耐利奈唑胺粪肠球菌感染的危险因素分析

分析深圳市南山区人民医院粪肠球菌感染患者的临床资料,探讨引起感染的危险因素,为防治耐利奈唑胺粪肠球菌感染提供临床参考。选取2010年1月-2015年9月在深圳市南山区人民医院住院的165例粪肠球菌感染患者,根据药敏结果分为利奈唑胺敏感组(103例)和利奈唑胺中介/耐药组(62例)。165例粪肠球菌主要来源于中段尿培养,占53.94%,其次为伤口分泌物培养(21.82%)、血培养(6.06%);科室分布以泌尿外科和肝胆外科为主,分别占35.76%和9.70%。单因素分析显示,碳青霉烯类抗生素暴露、留置尿管与感染相关。Logistic回归分析进一步明确碳青霉烯类抗生素暴露、留置尿管为耐利奈唑胺粪肠球菌感染的危险因素,提示应严格掌握碳青霉烯类抗生素的适应证,加强医院内感染的控制管理。     

粪肠球菌对泰利霉素药物敏感性与 耐药基因erm的分布

目的了解粪肠球菌对泰利霉素和其他常用抗菌药物的耐药性,以及泰利霉素耐药与红霉素耐药相关基因ermA、ermB、ermC之间的关系。方法对本院2010-2016年从各种临床标本收集鉴定的320株粪肠球菌,用微量肉汤稀释法测定这些菌株对泰利霉素及8种临床常用抗菌药物的最小抑菌浓度,并用PCR法检测耐药基因ermA、ermB、ermC的分布。结果320株粪肠球菌对泰利霉素中介耐药26株,耐药138株,耐药率达51.3%;对红霉素耐药率达95.6%,泰利霉素抗粪肠球菌效果优于红霉素。对利奈唑胺、万古霉素、呋喃妥因和氨苄西林耐药率分别为15.6%、0.6%、2.2%和0.6%。共10株(3.1%)携带ermA基因,207株(64.7%)携带ermB基因,对泰利霉素中介组中有23株ermB基因阳性,耐药组有131株ermB基因阳性,仅1株(0.3%)ermC基因阳性,该菌同时携带ermB基因。结论粪肠球菌对泰利霉素已有较高耐药率。粪肠球菌对泰利霉素MIC值改变与ermB基因密切相关,与ermA、ermC基因无明显相关性。     

2009-2011年胆石症患者胆汁肠球菌菌群分布及菌种耐药性变迁

目的 了解2009年1月年2011年12月胆石症患者胆汁中肠球菌的分布及菌种耐药性变迁,指导临床合理应用抗菌药物.方法 采用法国生物梅里埃公司生产的VITEK-2细菌分析仪对胆汁标本中分离的肠球菌做鉴定及药敏试验.结果 2009年1月至2010年6月共分离到74株肠球菌;2010年7月至2011年12月共分离到115株肠球菌,排在前两位的均为粪肠球菌和屎肠球菌.药敏结果显示粪肠球菌对除红霉素和喹努普汀/达福普汀外的其他抗菌药物具有较高的抑菌活性;屎肠球菌对除喹努普汀/达福普汀、利奈唑胺、万古霉素外的其他抗菌药物具有较高的耐药率;首次检测到耐利奈唑胺的肠球菌.结论 胆石症患者胆汁中肠球菌感染以粪肠球菌和屎肠球菌为主,且多种细菌对抗菌药物均有不同程度的耐药,因此加强细菌耐药监测对临床合理使用抗菌药物有重要的参考意义.     

