昆虫质型多角体病毒同义密码子使用模式分析

昆虫质型多角体病毒(cypovirus,CPV)是害虫种群重要调节因子,可用作生物防治剂。本研究采用多元统计分析方法对7种CPV进行密码子使用模式分析,结果表明:CPV密码子使用偏好性较弱,多数基因密码子使用模式受碱基组成影响,少数基因密码子使用模式除碱基组成外还有其它影响因素;中性绘图分析表明碱基组成主要受选择压力影响,受突变影响较小。同一电泳型CPV之间比同一宿主CPV之间共有的偏好性密码子多。CPV基因组内10个基因组片段之间密码子偏好性存在差异。CPV密码子偏好性与宿主昆虫密码子偏好性存在差异,所有CPV与其宿主昆虫共有的偏好性密码子均较少。对应分析进一步证明碱基组成是影响密码子使用的主要因素,不同电泳型CPV具有不同的密码子使用模式。聚类分析表明同一电泳型CPV密码子使用模式相似,同一宿主CPV密码子使用模式差异较大。     

九种绢丝昆虫线粒体12S rRNA基因的序列特征和系统发育分析

为探讨鳞翅目中绢丝昆虫之间的系统发育关系和分子进化特征,本研究测定了中国柞蚕Antheraea pernyi野生型和放养型的线粒体12S rRNA基因的部分序列,结合来自GenBank数据库的17条序列,对总共9种绢丝昆虫（2科3属）的12S rRNA基因序列进行了分析。利用软件MEGA 3.1进行碱基组成、变异位点的统计和分子进化分析,分别用类平均聚类法（UPGMA）、邻接法（NJ）、最小进化法（ME）、最大简约法（MP）重建系统发生树。测定的中国柞蚕野生型的12S rRNA基因序列（427 bp）与放养型“豫早1号”的序列完全一致。序列对齐后共鉴定80个变异位点,50个简约信息位点。碱基组成分析显示在科属间具有明显差异,AT含量蚕蛾科高于大蚕蛾科;在A和T碱基的使用上,大蚕蛾科偏好使用T,而蚕蛾科则偏好使用A。与动物中常见的以转换为主的碱基替换模式不同,所分析的9种昆虫中除桑蚕属内部为转换与颠换基本一致外,其余物种间均是颠换多于转换。进化分析支持柞蚕属、樗蚕属和桑蚕属的单系。基于UPGMA法的进化树支持琥珀蚕是柞蚕属的较原始类型,而NJ、ME和MP法则支持印度柞蚕是较原始的类型,因此,柞蚕属种间的进化关系尚需进一步研究。     

中国野桑蚕性信息素合成激活肽(PBAN)基因的克隆及序列分析

根据家蚕(Bombyx mori)性信息素合成激活肽(pheromone biosynthesis activating neuropeptide,PBAN)基因DNA序列设计引物,扩增获得中国野桑蚕(Bombyx mandarina China)PBAN基因。分析表明,PBAN由33个氨基酸组成,在第14个氨基酸异亮氨酸和第15个氨基酸酪氨酸之间插入了698bp的内含子。根据PBAN及其基因cDNA、DNA序列分别构建分子进化树,结果显示3个水平比对结果构建的分子进化树有较好的一致性,推测PBAN基因可能适合于科、属之间的进化分析;并且PBAN基因内含子没有表现出特有的进化信息,推测PBAN基因内含子的进化与PBAN全长基因的进化在进化速率上并没有显著差别。相对于PBAN及α—SGNP、γ—SGNP,β—SGNP的进化速率相对较快,推测β—SGNP序列可能适合用于种间的进化分析。     

中国野桑蚕线粒体基因组特征

中国野桑蚕（ChBm）线粒体全基因组序列为15688bp,由13个蛋白编码基因、2个rRNA基因、24个tRNA基因和AT富集区构成,比家蚕和日本野桑蚕（JaBm）线粒体基因组多2个tRNA基因．除COI基因外（含有一个TTAG假想起始密码子）,所有蛋白编码基因含有典型的ATN起始密码子;13个蛋白编码基因中,有11个使用TAA作为终止密码子．除tRNA^Ser（TGA）-like具有四茎环结构外,其他的tRNA具有典型的三叶草结构．ChBm的AT富集区为484bp,短于JaBm和家蚕．系统发育分析表明,ChBm与家蚕的亲缘关系较近,与JaBm的亲缘关系较远．ChBm与家蚕的分化时间约在（1．08±0．18）～（1．41±0．24）百万年前,家蚕和JaBm的分化时间约在（1．53±0．20）～（2．01±0．26）百万年前,ChBm和JaBm的分化时间约在（1．11±0．16）～（1．45±0．21）百万年前．     

幼虫密度对二点委夜蛾生长发育及繁殖的影响

【目的】在不同幼虫密度饲养条件下,研究二点委夜蛾Athetis lepigone生长发育及繁殖的情况,明确幼虫密度对该害虫的室内种群增长的影响。【方法】本实验设置5个幼虫饲养密度即1,5,10,20和30头/瓶(750 mL),分别观察5个饲养密度下该虫的各个龄期及整个幼虫发育历期及存活率、蛹重、蛹期以及成虫生殖情况。【结果】幼虫密度对该虫幼虫各龄期及整个幼虫发育历期及存活率、蛹重、蛹期以及成虫生殖情况均有显著性影响。整个幼虫发育历期随着密度的增加而缩短,10头/瓶达到最短(18.27 d),之后随着幼虫密度的增加而显著延长;幼虫至蛹的存活率随着密度增高而显著下降,30头/瓶最低(39.37%)。蛹期随着密度的增加而延长(10头/瓶除外)。蛹重和每雌产卵量均以1头/瓶最高,随着幼虫密度的增加而显著下降。雌雄蛾寿命均以10头/瓶最长,与1和5头/瓶没有显著性差异。生命表分析显示:二点委夜蛾的种群增长指数以5头/瓶最高,幼虫密度过低或者过高均不利于种群增长。【结论】幼虫密度是影响二点委夜蛾种群增长的重要因子之一。     

非专业研究生生物信息学课程教学中存在的问题及对策

生物信息学是一门多学科交叉的核心学科,对生物医学研究和发展有着巨大的推动作用。对非专业研究生生物信息学课程教学进行剖析,阐述了生物信息学课程的适用对象,总结了教学中存在的供需矛盾及课程教学中存在的问题,并提出了相应对策,为进一步提高非专业研究生生物信息学课程教学质量提供参考。     

不同地理种群银杏大蚕蛾COI基因序列变异与遗传分化

银杏大蚕蛾Caligula japonica是亚洲东部的特有种, 既是一种重要的林业害虫, 也是一种珍贵的野生蚕类资源。为了揭示银杏大蚕蛾地理种群间的内在联系, 测定了我国分布的12个地理种群的线粒体细胞色素氧化酶C亚基I（COI）基因部分序列（GenBank登录号: FJ358506-FJ358517）, 对地理种群间的序列变异和遗传分化进行了分析。结果表明: 银杏大蚕蛾地理种群间的COI序列同源性高达99%~100%, 显示出比较小的遗传差异。序列对准后从供试COI序列中仅鉴定出9个变异位点和6个单元型, 其中3种是共享单元型。系统发育分析结果表明种群间已经按地理位置形成了一定的地理格局, AMOVA分析显示北方组和南方组之间已经具有明显的遗传分化（FST=0.478, P<0.001）。综合分析, 我们认为北方组和南方组之间的遗传分化可能与差异巨大的生态条件有关。研究结果为银杏大蚕蛾的种群遗传学和生态学研究提供了一个基本的分子生物学线索。