份芋种资源进行了遗传多样性分析.10对SSR引物在110份芋种资源中共扩增得到40条带,多态性百分率为100％,Shannon信息指数范围为0.390 5～1.426 8,反映了这110份芋种资源的遗传多样性程度较高.110份芋种资源遗传相似系数介于0.43～1,在遗传相似系数0.63处,聚类图将其分为6个类群.该研究结果为芋种资源的保护和利用奠定了基础.     

宁夏89份粳稻种质遗传多样性的SSR分析

选用分布于水稻12条染色体上的47对引物对宁夏89份粳稻种质材料进行SSR分析,以探讨宁夏粳稻品种的遗传多样性水平.结果表明,(1)47个位点上共检测到204个具有多态性的等位片段,每对引物检测出2～9个多态性片段,平均为4.16个;(2)聚类分析显示,89份材料的相似系数为0.63～0.91,平均为0.79.在相似系数0.718处聚为8个类群.研究表明,宁夏粳稻种质之间的相似性较高,遗传差异较小,遗传背景比较单一.     

罗汉松遗传多样性的SCoT分析

采用SCoT分子标记技术对8份罗汉松种质材料进行遗传多样性研究。结果表明,从80条引物中筛选出10条重复性好、条带清晰的引物进行PCR扩增,共产生136条带,其中多态性带122条(占88.97%),8个罗汉松种质间的遗传相似系数范围在0.39～0.80说明罗汉松的遗传多样性丰富。利用UPGMA进行系统的聚类分析显示,将8份罗汉松材料分为2大类;主成分分析结果与聚类分析结果相一致。可见,利用SCoT分子标记可有效的分析罗汉松种质资源的遗传多样性,为罗汉松种质亲缘关系的鉴别和分类提供理论依据。     

47份水稻品种资源的ISSR遗传多样性分析

为研究广东省惠州市种植的常规水稻品种的遗传多样性,本实验利用ISSR标记对47份水稻品种资源进行遗传多样性检测.从49条引物中筛选出5条重复性好,条带清晰的引物进行PCR扩增,共扩增出53条带,每个引物可以扩增出9～13条带,平均为10.6条,其中47条具有多态性,比率为88.7%.不同水稻品种间遗传相似系数变幅为0.319～0.936,平均达0.691,说明ISSR标记能够揭示材料间较高的遗传多样性.通过聚类,从分子水平对水稻品种资源的遗传关系进行分析,并对47份水稻品种资源进行分类,ISSR标记能将47份水稻品种完全区分开,为水稻品种资源的研究利用提供参考.     

基于ISSR标记的烤烟种质遗传多样性研究

利用ISSR标记分析了24份代表性烤烟种质的遗传多样性。从100个ISSR引物中筛选出10个引物,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳可以检测到208条稳定的条带,片段大小介于200~2 400 bp之间,条带数在7~37条之间;扩增片段中多态性带141条,平均多态性比率(PPB)为67.79%。 通过UPGMA聚类分析,24个烤烟品种分为5类,最大一类有12个材料,主要衍生于Coker319。品种间遗传相似指数(GS)范围为0.66~0.85,表明其遗传多样性较低,需要拓宽烤烟种质的遗传基础。同时,利用2个多态性好的ISSR引物可以将这24份烤烟材料区分开,每个品种都有各自独特的指纹图谱,表明ISSR标记适于烟草品种鉴定和遗传多样性研究。     

应用SSR标记分析中国糯大麦种质的遗传多样性

利用SSR标记对来自中国不同省市的76份糯大麦种质的遗传多样性进行分析,并以遗传相似系数为基础进行聚类分析。SSR标记分析表明,50对大麦SSR引物在76份糯大麦中共扩增出203个等位基因,属于高度多态性位点范畴。当遗传相似系数为0.70时可将76个糯大麦品种划分为5个类群,在一定程度上反映了与材料的地理来源和皮裸性。糯大麦资源平均Shan-non多样性指数显示,来自云南和西藏的糯大麦品种遗传多样性略高。SSR标记分析表明,中国糯大麦具有丰富的遗传多样性,对揭示糯大麦的起源与传播以及对资源的有效利用具有现实意义。     

中国芒（Miscanthus sinensis）种质资源SSR标记遗传多样性分析

利用33对SSR引物对来自中国16个省的46份野生芒(Miscanthus sinensis)种质进行遗传多样性分析。结果显示:(1)33对SSR引物共扩增出87条DNA条带,75条为多态性条带,占86.21%,条带大小范围80～310 bp;(2)遗传多样性参数分析结果:Shannon’s信息指数(I)变幅为0.020～1.522,平均为0.745,引物多态性信息含量(PIC)变幅为0.040～0.738,平均为0.445,遗传相似系数(GS)的变幅为0.315～0.933,平均为0.569,说明我国芒种质资源遗传基础宽,遗传多样性丰富;(3)相似系数UMPGA聚类结果与主成分分析(PCA)结果一致,可将46份种质分为3大类群,类群Ⅰ主要由中部芒组成,类群Ⅱ主要由北方芒组成,类群Ⅲ主要由南方芒组成,西南芒在每个类群中均有渗透,这一结果说明芒种质资源的遗传分化与其种源的地理分布有一定的相关性,但与地理起源不能完全吻合。     

