基于线粒体Cyt b基因的中国南方唇(Hermibarbus labeo)和间(Hermibarbus medius)种群分化及亲缘地理研究

为了解中国南方唇(Hermibarbus labeo)和间(Hermibarbus medius)的种群分化、亲缘地理格局及物种有效性,作者对唇8个水系及间9个水系共148尾样本的Cyt b基因全序列进行了测定。在所有序列中,共有128个变异位点,共检测出了41个单倍型,单倍型多样性为0.954,核苷酸多样性为0.02153。基于Cyt b基因全序列构建的NJ树显示,中国南方的唇与间合聚为两大支,其中韩江和九龙江的全部唇样本组成了Ⅰ支,而其他水系的唇和间样本则组成了Ⅱ支。两支系间的遗传距离为5.1%,而唇和间之间的遗传距离为3.2%。现有证据不支持间与唇达到种一级的分化。单倍型网络图显示,韩江、九龙江种群和其他水系的种群分化较大;海南岛三大水系种群和漠阳江种群的单倍型分支与代表珠江水系单倍型的分支之间的亲缘关系较近,与其他地理区间种群的亲缘关系则相对较远;西江可能为珠江水系、漠阳江水系和海南岛三大水系间种群的扩散中心,其中一支往东向北江和东江扩散;另一支往南向海南岛扩散,海南岛三大水系种群尔后在冰期海退时向北扩散至漠阳江水系及珠江水系。AMOVA分析表明,唇和间地理区之间变异约占54.50%,地理区内种群间变异约占18.64%,种群内的变异占26.86%,这说明,唇和间种群Cyt b的遗传分化主要是来自地理区之间。错配分析及中性检验显示,全部种群、唇种群、间种群在历史上均没有发生过明显的扩张,两个mt DNA支系亦未发生过扩张,而海南岛的昌化江种群曾发生过种群扩张。     

华南西部及海南岛美丽小条鳅种群遗传变异与亲缘地理

通过分析108尾采自华南西部12条水系的美丽小条鳅(Micronemacheilus pulcher)mtDNA 细胞色素b (cyt b) 基因全序列,研究其种群遗传变异和亲缘生物地理格局.美丽小条鳅的cyt b序列包含138个核苷酸变异位点(占全序列12.11%).分子变异分析(AMOVA)显示,分子遗传变异主要来自种群内(58.53%)和地理区内种群间(42.84%).采用邻接法构建的39个单倍型的NJ系统树显示,12条水系的美丽小条鳅聚成两支.其中,广西沿海诸独立水系(防城河、峒中河、北仑河、南流江)和横穿广东和广西的西江水系与广东漠阳江和潭江水系关系密切;而海南岛万泉河和南渡江与广东鉴江水系关系密切. 根据嵌套进化枝系地理分析(NCPA)推测,与越南毗邻的防城河周边地区可能是美丽小条鳅的扩散中心,该物种可由此区域通过两条途径扩散:1)沿西江水系向广西沿海独立水系至广东漠阳江和潭江水系扩散;2)向海南岛诸水系再至雷州半岛的鉴江水系扩散.在演化过程中,曾发生片断化事件、长距离建群和持续的分布区扩张.     

华南沿海西部美丽小条鳅基于线粒体控制区的种群遗传变异及亲缘地理格局

为研究其种群遗传变异和亲缘地理格局,分析了107尾采自华南西部和海南岛的12条水系的美丽小条鳅(Micronoema-cheilus pulcher Nichols)控制区934-938 bp的序列,其中有79个核苷酸变异位点。分子变异分析(AMOVA)表明,种群间的遗传变异占46.88%,种群内的遗传变异占55.06%。基于36个单倍型的系统树显示,12条水系的种群聚成两支。其中,广西沿海诸独立水系(防城河、峒中河、北仑河、南流江)和西江水系与广东漠阳江和潭江水系关系密切,而海南岛万泉河和南渡江与广东鉴江水系关系密切。根据嵌套进化枝系地理分析(NCPA)推测,防城河周边地区可能是美丽小条鳅的扩散中心,该物种可由此区域通过两条途径扩散:(1)沿西江水系向广西沿海独立水系至广东漠阳江和潭江水系扩散;(2)向海南岛诸水系再至雷州半岛的鉴江水系扩散。在演化过程中,曾发生片断化事件、长距离建群和持续的分布区扩张。     

