中国生物多样性研究文献计量分析

生物多样性是人类赖以生存的重要物质基础，中国在生物多样性研究领域做了大量的工作，发表了众多有价值的学术论文。通过文献计量方法，对2009-2018年中国生物多样性研究领域WOS（Web of Science）和CNKI（中国知网）数据库收录论文的数量及被引情况、载文期刊分布等进行统计；并借助CiteSpace文献可视化软件，分析论文的作者合作、合作机构、国家（地区）合作和研究热点等。结果表明：2009-2018年间，中国生物多样性研究领域共发表论文17035篇，其中CNKI收录文献13365篇，WOS收录文献3670篇；年度发文总量以及WOS年度发文量总体呈上升趋势；CNKI文献被引频次最高的论文是于2009年发表在《生物多样性》上的"植物群落清查的主要内容、方法和技术规范"，WOS文献被引频次最高的论文是于2011年发表在Global Change Biology上的"TRY-a global database of plant traits"；朴世龙教授、骆亦其教授和唐志尧教授等是基于WOS文献的生物多样性研究领域核心作者，王得祥教授、马克平研究员和张文辉教授等基于CNKI文献的生物多样性研究领域主要作者；WOS文献与CNKI文献发文量最多的机构均为中国科学院所属相关科研院所；与中国合作的国家或地区共有106个，包括美国、英国、澳大利亚等；《生态学报》和Global Change Biology分别是该领域中文和外文文献的重要期刊载体；基于WOS文献的研究热点为气候、土壤等环境因子变化对物种多样性的影响研究以及基于微卫星分子标记技术的物种遗传多样性研究，基于CNKI文献的研究热点为环境因子与群落结构的关系研究。上述研究结果从收录论文的角度，定量、客观、科学地描述了2009-2018年中国生物多样性研究状况及研究热点，以期促进中国生物多样性的深入研究，并为相关领域学者凝练研究动向和科学问题等提供参考信息。     

气候变化背景下生物入侵研究态势的文献计量分析

生物入侵严重威胁生物多样性与生态系统健康,对全球环境、经济造成极大损失,而快速的气候变化显著影响外来生物的扩散和入侵进程。探讨气候变化背景下生物入侵研究态势能够从宏观上把握该领域的国际研究现状与热点,为深入理解外来种入侵机制和制定合理的防治策略提供参考。该文基于最近27 a间(1990—2016年)科学文献数据库Web of Science中科学引文索引扩展版(SCI-E)数据,利用TDA等统计工具对气候变化下生物入侵方面的研究进行了文献计量分析。结果表明:27 a间共发表论文1 736篇,论文数量整体保持增长态势,2009年开始进入快速发展阶段;该领域的研究涉及环境科学与生态学、生物多样性保护、植物学等多个学科;澳大利亚莫纳什大学Chown SL教授发文量最高(35篇);美国的总发文量(708篇)和高被引、高影响因子论文数量均居世界首位;发文量最多的研究机构是加利福尼亚大学(93篇),中国科学院发文量居世界第10位(27篇);Biological Invasions是刊文量最大的学术杂志;物种分布模型、生物多样性、全球变暖、风险评估等是近年来该领域的研究热点;中国共发表论文52篇,中国科学院是国内最大的发文机构,其中,动物研究所、武汉植物园、植物研究所的发文量居中科院科研系统前三名;中国在气候变化下生物入侵领域的高被引、高影响因子论文数量及国际合作强度亟待提升。未来需重点关注气候变化下生物入侵的预测与风险评估、生物入侵与生物多样性关系、入侵物种的系统进化、入侵生态系统的多营养级关系、海洋生物入侵、生物入侵与人类健康等问题。     