Genetic diversity analysis of Cynodon dactylon (bermudagrass) accessions and cultivars from different countries based on ISSR and SSR markers

ISSR and SSR markers were used to evaluate genetic diversity among 33 Cynodon dactylon accessions and 22 cultivars from four different countries in order to provide information on how to improve the utilization of bermudagrass germplasms. Eighty eight bands were amplified by nine SSR primer combinations and 236 bands were observed from 23 ISSR primers. The results showed that 97.7% of the SSR primers and 86.9% of the ISSR primers were polymorphic. The genetic similarity coefficients (GSC), gene diversity (He) and Shannon index (I) were 0.58–0.97, 0.27 and 0.41, respectively, for ISSR and 0.52–0.97, 0.29, and 0.43 for SSR. The UPGMA analysis clustered the 55 accessions (cultivars) into three groups. The cluster results produced by the ISSR data were close to the SSR data results. Analysis based on the combined ISSR and SSR data was more closely related to the geographical distribution of the tested germplasm.     

利用SSR标记构建萝卜种质资源分子身份证

为了保护我国特有的优异萝卜资源,促进资源的有效区分和合理利用,保障我国萝卜产业发展,目前需积极开展萝卜种质资源的特异性鉴定和种质识别技术研究。本研究基于SSR分子标记、信息处理和图像处理技术,筛选出22对SSR引物对75份来源和特征不同的代表性萝卜种质进行鉴定,共扩增出153条带,其中多态性条带为87条,平均多态性位点百分率为55.49%,平均每对引物可扩增出6.95条带和3.95条多态性带,有效地显示出每份萝卜种质的特异性。基于最少引物鉴定最多种质的原则,利用MATLAB程序筛选出8对SSR引物,依据8对引物的扩增数据,经过多态性谱带的有序编码转换,构建出75份萝卜种质分子身份证。结果显示利用SSR标记构建萝卜种质分子身份证进行种质资源的鉴定和保护是可行的。     

利用SSR标记鉴定番茄种质资源

采用SSR技术,从32对番茄引物中筛选出9对多态性较高的引物,分析了24份番茄种质材料的遗传多态性。9对引物共检测到64条带,其中在每个位点上检测到3～12条带,平均为7．1条。供试材料间遗传距离介于0．031～0．437之间,平均遗传距离为0．198。UPGMA分类结果将24份材料分为抗病毒材料和易感病毒材料两大类,每大类进一步又分为小果型和中大果型两亚类。归类有较明显的遗传类型的趋同性,而与来源地没有相关性。     

甘蓝型特高含油量油菜种质资源及主栽品种指纹图谱构建

本研究选择特高含油量资源7份,与中国各油菜主产区具有代表性的主栽品种16份,利用SSR多引物组合法开展指纹图谱构建研究。选择多态丰富、图谱清晰稳定且来自不同连锁群的引物28对,对所有材料进行指纹图谱分析,共获SSR指纹条带302条,其中多态性条带为279条,每引物所获条带6-16条,平均10.79条,平均多态率92. 38%,通过指纹图谱将所有材料有效地区别开来。用非加权类平均法（UPGAM）聚类分析显示：高油材料之间以及高油材料与主栽品种之间遗传距离均有较大差异,在遗传距离0.171处可将23份材料分成9个类群,其中7份高油材料分处4个类群,遗传距离差异显著;而其他8份主栽品种被分别聚类在另外5个类群中;所有材料间皆具有丰富的遗传多样性,其中高油材料与主栽品种间遗传差异更大。     

中俄茄子种质资源遗传多样性研究

利用25对SSR分子标记和24个表型性状对105份中俄茄子材料进行遗传多样性分析。表型变异分析结果表明:24个表型性状在中俄材料间均表现出了不同程度的多样性,但是同一性状在中俄材料中多样性不同;主成分分析可将24个表型性状概括为果形因子、颜色因子、果实外观因子、叶片形态因子、果萼刺和花药条纹6个指标,其中果实特征占主要成分;利用UPGMA法进行聚类,遗传相似系数在0.4~0.8之间,平均值0.6。25对多态性SSR标记,扩增出122个条带,含有等位基因82个,其中有效等位数24.8个,PIC值为0.3~0.7。分子聚类的遗传相似系数在0.5~1之间,平均值是0.7。表型聚类和分子标记聚类的结果相似,105份茄子种质资源间的类群划分与地理来源之间没有直接关系,但与茄子的果实性状有一定的相关性。     

Effects of different conservation methods on the genetic stability of potato germplasm

