生物信息学中的数据库技术

生物信息学是近年来发展最快的学科之一,各类生物信息数据库不断的涌现。随着生物分子数据量的迅速膨胀,数据结构日趋复杂,生物信息学对数据库技术提出了更高的要求。本文讨论了目前生物信息学中数据库技术的发展现状、面临的问题和未来趋势,主要包括数据库管理、数据库分析、数据库集成等。     

生物信息学及其在环境微生物研究中的应用

生物信息学的快速发展,推动了微生物信息学的建立。模式微生物基因组学的研究,极大地丰富了生物信息学的内容。微生物结构基因组学和功能基因组学研究试图揭示基因结构与功能的内在联系,绘制出基因调控网络图。基因组功能注释是功能基因组学研究的主要目的。基因芯片技术的运用,成为环境微生物生态研究和功能酶基因定位的有力工具。生物信息学为环境微生物的研究和发展提供了一个崭新的信息平台和技术手段。介绍了一些相关数据库和专业网站。     

科学出版社生命科学编辑部新书推介

生物信息学方法指南 S.米塞诺,S.A.克拉维茨著欧阳红生等译 2005年3月出版7-03-014465-1／Q.1498定价:58.00 计算机在管理生物学日益增长的海量数据方面起到了不可估量的作用,并推进了现代生物学的快速发展。本书详细 介绍了一些重要生物学软件和数据库的使用,同时提供了一些实用的技巧和最新研究进展。全书分为五部分,包括序列分 析软件包、分子生物学软件、网络信息资源、计算机和分子生物学的关系、生物信息学教学与最新文献跟踪。内容全面,实用 性较强,可帮助生物信息学人员对该学科有更深入地了解。本书可作为大专院校、科研机构的分子生物学、生物信息学等 相关专业的研究生、科研和教学人员的参考书。     

非专业研究生生物信息学课程教学中存在的问题及对策

生物信息学是一门多学科交叉的核心学科,对生物医学研究和发展有着巨大的推动作用。对非专业研究生生物信息学课程教学进行剖析,阐述了生物信息学课程的适用对象,总结了教学中存在的供需矛盾及课程教学中存在的问题,并提出了相应对策,为进一步提高非专业研究生生物信息学课程教学质量提供参考。     

关于高通量测序背景下生物信息学教学的一些建议

高通量数据背景下,生物信息学已成为解决生物问题一门必备知识和工具,本文从生命科学的现实背景出发,探讨了高通量测序时代关于生物信息学课程的教学内容、教学方式和教学目的方面的一些建议。期望通过现代生物信息学课程的设计和讲授,使学生及时掌握利用生物信息学处理前沿问题的能力,强化生物信息学实践教学中技能的培养,培养在获取、处理、开发和利用等方面有较强的研究能力和实践能力的生物信息技术人才,提高生命科学相关专业学生的社会就业竞争力。     

生物数据库建立与应用的研究

生物信息学是一门在生命科学的研究中计算机科学与生物学及应用数学等多学科相互交叉而形成的综合性学科。主要介绍了生物信息学数据库的分类和生物信息学数据库的特点及其应用,同时对生物信息学数据库的未来发展作了进一步的展望。     

生物信息学课程教学的初步探讨

结合教学实践,对在生物学专业开设生物信息学课程的必要性及具体的教学实施作初步探讨,为生物信息学课程教学提供参考。     

生物信息学的研究现状及其发展问题的探讨

结合生物信息学产生的历史条件,对生物信息学的定义进行了介绍;归纳总结了现代生物信息表述、采集、储存、传递、检索的表现形式-生物学数据库的分类与分布;着重介绍了生物信息学的主要研究内容和基本的分析方法,阐明了生物信息的分析和解读模式;强调了生物信息学与其他相关学科的相关性,提出了生物信息学发展的一些亟待解决的问题及其相应的解决方案。     

强化生物信息学实践教学的探索与成果

生物信息学是一门数学、统计、计算机与生物医学交叉结合的新兴学科。文章依据对生物技术和生物科学专业本科生开展新模式下的《生物信息学》教学实践,对教学模式进行全面深入改革与创新,实现理论教学、实践教学和网络教学的完美融合,创建了新世纪科学性教学体系,全面提高教学质量和水平,培养综合型人才。     

国内外生物信息学WWW服务器及数据库

生物信息学是一门新兴的交叉学科,近年来各类生物信息学数据库不断出现,其规模呈爆炸趋势增长,同时数据结构日趋复杂。目前生物信息学数据库服务已实现了高度的计算机和网络化。介绍国内外主要的生物信息学WWW服务器及其所含数据库的种类、作用。     

植物激素相关核酸和蛋白质二级数据库的构建与应用

以NCBI维护的一级数据库为数据源建立植物激素相关核酸和蛋白质二级数据库。将该二级数据库设计为基因、蛋白质和文献三部分, 编写软件从上述数据源中采集数据, 并以XML作为中间格式保存, 通过解析提交到二级数据库中并集成部分生物信息学工具软件, 初步实现了数据检索、统计分析、基于Web的本地化BLAST同源序列检索、序列的自动拼接以及蛋白质结构和功能位点的分析等功能。该二级数据库的构建为植物激素作用分子机理研究提供了高针对性的植物激素数据源和生物信息学辅助工具。     