基于文献计量的植物雌雄异株研究进展

雌雄异株植物是研究植物性别的理想材料,同时作为生态系统的重要组成部分,对生物多样性的维持与保护起着重要作用。该文从文献计量学角度综述了雌雄异株植物相关研究的进展。通过检索Web of Science(WOS)平台的SCI-E数据库和CNKI数据库的有关雌雄异株研究的文献数据,从文献年代分布、期刊分布、研究国家与机构、核心作者和高引论文等方面进行了分析,并借助CitespaceⅢ信息可视化软件绘制雌雄异株植物研究的科学知识图谱,总结了雌雄异株研究的热点和前沿。结果表明:WOS数据库中,雌雄异株植物研究呈现快速上升趋势,就发文总量来看,发文前五的国家为美国、日本、加拿大、英格兰和中国。其中,美国发文量占比为31.03%;中国科学院为发文量最多的机构,发文占比3.36%,其次为牛津大学(2.613%),多伦多大学位列第三(2.427%);中国,巴西和印度三国,西班牙马萨里克大学和北京林业大学两个研究机构近5年来在该领域发文增量较快。论文主要集中在植物科学、环境科学与生态学和遗传学等学科。载文量前十位的期刊累计载文占比高达24.13%,发文量最多的期刊为American Journal of Botany,占总发文量的6.07%,其次为Evolution(2.80%),Annals of Botany(2.52%)排名第三。发文最多的作者为捷克科学院的VYSKOT B,发文占总数的2.57%,高引论文大多出自美国学者之手。从CNKI数据库看,西华师范大学、北京林业大学和河南师范大学发文数量位列前三,发文量最高的期刊为《生命世界》,占总发文量的3.00%。综合Web of Science和CNKI两大数据库的文献来看,青杨和番木瓜作为研究雌雄异株植物的模式植物,近年发文较多。当前的研究热点主要集中在雌雄性别决定,繁殖代价,雌雄个体对环境因子的响应差异等方面。     

基于文献计量分析的国际海洋科学研究发展态势

海洋在调节全球气候和生物地球化学循环等方面起着关键作用。基于1900—2017年间Web of Science数据库中的SCI论文,利用TDA等工具对海洋科学领域进行了文献计量,并对比分析了国际主要海洋科研机构的学术影响力,以期从宏观尺度上为海洋保护决策提供参考。结论如下:(1)发文量较多的国家有美国、英国、法国、中国和德国;(2)发文量较多的机构有中国科学院、美国海洋和大气管理局、美国加尼福利亚大学、俄罗斯科学院和美国伍兹霍尔海洋研究所;(3)Journal of Geophysical Research-Oceans是海洋科学领域刊文量最大的SCI期刊,刊文主题主要集中于海洋物理、海洋地质和海洋气候等方面;中国在Acta Oceanologica Sinica的发文量最大,但其高水平的海洋科学论文数量需进一步突破;(4)基于h-指数的学术影响力分析结果表明,美国伍兹霍尔海洋研究所和美国斯克里普斯海洋学研究所在15个国际主要海洋研究机构中的排名分别居于第1、2位,中国亟待提升其在海洋领域的国际学术影响力;(5)当前主要关注点为:热点海洋区域(北冰洋、南大洋、北极、南极洲)、海洋监测技术(遥感技术、稳定同位素)、海洋生态系统结构(浮游植物、浮游动物、沉积物)、海洋环境变化(气候变化、海洋酸化、海冰);(6)未来重要研究方向有:海洋生态系统-全球气候变化耦合关系、利用新兴技术监测海洋动态、深海生态系统结构与功能、多领域涉海学科的交叉融合等。     

基于文献计量分析的蚁科昆虫研究

【目的】明确我国蚂蚁研究与世界先进水平的差距所在,以期为挖掘蚂蚁研究热点提供思路,为我国蚂蚁研究追赶世界先进水平提供努力方向。【方法】通过检索中国学术期刊出版总库和Webof Science数据库,获取近年来国内外有关蚂蚁研究的相关文献题录,借助Citespace软件,利用文献计量学方法,对国内外蚂蚁研究的发文数量、发文国家、发文机构、发文作者、关键词等数据进行分析。归纳总结出当前研究蚂蚁热点、领先国家、高水平作者及高发文期刊。【结果】在发文数量方面,美国领先全球,但中国自2006年以来,快速进步,目前基本与日本和法国持平;从关键词分析来看,国际上关于蚂蚁研究较为全面,国内在蚂蚁行为与进化等方面还需努力;从发文作者来看,我国能与国际蚂蚁研究大家相比的学者数量较少,不同学者间实力悬殊较大,不利于该学科可持续发展;从发文机构来看,我国从事蚂蚁研究的机构多集中在南方,并且缺乏具有国际影响力的蚂蚁研究机构;此外,蚂蚁外文文献载文期刊数量与期刊平均载文量均高于中文期刊。【结论】1996年以后,我国蚂蚁研究开始快速发展,目前,在年发文数量方面,基本与日本和法国持平,居于世界前10。但在高影响力作者(机构)、研究团队结构、研究领域、载文期刊质量与数量等方面与发达国家相比还有欠缺,还需在相关方面进一步努力。     