基于线粒体Cyt b基因的中国南方唇鱼骨(Hermibarbus labeo)和间鱼骨(Hermibarbus medius)种群分化及亲缘地理研究

为了解中国南方唇鱼骨（Hermibarbus labeo）和间鱼骨（Hermibarbus medius）的种群分化、亲缘地理格局及物种有效性,作者对唇鱼骨8个水系及间鱼骨9个水系共148尾样本的Cyt b基因全序列进行了测定。在所有序列中,共有128个变异位点,共检测出了41个单倍型,单倍型多样性为0.954,核苷酸多样性为0.02153。基于Cyt b基因全序列构建的NJ树显示,中国南方的唇鱼骨与间鱼骨合聚为两大支,其中韩江和九龙江的全部唇鱼骨样本组成了Ⅰ支,而其他水系的唇鱼骨和间鱼骨样本则组成了Ⅱ支。两支系间的遗传距离为5.1%,而唇鱼骨和间鱼骨之间的遗传距离为3.2%。现有证据不支持间鱼骨与唇鱼骨达到种一级的分化。单倍型网络图显示,韩江、九龙江种群和其他水系的种群分化较大;海南岛三大水系种群和漠阳江种群的单倍型分支与代表珠江水系单倍型的分支之间的亲缘关系较近,与其他地理区间种群的亲缘关系则相对较远;西江可能为珠江水系、漠阳江水系和海南岛三大水系间鱼骨种群的扩散中心,其中一支往东向北江和东江扩散;另一支往南向海南岛扩散,海南岛三大水系种群尔后在冰期海退时向北扩散至漠阳江水系及珠江水系。AMOVA分析表明,唇鱼骨和间鱼骨地理区之间变异约占54.50%,地理区内种群间变异约占18.64%,种群内的变异占26.86%,这说明,唇鱼骨和间鱼骨种群Cyt b的遗传分化主要是来自地理区之间。错配分析及中性检验显示,全部种群、唇鱼骨种群、间鱼骨种群在历史上均没有发生过明显的扩张,两个mtDNA支系亦未发生过扩张,而海南岛的昌化江种群曾发生过种群扩张。     

广东省主要水系罗非鱼的建群状况

【背景】罗非鱼是华南地区自然水域的常见种,是我国主要的外来鱼类之一,但对其在自然水域的分布和数量缺乏详细的描述。【方法】对广东省的主要河流珠江(西江、北江、东江)、韩江、鉴江和潭江等的多个样点进行了调查,主要对各样点渔获物中罗非鱼的比例进行了统计,并对各种群的年龄结构、性比、性腺发育和食性等进行了研究。【结果】广东省各主要水系均有罗非鱼野生个体的存在,其中,鉴江袂花江段数量最多,约占渔获物总质量的60%,西江、北江数量相对较少,不到渔获物总质量的1%;在各种群中均发现了2龄以上个体和性成熟个体,并在调查中采集到大量仔、幼鱼。【结论与意义】以上结果表明罗非鱼在广东各主要河流已能完成越冬和繁殖,并建立自然种群。     

侧条光唇鱼两邻近种群繁殖生物学特征的差异

2007年7月至2009年6月间,作者分别于北江中上游及流溪河上游支流采集到侧条光唇鱼(Acrossocheilus parallens)样本358尾及522尾,并对两种群的繁殖生物学特征进行了研究。两种群雌鱼及雄鱼的最小性成熟年龄均为1+龄,北江种群雌性由1+~5+龄组成,雄性由1+~4+组成,性比为雌性︰雄性=1︰1.73;而流溪河种群雌性由1+~4+龄组成,雄性由1+~3+组成,性比为雌性︰雄性=1︰1.40。北江种群繁殖群体的各年龄组体长及体重均显著大于流溪河种群。北江种群的繁殖期约为2~10月份,高峰期为3~7月份;而流溪河种群繁殖期为2~8月份,高峰期约为每年的5~7月份;繁殖期内,北江种群雌性及雄性的成熟系数均高于流溪河种群。北江种群各年龄组或体长组的绝对繁殖力、体长相对繁殖力与体重相对繁殖力均极显著大于流溪河种群。除冬季的个别月份外,北江种群雌鱼及雄鱼的肥满度均略高于流溪河种群。本文结合北江和流溪河在营养状况、捕捞压力及溪流级别上的差异对研究结果进行了分析和讨论。     

犁头鳅属鱼类物种地理分化过程

犁头鳅属为中国的特有属,包括犁头鳅和长鳍犁头鳅两个物种,犁头鳅广泛分布于长江中上游,而长鳍犁头鳅则局限分布于闽江水系。本研究对采自长江中上游的犁头鳅20个个体和闽江水系的长鳍犁头鳅8个个体的线粒体细胞色素b（cyt b）基因序列进行分析,以期对犁头鳅属鱼类的物种地理分化过程进行研究。结果显示,犁头鳅不同单倍型之间的遗传变异水平为0.1%—1.8％,平均为0.7%;长鳍犁头鳅各单倍型之间的遗传变异水平为0.6%—1.3%,平均为0.7%;犁头鳅和长鳍犁头鳅单倍型之间的遗传差异也较小,仅为0.2%—1.8%,平均为0.9%。采用邻接(NJ)法和贝叶斯(BI)法构建的分子系统发育树一致显示,该研究中的犁头鳅属鱼类构成一个单系;所有长鳍犁头鳅样本构成一个单系,位于系统发育树的顶部位置;犁头鳅的样本不构成单系,而是形成并系。从形态上看,犁头鳅和长鳍犁头鳅均为有效种。由此推测,在第四纪冰期,长江中下游的犁头鳅沿东海大陆架向南扩散到东南沿海水系,长鳍犁头鳅可能是犁头鳅的一个种群扩散到闽江水系后,由于适应新的环境条件而分化成的一个新物种,剩下的长江流域的犁头鳅种群则构成一个并系类群。本文对于类似的地理物种形成方式也进行了讨论。     