10例利奈唑胺不敏感肠球菌血流感染的临床特征及药敏分析

目的了解10例利奈唑胺不敏感肠球菌血流感染(Blood Stream Infection,BSI)的临床特征、治疗及预后。方法回顾性分析2013年1月至2014年10月浙江大学附属第一医院117例肠球菌血流感染患者中10例利奈唑胺不敏感肠球菌BSI患者的临床资料及病原菌药敏结果。结果 10例利奈唑胺不敏感肠球菌血流感染患者均合并有严重的基础疾病及在培养阳性前2周内接受过侵入性操作,均无1年内利奈唑胺暴露史。8例患者有2周内抗菌药物暴露史、6例患者3月内有手术病史。10例患者中4例接受了碳青酶烯类药物治疗,4例接受了糖肽类药物治疗,1例接受了替加环素联合哌拉西林/他唑巴坦治疗,1例接受了喹诺酮类联合氨基糖苷类治疗。预后:7例患者细菌清除,6例患者治疗好转出院,4例患者死于多脏器功能衰竭。10例患者送检血培养标本,检出6株耐利奈唑胺肠球菌株,4株利奈唑胺中介菌株,对万古霉素、替加环素、替考拉宁均敏感,对大多数抗生素耐药。结论利奈唑胺不敏感肠球菌BSI患者往往合并严重基础疾病,有反复住院及抗生素暴露史,其药物耐药谱广,临床抗感染治疗困难,死亡率高。应严格掌握抗生素应用指征,加强院感控制及管理,是有效减少耐药菌产生的重要措施。     

阿尔泰蝠蛾(鳞翅目:蝙蝠蛾科)幼虫低温胁迫转录组分析

[目的]本研究旨在通过转录组测序技术分析低温胁迫引起的阿尔泰蝠蛾Hepialus altaicola Wang幼虫基因转录差异及上调表达基因的主要功能类群和参与的主要代谢通路.[方法]采用Illumina HiSeq TM 2500测序平台对阿尔泰蝠蛾幼虫进行转录组测序、组装,利用Blast软件进行数据库比对和基因功能注释,用DEGSeq R软件包分析4℃低温处理与室内适温饲养试虫的差异表达基因,并对上调表达基因进行GO和KEGG代谢途径富集分析.[结果]经序列拼接后共获得100300个unigenes,总长度81600309 bp,平均长度813 bp,N50长度1719 bp.与7大数据库同源比对,共获得34691(34.59％)条unigenes.低温胁迫转录组分析得到11569个差异表达基因(DEGs),7158条基因上调,4411条基因下调.富集到47个GO类群,217个KEGG途径.其中代谢过程、催化、结合活性类群占有重要比例,核糖体、碳代谢、剪接体等途径显著富集.另外,热激蛋白、昆虫表皮蛋白、海藻糖酶、超氧化物歧化酶等非生物胁迫相关基因显著上调表达.[结论]阿尔泰蝠蛾幼虫低温胁迫转录组分析揭示,代谢过程、细胞过程、生物调节、对刺激的反应等生物学过程相关基因和部分非生物胁迫响应基因显著上调表达,提示蝠蛾幼虫可能从抗氧化防御、分子伴侣、体温调节和维持细胞的渗透平衡等多方面应对低温胁迫.     

阿尔泰蝠蛾(鳞翅目:蝙蝠蛾科)幼虫低温胁迫转录组分析

[目的]本研究旨在通过转录组测序技术分析低温胁迫引起的阿尔泰蝠蛾Hepialus altaicola Wang幼虫基因转录差异及上调表达基因的主要功能类群和参与的主要代谢通路.[方法]采用Illumina HiSeq TM 2500测序平台对阿尔泰蝠蛾幼虫进行转录组测序、组装,利用Blast软件进行数据库比对和基因功能注释,用DEGSeq R软件包分析4℃低温处理与室内适温饲养试虫的差异表达基因,并对上调表达基因进行GO和KEGG代谢途径富集分析.[结果]经序列拼接后共获得100300个unigenes,总长度81600309 bp,平均长度813 bp,N50长度1719 bp.与7大数据库同源比对,共获得34691(34.59％)条unigenes.低温胁迫转录组分析得到11569个差异表达基因(DEGs),7158条基因上调,4411条基因下调.富集到47个GO类群,217个KEGG途径.其中代谢过程、催化、结合活性类群占有重要比例,核糖体、碳代谢、剪接体等途径显著富集.另外,热激蛋白、昆虫表皮蛋白、海藻糖酶、超氧化物歧化酶等非生物胁迫相关基因显著上调表达.[结论]阿尔泰蝠蛾幼虫低温胁迫转录组分析揭示,代谢过程、细胞过程、生物调节、对刺激的反应等生物学过程相关基因和部分非生物胁迫响应基因显著上调表达,提示蝠蛾幼虫可能从抗氧化防御、分子伴侣、体温调节和维持细胞的渗透平衡等多方面应对低温胁迫.     

