系统发育树的构建方法北大核心CSCD

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下：1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。     

系统发育树的构建方法北大核心CSCD

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下：1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件（如NJ法）,并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。3.用国际较为通用的一些建树方法,如Neighbour-Joining等,这样结果就更为可靠,更直观。     

系统发育树的构建方法

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。3.用国际较为通用的一些建树方法,如Neighbour-Joining等,这样结果就更为可靠,更直观。     

系统发育树的构建方法

<正>构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。3.用国际较为通用的一些建树方法,如Neighbour-Joining等,这样结果就更为可靠,更直观。4.请严格按照下列具体要求写作[参见:微生物学报,2004,44(2):143.]     

系统发育树的构建方法北大核心

构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下： 1.将鉴定菌的16Sr RNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。 2．采用能反应分支长度的软件（如NJ法）,并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

曲额乳白蚁mtDNA-PCR鉴定

基于白蚁16S rRNA基因序列差异设计一对引物进行曲颚乳白蚁PCR鉴定,该引物可以与曲颚乳白蚁线粒体DNA进行PCR反应,特异性扩增约200bp目的DNA片断,成功构建以曲颚乳白蚁16S rRNA基因序列为基础的mtDNA-PCR鉴定体系。     

系统发育树的构建方法

<正>构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

系统发育树的构建方法

<正>构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。     

24株鸡源丁酸梭菌的分离鉴定及耐药基因与毒力基因携带情况

[目的]旨在对鸡源丁酸梭菌进行分离鉴定与安全性评估.[方法]利用厌氧培养方法对源自汶上芦花鸡与SPF鸡粪便样品进行丁酸梭菌的分离与纯化,挑选可疑菌落进行微生物质谱鉴定,进一步通过16S rRNA基因测序进行鉴定,16S rRNA测序结果与NCBI核苷酸数据库中丁酸梭菌的16S rRNA序列进行同源性分析;同时,进行所有...     

系统发育树的构建方法北大核心CSCD

<正>构建系统树是为了鉴定菌株的分类学地位,应该使用正确的方法构建。具体要求如下:1.将鉴定菌的16S rRNA序列递交GenBank,用Blast软件搜索相似的16S rRNA,然后一起构树。2.采用能反应分支长度的软件(如NJ法),并用Boostrap值分析分支聚类的稳定性。3.用国际较为通用的一些建树方法,如Neighbour-Joining等,这样结果就更为可靠,更直观。     

菌种1137116S rRNA序列分析及鉴定

通过PCR方法扩增菌种11371的16S rRNA基因并测序,将序列提交GenBank(登录号:DQ531606),并与其他链霉菌属种进行比较,通过DNAStar软件得到菌种16S rRNA基因序列进化树。同时采用插片法、显微镜观察等方法对株菌11371进行形态特征、培养特征、生理生化特征鉴定。结果表明,11371的16S rRNA序列与其他链霉菌具有一定的同源性,结合生理、生化指标鉴定结果,进一步确定菌种为不吸水链霉菌一株新亚种(Streptomyces ahygroscopicus subsp.wuzhouensis n.sub-sp.),菌株11371 16S rRNA序列为GenBank中首例Streptomyces ahygroscopicus的16S rRNA序列。     

多项分类方法鉴定西藏地区藏灵菇中的乳酸球菌

【目的】采用多项分类法对16株分离自藏灵菇中的乳酸球菌进行准确鉴定。【方法】首先应用传统的生理生化试验,之后采用16S-23S rRNA间区序列多态性分析和变性梯度凝胶电泳(DGGE)进行了鉴定,最后,通过16S rRNA基因序列分析进行验证。【结果】将16株菌株初步鉴定为3个菌群:片球菌群、乳球菌群和肠球菌群,进一步鉴定为14株耐久肠球菌,1株乳酸片球菌,1株乳酸乳球菌乳酸亚种,16S rRNA基因序列分析验证的结果与前3种试验方法的结果相一致。【结论】试验结果表明传统的生理生化鉴定和16S-23S rRNA间区序列多态性分析和变性梯度凝胶电泳(DGGE)相结合的多项分类方法有利于乳酸球菌种间的准确鉴定。     

基于16S rRNA和rpoB基因的分子系统发育分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用

为对比16S rRNA和rpo B基因分子系统发育分析与传统表型分类法对铜绿假单胞菌的鉴定,评估16S rRNA和rpo B基因序列分析在铜绿假单胞菌鉴定中的应用,用表型分类方法对临床自动微生物鉴定系统鉴定为铜绿假单胞菌的23株分离株进行再鉴定,PCR扩增23株分离株16S rRNA和rpo B基因片段,并测序进行系统发育分析。结果表明,表型再鉴定结果与自动微生物鉴定系统鉴定结果一致。基于两个基因的系统发育分析均显示分离株p22与不动杆菌属序列聚为一枝,其余22株分离株与铜绿假单胞菌序列聚为一枝。因此p22应鉴定为不动杆菌,16S rRNA和rpo B基因序列分析均能准确鉴定铜绿假单胞菌并能较好建立假单胞菌属内种间关系。     

16S rRNA基因检测在细菌学中的应用

16S rRNA普遍存在于原核单细胞生物体内,利用体外扩增16S rRAN基因,借助各种检测手段或序列分析,可用于各种细菌、螺旋体、支原体、衣原体和立克次体种系发生的分析和种属鉴定。在种系发生学研究中,16S rRNA基因几乎是“金标准”;在用于鉴定方面,某些情况下虽然尚需要其他方法的配合,但是就单一检测方法的准确性和检测效率来看,针对16S rRNA的细菌鉴定方法仍然是最好的方法之一。     

16S rRNA基因和COI基因序列分析在石斑鱼物种鉴定中的应用

对台湾海峡常见的8种石斑鱼进行了16S rRNA基因和COI基因的序列测定,并通过GenBank和BOLD两个数据库进行鱼种鉴定.序列分析表明,COI基因较16S rRNA基因有更大的分辨率;两个基因序列在GenBank中的搜索结果和COI基因序列在两个数据库的搜索结果大部分一致,但仍有部分差异.建议同时使用COI和16S rRNA两种保守基因,进行序列测定,然后在GenBank和BOLD SYSTEMS数据库进行搜索,选择一致的鉴定物种作为鉴定结果.     

利用16S rRNA基因同源性分析鉴定两株明串珠菌

从酸马奶中分离出2株明串珠菌KLDS 5.0301和KLDS 5.0302,对2株菌的16S rRNA基因经PCR扩增测序,将测序结果同该属内菌株的16S rRNA序列作多序列比较,并建立明串珠菌属的系统发育树.结果表明,KLDS 5.0301的16S rRNA序列同L. garlicum的同源性百分比为100%.KLDS 5.0302的16S rRNA序列同L.mesenteroides LM2菌株的16S rRNA序列的同源性百分比为99.9%.根据系统发育树的结果,将KLDS5.0301鉴定为L.garlicum,KLDS 5.0302鉴定为L.mesenteroides.菌株KLDS 5.0301和KLDS 5.0302的16SrRNA序列已经在GeneBank申请国际序列注册号,分别为DQ239691和DQ297412.