基于mtDNA Cytb基因序列的我国北方地区甜菜夜蛾遗传多样性与种群历史分析

为了明确我国北方不同地理种群甜菜夜蛾Spodoptera exigua遗传多样性与种群遗传结构,阐明该种害虫的种群历史动态,首次对采自我国北方8省17县(市)304头甜菜夜蛾样品进行mt DNA Cytb基因序列测定与分析,利用Dna SP 5.0和Arlequin 3.0软件分析种群遗传多样性、遗传结构、遗传分化与分子变异,基于MP、ML与贝叶斯法构建单倍型系统发育树,与此同时,基于Median-joining法对所有个体构建单倍型网络关系图。结果表明,在所分析的304个序列样本中,共检测出19个单倍型,其中,包括9个共享单倍型,单倍型Hap6为所有种群所共享。总群体具有较低的遗传多样性(Hd=0.422±0.035,π=0.00119±0.00011)与较小的遗传分化(F_(ST)=0.108,P0.001)。单倍型系统发育分析与网络关系图结果表明,虽然19个单倍型被分为2个分支,但各单倍型相互散布在不同种群中,未形成明显谱系地理格局。AMOVA分析表明,甜菜夜蛾遗传变异主要来自种群内(89.18%),种群间变异水平较低(10.82%)。中性检验(Tajima's D=-1.897,P0.05;Fu's FS=-4.424,P0.05)与错配分布分析表明,我国北方地区甜菜夜蛾种群曾经历过种群的近期扩张。     

基于SSU rDNA序列的网状车轮虫群体遗传结构及多样性研究

基于SSU rDNA序列对当前分布于我国的网状车轮虫(Trichodina reticulata Hirschman & Partsch, 1955)的群体遗传结构与多样性进行了研究。遗传结构研究结果表明: 20个样本共检测到9个单倍型, 含4个共享单倍型与5个特有单倍型, 其中鲫来源的Hap3是最大的共享单倍型; 草鱼来源的Hap8和小黄黝鱼来源的Hap9暂被视为湖北武汉和西藏地区各自特有的单倍型; 同时推测鲫来源的单倍型Hap1为祖先单倍型。结合ML系统发育树分析推测, 在多宿主的进化历程中, 鲫寄生的网状车轮虫可能是分化最早的群体, 且草鱼寄生的网状车轮虫在起源上来自于鲫。遗传多样性结果显示, 所有群体均呈现较高的单倍型多样性(H_d≥0.5)与较低的核苷酸多样性(P_i＜0.005), 且鲫来源的单倍型多样性显著高于草鱼来源, 但核苷酸多样性(P_i)明显低于后者。遗传分化(F_st)与基因流(N_m)研究结果表明, Group A(鲫来源)与Group B(草鱼来源)群体间相对独立且已经达到了极度分化程度, 群体内基因层面的交流较少。综合中性检验与核苷酸单倍型错配分析认为, Group A(鲫来源)未发生过种群扩张, Group B(草鱼来源)则存在过早期的种群扩张历史。     

基于线粒体细胞色素b基因的黑鳍鳈(Sarcocheilichthys nigripinnis)生物地理学过程分析

黑鳍鳈(Sarcocheilichthys nigripinnis)为广泛分布于东亚地区的小型淡水鱼类,是生物地理学研究的良好材料。该研究以线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列为分子标记,对中国8个水系20个采样点的黑鳍鳈共142尾个体进行遗传变异及生物地理学过程分析。遗传多样性分析结果表明,142条Cyt b基因序列共检测出56个单倍型,总体单倍型多样性较高(h=0.971),而核苷酸多样性较低(π=0.0212),平均遗传距离较小(2.2%)。分子系统发育树结果表明,黑鳍鳈种群分为7个谱系,以秦岭为界可分为南、北两大支系,北方支系分化时间较早(谱系Ⅰ)而南方支系分化程度较高(谱系Ⅱ~Ⅶ)。该研究结果进一步揭示了克氏鳈(S.czerskii)的物种形成过程,估算其祖先在较晚近时期(~1.03 Ma)由黄河水系的黑鳍鳈分化而来。谱系生物地理学分析显示,黑鳍鳈的各地理种群表现为由北向南逐渐演化的趋势,地理隔离可能是限制该物种扩散和基因交流的主要原因。分子钟分析显示,分化时间发生于0.95~3.92 Ma。种群历史动态结果则推测黑鳍鳈经历过种群扩张,且该过程可能与更新世冰期与间冰期的更迭相关。