中国-中东欧国家森林生态系统研究重点对比及合作方向分析——基于文献计量研究

中国-中东欧国家林业合作(17+1林业合作)是中国-中东欧国家合作的重要组成部分。为了明确双方林业研究的重点,使17+1林业合作更有针对性的开展,通过比较中国和中东欧17国森林生态系统研究状况,探究中国和中东欧17国森林生态系统研究的共同方向和领域,为中国-中东欧国家林业合作提供支撑。采用文献计量分析软件Citespace和VOSviewer对Web of Science核心库收录的中国和中东欧17国在2016-2020年期间发表的论文进行比较分析,内容涵盖国家、研究机构、作者、关键词的共现分析和关键词突现分析。分析结果显示:①中东欧17个国家之间的森林生态系统研究论文发表状况差异明显,其中波兰和捷克两国在森林生态系统研究领域发表论文数量最多,发文量分别占中东欧国家发文总量的26.91%和23.52%,篇均被引频次分别为8.46次/篇和9.85次/篇。②中国森林生态系统研究发表论文数量12951篇,高于中东欧国家总和8952篇,篇均被引用频次为8.58次/每篇,低于中东欧国家平均值9.90次/篇。③气候变化、生物多样性、森林土壤是中国与中东欧国家共同的研究重点。④中国的研究重点还包括人工林质量改善等。中东欧国家的研究重点还包括重金属,主要表现在重金属污染、评估及土壤和植被修复。通过对中国和中东欧国家森林生态系统研究领域发表的论文分析,为中国与中东欧国家林业合作提供以下建议:中国与中东欧国家开展林业研究合作,在气候变化方面的合作对象有波兰科学院、华沙大学、捷克生命科学大学;生物多样性方面的合作对象有捷克生命科学大学、捷克科学院、波兰科学院;土壤微生物方面的合作对象有塔尔图大学、波兰科学院;土壤重金属方面研究的合作对象有克拉科夫农业大学、波兰科学院、波兰格但斯克大学;病虫害防治方面的合作对象有捷克生命科学大学。     

基于文献计量分析的2000年至2019年垃圾分类回收行为研究综述

垃圾分类回收是实践垃圾精细化管理的前提, 对推动垃圾减量化、资源化和无害化具有重大意义。通过对垃圾分类回收行为研究综述分析, 可以为完善其政策机制设计提供科学依据。基于文献计量学, 对2000—2019年Web of Science数据库发表的垃圾分类回收行为相关研究论文进行了回顾, 分析了该领域的研究进展, 提出了后续研究展望。通过对发文数量、发文国家、发文期刊、研究机构等一系列文献计量指标统计分析, 研究结果发现: (1) 2000—2019年间, 共发表了599篇与垃圾分类回收行为相关的研究论文, 发表数量整体呈现波动上升趋势; (2) 发文量靠前的国家是中国、美国、英国、瑞典、意大利; (3)环境科学与生态学是发文的主要学科类别, 《Resource Conservation and Recycling》是发文量最多的期刊;(4)南安普顿大学、香港理工大学、北京理工大学及清华大学是垃圾分类及回收行为研究的主要机构; (5)关键词共线分析表明公众垃圾分类行为作用机制及影响因素是目前的研究热点。研究显示: 探索公众垃圾分类意识与行为的统一, 减小分类行为的时空异质性, 以及设计激励与约束的机制是促进垃圾分类回收的关键。     

中国高寒草甸研究进展——基于文献计量分析

高寒草甸作为我国草原的重要组成部分，发挥着极其重要的气候调节和水源涵养等生态功能，是我国重要的战略资源储备要地和生态安全屏障。为了解高寒草甸的研究态势，本文从文献计量学的角度，基于36年间国内外发表的8505篇论文，分析了有关高寒草甸的论文发表数量、发文来源、被引频次、主要作者、研究机构和研究热点等。结果表明：（1）1999年后关于高寒草甸的论文数量增长较快，年均发表355.09篇，且英文论文的增幅最大，但发文的质量还有待进一步提高；（2）李英年，周华坤，杜国祯、赵新全等人是高寒草甸研究的主要贡献人，中国科学院西北高原生物研究所、兰州大学、甘肃农业大学等单位在研究机构合作方面发挥了重要作用，但相关学者和研究机构间的合作较少，以同一单位或同一课题组的研究团队为主，与国内外不同单位、不同团队间的交流合作较少；（3）研究的热点主要聚焦于高寒草甸植被群落特征及其构建机制、高寒草甸植被退化机理与管理利用、高寒草甸植被-土壤-微生物对气候变化的响应等聚类方面。今后应重视原创性、突破性的论文，提升和扩大高寒草甸方面研究成果的国际影响力，同时，应加强不同研究机构、不同学科交叉、理论创新-实际应用等方面的多元合作，从而为高寒草甸的研究注入新生力量。期望本文能为拓展高寒草甸研究的广度与深度提供借鉴。     