捻转血矛线虫丙硫咪唑耐药相关lncRNA的转录组学测序与分析

分析捻转血矛线虫敏感株和耐药株中长链非编码RNA (Long non-coding RNA,lncRNA)的表达谱,探讨lncRNA与捻转血矛线虫丙硫咪唑耐药机制的关联性,为捻转血矛线虫耐药机理提供依据。文中对捻转血矛线虫敏感株和耐药株进行cDNA测序文库构建,使用Illumina HiSeq 4000平台进行双端测序,筛选出差异的lncRNA,基于顺式调控(cis)和反式调控(trans)对差异显著的lncRNA进行靶基因预测,并对靶基因进行过Gene Ontology (GO)功能注释和KEGG Pathway富集分析,利用FPKM法估计lncRNA和mRNA的表达水平。结果表明,敏感株和耐药株候选lncRNA分别为6 377和6 356个,两个文库中筛选出168个差异显著的lncRNA,其中在敏感株中表达上调有92个,表达下调76个。筛选得到的差异显著lncRNA候选靶基因416个,这些基因共注释到641条GO terms和92条信号通路;其中富集到耐药性相关的通路有药物代谢-其他酶、药物代谢-细胞色素P450、细胞色素P450对异生素的代谢等。综上表明,部分lncRNA介导的靶基因与捻转血矛线虫丙硫咪唑耐药性相关,lncRNA在捻转血矛线虫耐药性中具有潜在的重要的调节作用。探究了对于敏感虫株和耐药虫株中lncRNA的表达谱,发现了敏感虫株和耐药虫株中差异表达的lncRNA,有助于找出捻转血矛线虫如何抵抗丙硫咪唑的发生机制,为探讨捻转血矛线虫丙硫咪唑耐药机制提供科学的依据。     

细菌对利奈唑胺的耐药机制及检测方法研究进展

利奈唑胺是一种重要的噁唑烷酮类药物, 对临床上具重要意义的革兰阳性菌, 包括多重耐药葡萄球菌、耐万古霉素肠球菌等有抗菌作用。目前虽然细菌耐利奈唑胺的情况并不严重, 但临床耐药株的出现值得关注。本文综述了细菌对利奈唑胺的耐药机制及检测方法。其耐药机制主要由细菌单个碱基突变和甲基转移酶的产生所介导, 还有一些耐药机制尚不明了。检测方法主要有微生物学和分子生物学方法, 部分方法尚需进一步完善。     

携带与未携带松材线虫的松墨天牛转录组差异表达基因分析

【目的】本研究旨在建立携带与未携带松材线虫Bursaphelenchus xylophilus的松墨天牛Monochamus alternatus成虫各组织的转录组数据库,揭示松墨天牛对松材线虫响应的转录组整体表达特征。【方法】以携带和未携带松材线虫的松墨天牛成虫的表皮、气管和脂肪体为材料,采用Illumina HiSeq TM 2000测序平台开展转录组测序,利用Trinity软件对RNA-Seq数据进行从头组装,利用NCBI数据库进行基因注释。通过DEG-Seq分析携带和未携带松材线虫的松墨天牛成虫中的差异表达基因,对上调表达基因进行GO和KEGG代谢途径富集分析,并通过实时荧光定量PCR技术对部分差异表达的基因包括ENV,CDK1,HSP70-C,HSP70,HSP75,DUO,PABPN1和IGFP基因的表达水平进行验证。【结果】测序过滤后共获得55059条单基因簇(unigene),平均长度为1536 bp。将unigene与数据库中的序列进行BLASTX比对,成功注释24354条unigenes,其中4022条unigene在GO数据库中获得注释,6098条unigene在KEGG数据库中获得注释。经过GO与KEGG富集分析显示,松墨天牛成虫携带松材线虫后,差异表达基因主要为与其气管中压力调节、组织与DNA修复、激素响应方面相关的基因。实时荧光定量PCR分析结果显示CDK1,HSP70,HSP75,DUO,PABPN1和IGFP基因的表达量在携带松材线虫的松墨天牛气管中相比未携带松材线虫的松墨天牛气管中的显著上调。【结论】本研究初步阐明松墨天牛携带松材线虫后转录组的整体表达模式,为进一步研究松墨天牛的基因功能及对松材线虫的胁迫响应过程奠定了基础。     