A total of 50 potato (Solanum tuberosum L.) varieties were maintained in vitro or under field conditions at Keshan National Genebank (KNG) for 15 years. At the end of the conservation period, a two-year field trial was conducted to evaluate the effect of conservation methods on the genetic stability of accessions, using agronomic characters, isoenzyme markers, and DNA molecular markers. None of the 50 varieties maintained under field conditions had completely preserved agronomic characters. Plants kept in vitro demonstrated still lower level of stability than those conserved under field conditions. Differences in the isoenzyme electrophoresis patterns were found in ten of the varieties tested. The SSR (simple sequence repeat) analysis indicated genetic variation between each variety maintained in vitro and under field conditions and showed the genetic similarity coefficient ranged from 0.735 to 0.993. Three of the accessions maintained in vitro and under field conditions did not cluster together. The results suggest that the genetic stability of varieties maintained under field conditions was higher than those maintained in vitro. Therefore, in order to maintain the genetic integrity of potato germplasm resources, field conservation should be used for long-term conservation of potato germplasm collections, and the genetic stability should be checked regularly.     

应用SRAP标记对莲藕资源的聚类分析

利用一种新的分子标记SRAP技术对17个莲藕品种进行了DNA多态性分析。选取7对引物扩增基因组DNA,共获得168条带,其中159条为多态性条带,每对引物平均提供24个标记信息。由UPMGA方法得到的聚类分析结果表明了17个品种间的遗传关系:(1)亚洲莲与美洲莲之间有明显的差异;(2)在亚洲莲内部,藕莲和花莲有明显的遗传分化,在花莲内部亚洲莲与美洲莲的杂交后代和其它花莲品种之间存在明显的差异;(3)SRAP标记是作分子图谱的好标记,但很难区分遗传关系较近的品种。     

Genetic Diversity of Radish (Raphanus sativus L.) Germplasm Resources Revealed by AFLP and RAPD Markers

Genetic diversity of 56 radish accessions, representing nearly all the typical types and origins of cultivated radish germplasms conserved in the National Mid-term Genebank for Vegetables of China, was assessed with amplified fragment length polymorphism (AFLP) and random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. A total of 72 and 128 polymorphic bands were generated by the 12 selected RAPD primers and eight AFLP primer combinations respectively. A moderate correlation with the value of r = 0.66 was observed between AFLP and RAPD markers. The total 200 polymorphic bands were integrated to assess the genetic diversity of 56 radish accessions. The Jaccard similarity coefficients between the accessions varied from 0.30 to 0.83 with the mean of 0.54. Cluster analysis classified the germplasms into three groups of var. hortensis Becker, var. sativus, and var. niger Kerner. The three-dimensions scatter plot of principle coordinate analysis (PCA) further divided var. hortensis Becker germplasms into two separate groups. The results indicated that the genetic diversity harbored among var. hortensis Becker germplasms was very abundant, which could be further exploited for radish genetic improvement.     

SSR标记对不同黄籽甘蓝型油菜亲本材料的遗传分析

杂交育种中,亲本选配是育种成败的关键。本研究以重庆市油菜工程技术研究中心提供的180份甘蓝型黄子油菜亲本种质为材料,应用分布于不同连锁群的60对SSR标记进行了分析,共检测出308个标记位点,每对引物在不同亲本材料之间的等位基因数在1～11个之间,平均位点为5.1个。其中多态性位点207个,多态率达67.2%。对SSR扩增结果进行UPGMA分析,在遗传距离0.566处,180个品种(系)分为3个类群,聚类结果与种质来源比较一致,本研究为甘蓝型油菜黄子杂交育种和优势组合的选配提供了理论依据。     

肉质色不同萝卜遗传多样性的SSR分子标记分析

利用微卫星(SSR)标记技术,从600对SSR引物中筛选86对扩增条带清晰的引物,检测了来自我国不同地区37个肉质不同颜色萝卜品种的遗传多样性。86对引物共扩增到976个条带,每对引物扩增出2～17个条带,平均为10.7个,其中多态性条带892个,多态性条带比例为91.39%;共检测出753个基因型,每对引物检测2～20个基因型,平均8.7个,其中有效基因型443.99,有效基因型比例为58.96%;Shannon多态性指数变幅为0.44～2.77,平均1.76。当相似系数为0.81时,可将供试萝卜分成3类,第I类包括6份白色肉质萝卜,第II类包括3份红色肉质萝卜和6份白色肉质萝卜,第III类包括22份红色肉质萝卜。各红色肉质萝卜品种间的遗传相似系数有97%大于0.80,而各白色肉质萝卜品种间的遗传相似系数有91%大于0.80。红色肉质萝卜遗传多样性略低于白色肉质萝卜,红色肉质萝卜与白色肉质萝卜间平均相似系数为0.83,说明不同肉色的萝卜间亲缘关系较密切,在分类上红色肉质萝卜可能是白色萝卜的一个变种。