基于文献计量的大气氮沉降研究进展

氮沉降是氮素输入生物圈的重要途径。为全面、系统地了解大气氮沉降的研究热点与前沿趋势,基于文献计量学方法运用CiteSpace软件对1984—2021年Web of Science核心数据库中大气氮沉降的相关文献进行可视化统计分析。结果表明：大气氮沉降相关的文献数量呈现逐年上升的趋势;学科领域涉及环境科学、生态学、气象学与大气科学等;美国的研究实力最强,中国则需要加强与其他国家科研机构的交流合作。中国科学院、英国生态水文中心和瑞典农业科学大学等研究机构文章数量较多;Liu XJ、Mo JM、Verheyen K等为核心作者群;Atmospheric Environment、Global Change Biology、Science of the Total Environment以及Environmental Pollution等期刊为主要载体。氮沉降特征、氮沉降的生态效应、氮沉降化合物溯源是氮沉降领域研究的核心内容。大尺度的全球氮沉降动态研究、植物和土壤微生物协同响应氮添加的机制、氮沉降源解析及减排策略的制定是当前氮沉降研究领域的前沿热点。上述研究结果可为大气氮沉降领域学者凝练科学问题...     

生物入侵研究国际进展与中国现状——基于CiteSpace的文献计量分析

生物入侵是造成全球生物多样性降低和生境变化的重要因素，并在世界各地造成巨大的经济损失与生态灾害，然而系统研究生物入侵的研究进展与趋势的文章却较少。基于Web of Science核心库、Scopus以及中国知网，运用CiteSpace知识图谱可视化软件，分析生物入侵的国内外研究进展。结果表明：（1）美国对生物入侵的研究起步最早（1970年），国外的文章数量在1990年后呈指数增长。国外研究机构及作者间合作强度大，形成以美国各大高校为中心的合作网络。国外注重生物入侵的驱动因素、压力及入侵状态的研究。近年来国外研究热点涉及入侵物种的种群动态、扩散机制、生态模型、岛屿入侵、风险评估、气候变化及国际贸易等，并越来越重视气候变化与多元驱动因素相互作用下的生物入侵，但对外来微生物和无脊椎动物的研究较少。（2）我国相关研究始于20世纪90年代，文章数量在2000-2010年间增长迅速。但国内研究机构及作者间合作强度较低，呈现多核心的分散合作关系。国内注重生物入侵的危害及缓解措施研究。研究热点有入侵途径、机制、危害、防治策略、全球贸易、气候变化与风险评估等，并越来越关注"一带一路"下的生物入侵及人工智能等科学防治手段。但是近十年，不同聚类的关注度和热度都在降低，对入侵驱动机制及预警监测的研究较为薄弱。（3）未来我国应当突出研究重点，与国际研究保持同步，强化全球贸易、气候变化与多元驱动因素相互作用下的生物入侵研究，构建生物入侵的驱动-压力-状态-响应的综合评估体系。基于对生物入侵研究进展的系统认知，可为我国科学防治生物入侵提供理论支撑。     

Curcuminoids as inhibitors of thioredoxin reductase: A receptor based pharmacophore study with distance mapping of the active site

Curcumin is the yellow pigment of turmeric that interacts irreversibly forming an adduct with thioredoxin reductase (TrxR), an enzyme responsible for redox control of cell and defence against oxidative stress. Docking at both the active sites of TrxR was performed to compare the potency of three naturally occurring curcuminoids, namely curcumin, demethoxy curcumin and bis-demethoxy curcumin. Results show that active sites of TrxR occur at the junction of E and F chains. Volume and area of both cavities is predicted. It has been concluded by distance mapping of the most active conformations that Se atom of catalytic residue SeCYS498, is at a distance of 3.56 from C13 of demethoxy curcumin at the E chain active site, whereas C13 carbon atom forms adduct with Se atom of SeCys 498. We report that at least one methoxy group in curcuminoids is necessary for interation with catalytic residues of thioredoxin. Pharmacophore of both active sites of the TrxR receptor for curcumin and demethoxy curcumin molecules has been drawn and proposed for design and synthesis of most probable potent antiproliferative synthetic drugs.     