粪肠球菌生物被膜形成早期相关基因的表达研究

目的:以粪肠球菌为研究对象,探讨粪肠球菌基因srtA(转肽酶A编码基因)、esp(肠球菌表面蛋白)与粪肠球菌生物被膜形成早期的相关性。方法:用逆转录PCR与实时荧光定量PCR方法对生物被膜和浮游菌组细菌srtA、esp两种与生物被膜形成早期相关的基因其表达进行检测,并进行统计学分析。结果:srtA、esp基因与粪肠球生物被膜菌早期形成密切相关。生物被膜菌组srtA、esp表达量分别是浮游菌组的7.9与13.5倍。结论:srtA、esp基因与粪肠球生物被膜菌形成早期密切相关,可能是生物被膜早期形成的上调因子。     

草地贪夜蛾雄性成虫和5龄幼虫的转录组比较分析

【目的】草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda是一种新近入侵我国的重要害虫。本研究旨在对草地贪夜蛾雄性成虫和5龄幼虫两个不同发育阶段的转录组进行比较分析。【方法】利用高通量测序技术对草地贪夜蛾雄性成虫和5龄幼虫进行转录组测序和数据组装,并对转录组数据进行功能注释和比较分析。【结果】经de novo组装共获得209 002条转录本,平均长度为687.55 bp,N50为982 bp。共有46 198条(57.43%) unigene在至少一个数据库中获得功能注释,其中1 713条(2.13%) unigene在所有数据库中均能获得注释。在GO数据库中获得205 269条unigene的注释,主要包括68个功能分类;在KEGG数据库中共有3 408条unigene得到注释,涉及277个代谢通路。共鉴定到424个嗅觉相关的基因,并且在雄性成虫和5龄幼虫之间的表达存在差异。通过比较转录组分析,在雄性成虫中鉴定到9 162个上调和6 399个下调差异表达基因(DEGs);功能富集分析发现在上调DEGs中涉及信息素以及信号转导的代谢通路显著富集,而下调DEGs中涉及解毒相关的通路显著富集。【结论】这些转录组数据为探究草地贪夜蛾的生长发育、嗅觉相关功能基因以及候选分子靶标提供资源信息。     

不同大小规格墨西哥湾扇贝(Argopecten irradians concentricus)转录组分析及生长相关基因筛选

墨西哥湾扇贝(Argopecten irradians concentricus)是中国双壳贝类养殖的重要经济品种,具有较高的研究价值,然而,转录组学及基因组学信息的匮乏,严重制约了该贝的遗传改良进程。本研究基于Illumina Hi SeqTM2000平台,对5月龄大规格(平均体质量16.05 g)和小规格(平均体质量5.57 g)墨西哥湾扇贝进行转录组测序,经de nove组装,大、小规格墨西哥湾扇贝分别获得120 563和118 794条高质量unigenes,unigene的平均长度分别为944 bp和969 bp;按照FDR≤0.001且|log2Ratio|≥1的原则,共筛选出9 901个差异表达基因,其中,大规格组相对于小规格组,上调基因4 976个(50.26%),下调基因4 925个(49.74%);六大公共数据库Blast比对结果显示,差异表达基因在Nr数据库的注释率最高,其次是GO数据库;从已获功能注释的差异表达基因中筛选得到47个生长相关候选基因,涉及多个生长因子及其受体;GO功能富集结果显示,膜、L-氨基酸运输和糖基键水解酶活性分别是细胞组分、生物过程和分子功能富集unigene最多的条目;Pathway富集分析发现,3 699条差异表达基因被成功注释到252条代谢通路中,其中33条为显著性富集通路(p<0.05),富集度最高的是焦点粘附;大规格组中共鉴定出10 870个SSRs和242 551个SNPs,小规格组中共鉴定出10 857个SSRs和228 121个SNPs。研究结果为墨西哥湾扇贝分子标记批量开发、功能相关基因挖掘以及分子遗传育种提供了理论数据支撑。     