BioManager: the use of a bioinformatics web application as a teaching tool in undergraduate bioinformatics training

The completion of the human genome project, and other genome sequencing projects, has spearheaded the emergence of the field of bioinformatics. Using computer programs to analyse DNA and protein information has become an important area of life science research and development. While it is not necessary for most life science researchers to develop specialist bioinformatic skills (including software development), basic skills in the application of common bioinformatics software and the effective interpretation of results are increasingly required by all life science researchers. Training in bioinformatics is increasingly occurring within the university system as part of existing undergraduate science and specialist degrees. One difficulty in bioinformatics education is the sheer number of software programs required in order to provide a thorough grounding in the subject to the student. Teaching requires either a well-maintained internal server with all the required software, properly interfacing with student terminals, and with sufficient capacity to handle multiple simultaneous requests, or it requires the individual installation and maintenance of every piece of software on each computer. In both cases, there are difficult issues regarding site maintenance and accessibility. In this article, we discuss the use of BioManager, a web-based bioinformatics application integrating a variety of common bioinformatics tools, for teaching, including its role as the main bioinformatics training tool in some Australian and international universities. We discuss some of the issues with using a bioinformatics resource primarily created for research in an undergraduate teaching environment.     

Computer applications in biomolecular sciences. Part 2: bioinformatics and genome projects

This article defines and describes some of the basics of bioinformatics and projects aimed at sequencing entire genomes. Emphasis is placed on some of the ways in which the primary structures of nucleic acids and proteins may be investigated and analysed to gain meaningful biological information using computers and appropriate software. The importance of the world wide net and access to it is given prominence, particularly in bioinformatics research and teaching.     

生物信息学本科人才培养的调研与思考

近年来,生物信息学已经逐步发展成为现代生物学和医学等领域的关键技术方法,社会对生物信息学专业人才的需求不断扩大,生物信息学的本科教育也受到了越来越多的关注和重视。为了探索更加合理的人才培养模式、完善课程设置和教学计划,本文以中美两国开设生物信息学本科专业的高校为对象,分别选取一些代表高校并进行深入调研,对比分析课程设置和人才培养现状。结果显示,生物信息学的跨学科性质在各高校中均得到一定体现,培养学生具有多元化的知识结构已经成为生物信息学人才培养的一项共识。同时,根据调研的结果,也对国内生物信息学本科教育提出一些启发与建议。     

国内外生物信息学数据库服务新进展

生物信息学是生命科学中最活跃的领域之一. 各类生物信息学数据库在近年不断出现,其规模呈爆炸趋势增长,同时数据结构日趋复杂. 目前生物信息学数据库服务已实现了高度的计算机和网络化. 算法和软件的进步、数据库的一体化、服务器-客户模式的建立使之成为生物、医药、农业等学科的强有力工具. 在国内北京大学物理化学研究所于1996年建立了第一家生物信息学网络服务器. 现已为国内外科学家提供了7万余次服务,在国际上具有一定影响.     

FLOSYS--a web-accessible workflow system for protocol-driven biomolecular sequence analysis.

FLOSYS is an interactive web-accessible bioinformatics workflow system designed to assist biologists in multi-step data analyses. FLOSYS allows the user to create complex analysis pathways (protocols) graphically, similar to drawing a flowchart: icons representing particular bioinformatics tools are dragged and dropped onto a canvas and lines connecting those icons are drawn to specify the relationships between the tools. In addition, FLOSYS permits to select input-data, execute the protocol and store the results in a personal workspace. The three-tier architecture of FLOSYS has been implemented in Java and uses a relational database system together with new technologies for distributed and web computing such as CORBA, RMI, JSP and JDBC. The prototype of FLOSYS, which is part of the bioinformatics workbench AnaBench, is accessible on-line at http://malawimonas.bcm.umontreal.ca: 8091/anabench. The entire package is available on request to academic groups who wish to have a customized local analysis environment for research or teaching.     

农业生物信息数据库发展现状及应用

农业生物信息数据库是农业科学研究者的基础工具,利用数据库中的大量信息,便于进行农业生物的改良与保护。本文介绍了农业生物信息数据库的发展状况及其应用,并讨论了目前农业生物信息数据库存在的问题。     

Bioinformatics

Bioinformatics is an interdisciplinary field that blends computer science and biostatistics with biological and biomedical sciences such as biochemistry, cell biology, developmental biology, genetics, genomics, and physiology. An important goal of bioinformatics is to facilitate the management, analysis, and interpretation of data from biological experiments and observational studies. The goal of this review is to introduce some of the important concepts in bioinformatics that must be considered when planning and executing a modern biological research study. We review database resources as well as data mining software tools.