应用高分辨率熔解曲线分析石蜡标本中KRAS基因突变

目的:KRAS基因在结直肠癌患者突变率为30％～50％,并且KRAS基因状态与抗EGFR抗体疗效的密切相关.常用的直接测序法其检测灵敏度低、容易出现假阴性结果.采用高分辨率溶解曲线分析法检测结直肠癌中KRAS基因突变,探索其应用于临床检测的可行性.方法:本文收集20例结直肠癌患者石蜡包埋组织标本,应用高分辨率熔解曲线方法检测KRAS基因突变(2,3号外显子).将KRAS基因突变型DNA(p.G12D)和野生型DNA梯度混合稀释,突变型DNA浓度分别为40％、20％、10％、2％,进行高分辨率熔解曲线方法进行检测,并将扩增产物进行直接测序,比较两种方法的灵敏度.结果:在20例结直肠癌患者中检出5例2号外显子突变,p.G12D 2例,p.G12V 2例,p.G13D 1例,3号外显子未检出突变.HRM方法检测基因突变的检出限可达2％,直接测序法检测基因突变的检出限为20％.结论:HRM法比直接测序法灵敏度高,能精确检测出结直肠癌石蜡标本中低浓度的KRAS突变,有望应用于临床基因突变检测.     

一种快速检测CLN6模型小鼠基因型的方法——高分辨率熔解曲线分析法

目的建立利用高分辨率熔解曲线（HRM）分析快速鉴定CLN6（神经元蜡样脂褐质沉积症,ceroid—lipofuscinosis,neurona16）小鼠（c2硒基因移码突变）基因型的方法。方法根据NCBI公布的小鼠cln6序列（NC00075）设计HRM引物和测序引物,然后采用HRM技术获得高分辨熔解曲线鉴定实验小鼠基因型,同时通过直接测序法进行验证,评价其灵敏性和准确性。结果181只实验小鼠经HRM检测,共有野生型11只、Cln6基因突变杂合子73只和纯合子97只,HRM结果和直接测序结果完全一致,准确性为100％。结论HRM方法检测DNA微小突变时具有操作简便、快速、灵敏,单管避免污染以及准确度高等优点,值得推广。     

异柠檬酸脱氢酶-1 突变及MGMT 甲基化在脑胶质瘤的诊断及治疗研究进展

异柠檬酸脱氢酶-1(Isocitrate dehydrogenase-1,IDH1)突变是脑胶质瘤中基因突变所导致的代谢物生成异常,突变型胶质瘤与普通型胶质瘤具有不同的分子生物学特征,并常与患者良好预后相关。MGMT(O6-methylguanine-DNA methyltransferase)启动子甲基化能够降低胶质瘤中DNA修复蛋白MGMT的表达,提高患者对化疗药物烷化剂治疗的敏感性。IDH1突变和MGMT启动子甲基化在胶质瘤的生长过程中存在关联,二者的联合检测对胶质瘤的预后及治疗方式具有一定的提示作用,在胶质瘤的分子病理学诊断方面具有很大的应用前景。目前IDH1突变和MGMT启动子甲基化的检测已逐渐应用于临床,但其诊断方式及治疗指导意义有待进一步研究探讨。本文就IDH1基因突变及MGMT启动子甲基化在胶质瘤诊断及治疗方面的研究进展进行综述。     

高分辨率熔解曲线法检测CYP4A118590T＞C单核苷酸多态性

目的 建立CYP4A11 8590T＞C单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）的高分辨率熔解曲线（high resolution melting,HRM）检测方法.方法先采用温度梯度PCR,确定适宜的退火温度;再利用正交试验,优化引物、DNA模板量和Mg2＋量,最终确定PCR反应体系和反应条件.通过对607例无血缘关系的受试者基因组DNA进行HRM分析,并随机选择50例产物测序.结果 引物最适退火温度为57.8 ℃;PCR最佳反应体系为20 μl,包括2×conc dNTP mix 10 μl,上下游引物（10 μmol/L）各0.5 μl,DNA溶液（30 ng/μl）1.0 μl,Mg2＋（2.5 mmol/L）1.5 μl和灭菌水6.5 μl.607例受试者中CYP4A11 8590TT、TC和CC基因型频率分别为54.7 %、37.6 %和7.7 %.结论该正交试验优化的HRM技术可用于检测CYP4A11 8590T＞C单核苷酸多态性,且其分析结果和测序结果一致.     