叶子花花瓣状苞片和叶片的比较转录组学研究

叶子花(Bougainvillea spectabilis Willd.)的苞片色彩鲜艳,呈花瓣状,在景观园艺和环境美化有着广泛应用。为了进一步了解花瓣状苞片的演化机制,该研究采用RNA-seq技术分别对苞片和叶片进行测序,比较苞片和叶片在基因表达水平的差异。最终获得54.48 M对长度为150bp的双向clean reads,从头拼接出55 782条Unigenes,平均长度为1 003.79bp,N50为1 402bp。共有30 874条Unigenes能被注释到公共数据库,其中有12 631条Unigenes能被注释到基因本体。差异化表达分析确定苞片和叶片差异表达的基因共有456个。该研究分别对不同组织差异表达的基因进行GO富集分析和KEGG富集分析,结果表明,在苞片中高表达的差异化基因有黄酮类合成相关的基因,花色合成关键酶多巴双加氧酶(DODA)以及发现与花瓣发育相关的基因,在叶片中高表达的差异化基因主要是参与光合作用。     

侧孢短芽孢杆菌S2-31拮抗下细辛叶枯病菌转录组差异表达分析

通过分析侧孢短芽孢杆菌拮抗作用下叶枯病菌的转录组学特征,研究差异表达基因(DEGs)和代谢通路的富集情况,初步探索侧孢短芽孢杆菌拮抗叶枯病菌的分子机制。首先利用S2-31与叶枯病菌的对峙培养观察其拮抗作用,然后利用转录组测序探究侧孢短芽孢杆菌拮抗下和正常生长下的叶枯病菌的基因表达水平差异,并进行RT-qPCR验证,最后,利用相关数据库对DEGs进行注释和富集分析。对峙培养后,叶枯病菌菌丝出现皱缩、扭曲等现象。测序后共得到3681个DEGs,其中2224个相对上调,1457个相对下调。GO功能注释分析表明,上调和下调表达的DEGs均注释到生物过程8个亚群、细胞组分8个亚群和分子功能4个亚群。KEGG富集分析中,共有732个unigenes定位到115条生物学通路中,其中富集程度相对较高的通路有氨基糖和核苷糖代谢、糖基磷脂酰肌醇(GPI)锚定生物合成和过氧化物酶体;涉及差异基因较多的通路有淀粉和蔗糖代谢、剪接体和胞吞作用;上调表达的DEGs主要富集在代谢途径,下调表达的DEGs主要富集在遗传信息处理和细胞过程途径。从显著富集的通路中筛选出与菌丝生长发育相关的差异表达基因,结果表明侧孢短芽孢杆菌主要抑制病原菌菌丝过氧化物酶体的形成、胞吞过程和GPI锚定的合成等过程。差异表达基因的RT-qPCR验证结果与转录组测序的结果一致。在侧孢短芽孢杆菌S2-31的拮抗下抑制了叶枯病菌的生长,其转录组特征也发生显著变化,差异基因主要涉及代谢、细胞过程以及遗传信息处理等途径的相关通路。     

基于转录组的八角挥发油合成相关基因挖掘与分析

为更好地挖掘八角(Illicium verum)挥发油合成相关基因，该文对挥发油性状差异显著的优良无性系桂角69号及普通品种砧01号叶片进行了转录组测序及组装注释，并对差异表达基因进行了GO分类和KEGG通路分析。结果表明：(1)转录本经组装后获得84 182条序列，使用NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、KOG、GO和Pfam数据库进行序列比对，共注释了59 161条序列，筛选出30 572个差异表达基因。与砧01号相比，桂角69号叶片中上调基因有15 025个，下调基因有15 547个。(2)GO分类结果显示共有20 287个差异基因被注释。KEGG分析结果表明，有21 600个差异基因被注释到133条KEGG通路上，其中挥发油合成相关的单萜生物合成通路、萜类骨架生物合成通路、苯丙素合成通路中的芳樟醇合酶、月桂烯合酶、香叶基香叶基焦磷酸合酶、肉桂酰辅酶A还原酶、咖啡酸3-O-甲基转移酶、肉桂醇脱氢酶等关键酶基因呈差异表达。(3)转录因子分析发现差异表达基因分布于31个转录因子家族，其中MYB家族序列数量最多。该文利用转录组测序技术分析八角优良无性系与普通品种叶片的差异基因及...     