A Unique Protease Cleavage Site Predicted in the Spike Protein of the Novel Pneumonia Coronavirus (2019-nCoV) Potentially Related to Viral Transmissibility

正Dear Editor,In December 2019, a novel human coronavirus caused an epidemic of severe pneumonia(Coronavirus Disease 2019,COVID-19) in Wuhan, Hubei, China(Wu et al. 2020; Zhu et al. 2020). So far, this virus has spread to all areas of China and even to other countries. The epidemic has caused 67,102 confirmed infections with 1526 fatal cases     

Comparative morphology of the carpel in the Liliaceae: Hewardieae, Petrosavieae, and Tricyrteae

The young pistils in the melanthioid tribes, Hewardieae, Petrosavieae and Tricyrteae, are uniformly tricarpellate and syncarpous. They lack raphide idioblasts. All are multiovulate, with bitegmic ovules. The Petrosavieae are marked by the presence of septal glands and incomplete syncarpy. Tepals and stamens adhere to the ovary in the Hewardieae and the Petrosavieae but not in the Tricyrteae. Two vascular bundles occur in the stamens of the Hewartlieae and Tricyrtis latifolia. Ventral bundles in the upper part of the ovary of the Hewardieae are continuous with compound septal bundles and placental bundles in the lower part. Putative ventral bundles occur in the alternate position in the Tricyrteae and putative placental bundles in the opposite. position in the Petrosavieae. The dichtomously branched stigma in each carpel of the Tricyrteae is supplied by a bifurcated dorsal bundle.     

鸡传染性法氏囊病病毒研究进展

传染性法氏囊病(Infection bursal disease, IBD)是由鸡传染性法氏囊病毒(Infectious bursal disease virus, IBDV)引起的鸡和火鸡的一种高度接触性传染病,给世界各国的禽养殖业带来了巨大损失.自IBDV发现至今新的变异株不断出现,分子结构的改变导致病毒致病力的改变及宿主对疫苗应答的改变,使得传统的疫苗已不能控制其流行,因此各国学者对其基因组结构和功能进行了广泛深入的研究,并积极研制新型有效的疫苗以达到防治的目的.     

Development of a Novel Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification Method for Rapid Detection of SARS-CoV-2

In conclusion, the novel visual RT-LAMP assay is a simple, rapid, and sensitive approach for detection of SARS-CoV-2, and it is ready for application in primary care and community hospitals or health care centers, and even patients' own houses in response to the current SARS-CoV-2 epidemic because the assay does not require sophisticated equipment and skilled personnel. Furthermore, it is also ready to be used in fields for screening samples from wild animals and environments to facilitate the identification of potential intermediate hosts that mediate the cross-species transmission of SARS-CoV-2 from bats to humans.     

Perinatal Vertical Transmission of Chikungunya Virus in Ruili,a Town on the Border between China and Myanmar

正Dear Editor,Chikungunya virus (CHIKV), an arbovirus in the family of Togaviridae, genus Alphavirus, is transmitted by the A.aegyptii or A. albopictus mosquito, and causes disease in humans characterized by fever, rash, and arthralgia (Silva and Dermody 2017; Suhrbier 2019). It was first reported in 1953 in Tanzania, and caused only a few outbreaks and sporadic cases in Africa and Asia in last century. However, in the epidemic in 2004, CHIKV acquired mutations that conferred enhanced transmission by the A. albopictus mosquito(Schuffenecker et al. 2006). Since then, it has successively caused outbreaks in Africa, the Indian Ocean, South East Asia, the South America, and Europe (Zeller et al. 2016).     

Enterovirus 71 3C proteolytically processes the histone H3 N-terminal tail during infection

Highlights
1. The N-terminal tail of histone H3 is specifically cleaved during EV71 infection.
2. Viral protease 3C is identified as a protease responsible for proteolytically processing the N-terminal H3 tail.
3. Our finding reveals a new epigenetic regulatory mechanism for Enterovirus 71 in virus-host interactions.