猪β2m二级结构预测及同源模建

目的:研究猪β2m的结构.方法:应用EXPASY服务器(http://www.expasy.ch/tools)上的SOPMA法对β2m进行二级结构的预测,并与人的β2m的氨基酸和二级结构成分比较,在此基础上同源模建β2m的三级结构.结果:β2m二级结构成分α螺旋、β折叠、转角和无规则卷曲的数目分别为5、36、5和52,与人β2m相应二级结构的符合率分别达到100%(α螺旋)、92.3%(B折叠)、71.7%(转角)和92.3%(无规则卷曲),且二级结构的同源率要大于氨基酸的同源率.同源模建分析表明猪和人的3D结构也非常相似,只是存在个别氨基酸的差异.结论:猪和人β2m空间结构相似.     

尖吻蝮蛇毒出血毒素DaHT—3的红外光谱测定

目的观察蛇毒出血毒素结构的变化对功能的影响。方法利用傅利叶变换红外光谱仪对尖吻蝮蛇毒出血毒素（ＤａＨＴ－３）在溶液中酰胺Ｉ带吸收光谱的研究,探测了此出血毒素在溶液中的自然构象和加入ＥＤＴＡ螯合剂除去金属离子后构象的变化。结果此出血毒素在水溶液中的自然构象分别是：α－螺旋为３１．８％、β－折叠为５６．１％、转角为１２．１％;而在去除金属离子情况下α－螺旋和β－折叠减少,转角和无规卷曲增加,即加入螯合剂后其α－螺旋、β－折叠、转角和无规卷曲分别变为１１％、２６．４％、４６．２％和１６．５％。由于结构的变化,它的出血活性和蛋白水解酶活性均被丧失。结论金属离子,特别是锌离子在维系蛇毒出血蛋白酶分子中的二级结构中起着很重要的作用。     

维氏气单胞菌MreB蛋白的结构分析及其系统发育学意义

【目的】认识维氏气单胞菌Mre B蛋白的各级结构,研究Mre B蛋白的保守性与作为分子标记工具的可靠性。【方法】应用Prot Param、Predict Protein和SWISS-MODEL等在线软件分别分析蛋白的一级结构及理化性质,预测蛋白二级、三级结构;利用Clustal X 2.0、ESpript 3.0和MEGA 6等软件对几类细菌中的Mre B蛋白进行氨基酸序列比对分析和系统发育学研究。【结果】维氏气单胞菌Mre B蛋白是由346个氨基酸组成的酸性蛋白,主要定位于细胞膜上;蛋白二级结构主要由α-螺旋、扩展长链和无规则卷曲结构构成,其中无规则卷曲所占比例最高;同源建模的结果显示蛋白的三级结构中含有12个α-螺旋结构、5个β-折叠结构、8个β-发夹结构、22个β-转角和4个γ-转角。【结论】获得了维氏气单胞菌Mre B蛋白详细的理化信息,同源建模构建的模型具有合理的空间结构,PROCHECK评分较高,为实验研究提供了一定的结构基础;Mre B蛋白具有保守位点与结构保守性,属高保守蛋白,且变异度适宜,可作为分子标记工具应用于细菌的分类鉴定。     

植物查耳酮异构酶生物信息学分析

查耳酮异构酶（CHI）是黄酮类化合物合成途径中的关键酶之一。利用生物信息学方法对该酶基因及编码蛋白进行系统的分析,将为深入开展研究打下基础。本文利用NCBI数据库中注册的CHI基因的核酸及氨基酸序列,以葡萄CHI为主,对其组成成分、疏水性／亲水性、翻译后修饰、蛋白质二级及三级结构等进行预测和推断。结果表明：葡萄CHI不具有明显的亲水或疏水区域;二级结构主要由α-螺旋、不规则卷曲和β-折叠组成,β-转角散布于整个肽链中;β3a—β3f连同α1—α7构成了蛋白三级结构的核心;包含CHI结构域;在高级结构、活性位点等方面具有较高的保守性。     

抗菌多肽LC1的圆二色性和二级结构预测以及初步晶体学研究

由远紫外圆二色谱算得枯草杆菌Ａ０１４（Ｂａｃｉｌｌｕｓｓｐｐ．）所分泌的新型抗菌多肽ＬＣＩ在水溶液中的各种构象含量为：α螺旋４．７—６．０％,β折叠６７．２－７２．８％,无规卷曲和转角２１．１－２８．１％。对多种方法的二级结构预测结果进行综合分析表明,ＬＣＩ可能含有３个β转角,４个β折叠片段,仅含少量或不合α螺旋．晶体最大线度可达０．２×０．２×０．４ｍｍ,属于三方晶系。其六方Ｈ晶胞为ａ＝ｂ＝５１．２１空间群为Ｒ３２。     

pH值及Na＋诱导α-辅肌动蛋白构象变化

用ＦＴＩＲ研究了不同浓度ＮａＣｌ溶液中α－辅肌动蛋白二级结构的变化。实验结果发现,在不同ＮａＣｌ浓度下,α－辅肌动蛋白至少具有三种不同的构象：低盐（３０－９０ｍｍｏｌ／ＬＮａＣｌ）,中盐（１５０ｍｍｏｌ／Ｌ－２５０ｍｍｏｌ／ＬＮａＣｌ）与高盐（３００－５００ｍｍｏｌ／ＬＮａＣｌ）构象。在低盐溶液中,α－辅肌动蛋白含有较高比例的α－螺旋结构（３３－３４％）,随着溶液中钠盐浓度的升高部分α－螺旋结构转变为β－转角或β－折叠结构。此外还研究了ｐＨ诱导α－辅肌动蛋白构象的变化,定量分析结果表明在ｐＨ７．０和中盐条件下（α－辅肌动蛋白交联Ｆ－ａｃｔｉｎ成束的活性最高）,α－辅肌动蛋白β－转角结构含量最高,而α－螺旋结构含量较低。由此可见,β－转角结构在α－辅肌动蛋白交联肌动蛋白成束中可能具有重要的功能。     