西伯利亚蝗卵发育过程的比较转录组分析及滞育关联基因筛选

【目的】通过筛选西伯利亚蝗Gomphocerus sibiricus卵滞育基因及代谢通路,初步明确西伯利亚蝗卵滞育分子机理。【方法】利用Illumina NovaSeq 6000测序平台对西伯利亚蝗早期发育(ES)、滞育(DS)和滞育后发育阶段(PS)的卵进行转录组测序;采用GO和KEGG富集分析并结合文献,预测滞育相关通路并聚类热图分析,筛选蝗卵滞育关联基因,并选取其中6个重要基因进行qRT-PCR验证。【结果】DSvs ES和PS vs DS两比较组分别富集到12 419和4 789个差异表达基因,且多上调表达;两比较组共表达差异基因为2 206个,主要与糖代谢、环境胁迫和生长发育相关。DS vs ES组富集最显著的GO条目为蛋白结合,PS vs DS组GO条目主要包含酶活性、细胞骨架构建及蛋白结合等过程。滞育关联基因主要集中在Wnt信号通路、胰岛素信号通路、细胞周期通路以及昆虫激素生物合成等通路。6个重要的滞育关联基因的表达量变化趋势与转录组数据结果基本一致。【结论】本研究初步明确了西伯利亚蝗卵滞育调控的重要代谢途径,并筛选出20个滞育关联基因,为后续深入研究该物种的适应机理奠定了基础。     

基于转录组的瑶药半枫荷根和叶的差异分析

为了探究半枫荷(Semiliquidambar cathayensis)根和叶的基因表达差异和关键活性成分合成通路中关键基因的表达规律,本研究对半枫荷的根和叶进行转录组测序和生物信息分析。59378个差异表达基因归类到在GO分类的3个大类中,主要与生物学过程有关(50.59%)。626个差异表达基因注释KOG数据库的24个分类中。81个差异表达基因参与苯丙烷类化合物的生物合成,110个差异表达基因参与黄酮类化合物的生物合成,211个差异表达基因参与萜类化合物的生物合成。本研究获得了半枫荷根和叶的转录组信息特征,为今后半枫荷基因功能鉴定、次生代谢途径解析及调控机制的研究提供依据。     

高通量测序分析不同浓度的白鲜碱对须癣毛癣菌转录组的影响

[背景]目前,由皮肤浅部真菌引起的皮肤病逐年增加,已经成为影响人类健康的重大问题之一。[目的]探究白鲜碱(dictamnine,DIC)单体对须癣毛癣菌的抑菌作用及作用机制。[方法]通过高通量测序技术对须癣毛癣菌及白鲜碱作用后的须癣毛癣菌进行转录组测序,对测序序列进行处理和生物信息学分析,以及测序质量评价和序列注释。通过与对照组比较,鉴别出差异表达基因,然后进行GO功能显著性分析和KEGG代谢途径分析等。[结果]白鲜碱对须癣毛癣菌的MIC值为50μg/mL。DIC高剂量组与对照组比较,共360个差异基因;其中上调表达265个,下调表达95个。MFS1、KU70、KU80、L2、cpaT、MFS2、VdtG、patC等基因表达有显著差异。GO功能富集表明,差异基因主要集中于核糖体、线粒体膜、抗氧化活性、毒素代谢过程、单一生物代谢过程、次生代谢过程、初级活性跨膜转运蛋白活性和活跃的跨膜转运蛋白活性等。KEGG代谢途径的改变主要集中在ABC转运、膜运输障碍、谷胱甘肽代谢、DNA的复制与修复变化、减数分裂、氧化磷酸化和丙酮酸代谢障碍等富集通路上,并且相关基因均有显著性改变(P<0.05)...