α-天门冬氨酰二肽酶及其进化酶的FT-IR 研究

用分子定向进化技术,在酶活力和热稳定性双重选择压力下,筛选到了一体Keat／KM是天然酶47倍的进化酶。用FT－IR方法,测定了α－天门冬氨酰二须酶及其进化酶的酰胺I带图普,定量估算了天然酶和进化酶的各种二级结构含量。天然酶中,β折叠结构含量为28．5％,α螺旋结构含量为33％,这与园二色谱测量α螺旋结构为33％的结果有很好的一致,剩余的残基形成不同类型的转角和无规结构,其总含量为38．5％。在进化酶中,β折叠结构含量为26．8％,α螺旋结构含量为315,其它结构为不同类型的转角和无规结构,含量为42．2％。     

湖南尖吻蝮蛇毒出血毒素的圆二色性和化学修饰

用远紫外ＣＤ谱研究了湖南产尖吻蝮蛇毒的两个出血毒素（ＤａＨＴ－１、ＤａＨＴ－２）的溶液构象,计算得ＤａＨＴ－１的α螺旋、β折叠、无规卷曲的含量分别为３６．９％、３５．５％、２７．６％;ＤａＨＴ－２的α螺旋、β折叠、无规卷曲分别为２３．４％、３１．３％、４５．３％。随ｐＨ的增大或减小,峰位蓝移,酸性条件下的变化比碱性条件下的变化大。构象单元含量计算表明：α螺旋减少,无规卷曲增多,β折叠基本未变。温度和ｐＨ对ＣＤ谱的影响相似,５０℃时峰位蓝移,α螺旋减少,无规卷曲增多．ＥＤＴＡ对ＣＤ谱影响显著,０．０２ｍｏｌ／ＬＥＤＴＡ便导致两个出血毒素呈极度的无序状态。ＥＤＴＡ完全抑制,半胱氨酸部分抑制,胰蛋白酶不影响它们的出血活性。     

结核分枝杆菌rpoB基因的生物信息学分析

通过生物信息学的方法对rpoB基因及其蛋白质序列的理化性质、亲/疏水性、信号肽、糖基化位点、磷酸化位点、二级结构和三级结构等进行预测分析。结果表明,RNA聚合酶β亚基为富含Val、Glu及Leu的非稳定亲水性蛋白,其中不含信号肽,磷酸化程度较高。α螺旋和无规则卷曲是RNA聚合酶β亚基的主要二级结构元件。用同源建模方法构建三维结构,通过Ramachandran Plot对模型进行评估得到了合理的RNA聚合酶β亚基结构模型。分析rpoB基因及其编码蛋白质的特征对于研究结核杆菌致病及耐利福平药物机理有着重要的意义。     

β-葡萄糖苷酶Bgl2238生物信息学分析

利用生物信息学方法对β-葡萄糖苷酶Bgl2238的氨基酸序列进行分析。采用Prot Param、DNAMAN、Multicoil、SOPMA、PROSAN等软件对其理化性质、亲/疏水性、不稳定指数、PEST序列、蛋白质二级结构及蛋白质修饰位点等重要参数进行预测,并对其三级结构进行同源建模及模建结果质量的评估。结果发现:Bgl2238由745个氨基酸组成,蛋白质序列中α-螺旋占36.64%,β-延伸链占19.06%,β-转角占9.40%,无规则卷曲占34.90%,存在14段非PEST序列,具有41个不同蛋白质修饰位点。采用在线网站SWISS-MODEL建模得到了Bgl2238的三级结构,分析蛋白质可及性并分析得到Ramachandran图,检测结果说明三维结构是合理的。本研究结果为β-葡萄糖苷酶Bgl2238进一步研究水解功能及提高其酶活性奠定了理论基础。     

六种藓类植物茎的比较解剖学研究

通过对6种藓类植物,即褶叶青藓(Brachythecium salebrosum(Web.et Mohr.)B.S.G.)、湿地匐灯藓(Plagiomnium acutum(Lindb.)Kop.)、侧枝匐灯藓(Plagiomnium maximoviczii(Lindb.)Kop.)、大凤尾藓(Fissidensnobilis Griff.)、大羽藓(Thuidium cymbifolium(Doz.et Molk.)B.S.G.)和大灰藓(Hypnum plumaeforme Wils.)嫩茎和老茎的石蜡切片和显微观察发现,同一藓类植株的嫩茎和老茎,茎结构稳定,不同种藓类植物茎横切面具有不同特征.植物体茎横切面形状、表层细胞的层数、细胞大小和细胞壁厚薄、皮层细胞大小和形状、中轴的有无以及比例等特征可以作为藓类植物的分科分类依据之一.