IDH1基因突变在胶质瘤中的研究进展

胶质瘤是颅内最常见的恶性肿瘤,发病率逐年增高。越来越多的证据表明IDH1基因突变与胶质瘤密切相关。本文就近年来有关胶质瘤与IDH1基因突变的研究作一综述。IDH1基因编码胞浆内NADP依赖的异柠檬酸脱氢酶,后者能够对异柠檬酸进行催化生成α-酮戊二酸。在40%的胶质瘤中存在IDH1突变,在继发性胶质母细胞瘤中变异率最高。作为一种代谢的关键酶,IDH1突变后可以将α-KG转变成2-HG,后者具有促进细胞增殖和促进肿瘤发生的作用。而且,IDH1突变可以导致胶质瘤代谢和表观遗传学方面的改变。同时,IDH1突变可以通过增加HIF-1α水平及活性增加血管生成。目前在不同级别的胶质瘤当中,IDH1突变已经成为一个与预后密切相关的独立预测因素。对IDH1突变的研究有助于深入了解胶质瘤病因及干预措施的具体机制,有助于胶质瘤的分子水平分类和治疗。     

发现遏制肿瘤生长的有效代谢物

复旦大学生物医学研究院熊跃、管坤良教授所领导科研团队的研究成果—“神经胶质瘤衍生的IDH1突变显性抑制酶催化活性,激活HIFI”,初步探明了基因突变促进神经胶质瘤生长的分子机理,找到了遏制肿瘤生长的有效代谢物,为神经胶质瘤及其他肿瘤的治疗带来希望.IDH1基因突变在继发性神经胶质瘤中的突变频率高达75％以上,使得IDH1基因成为潜在的神经胶质瘤的诊断指针和靶向治疗目标。     

PIK3CA 基因突变的MassARRAY 分子量阵列分析

目的:利用MassARRAY分子量阵列分析系统检测胃癌组织PIK3CA基因突变。方法:从胃癌石蜡包埋组织中提取基因组,PCR反应扩增目的基因片段,MassARRAY分子量阵列分析系统检测PIK3CA基因突变;焦磷酸测序验证检测结果。结果:中国西部地区144例胃癌组织样本中PIK3CA_E542K(1624G>A)突变携带率为77.6%,PIK3CA_E545K(1633G>A)突变携带率为84%。MassARRAY分子量阵列分析系统检测结果与焦磷酸测序结果达到100%吻合。结论:建立了MassARRAY分子量阵列分析系统检测基因突变的方法,初步建立了中国西北地区汉族人群胃癌组织PIK3CA基因PIK3CA_E542K(1624G>A)和PIK3CA_E545K(1633G>A)位点突变频数。     

基于锁核酸及等位位点特异性扩增技术的KRAS基因突变检测荧光定量PCR方法研究

基于等位位点特异性扩增的原理,设计锁核酸修饰KRAS基因突变特异性扩增引物,结合封阻探针技术,建立检测KRAS基因突变的荧光定量PCR方法。结果发现,锁核酸修饰的引物及探针可显著提高等位位点特异性扩增技术用于复杂样本中的微量基因突变检测的敏感度,该技术检测KRAS基因突变的敏感性可达0.01%~0.1%。进一步用建立的荧光定量PCR方法检测52例结直肠癌患者血浆标本,并用DNA测序法作为对照,同时用健康人血浆标本建立阴性检测结果判读标准,以初步评价该方法应用于循环DNA中KRAS基因突变检测的可行性。结果发现结直肠癌患者KRAS基因突变主要是G12C、G12A和G12R,而且q PCR法的阳性检出率为46.15%,高于DNA测序法(13.46%),阴性结果与DNA测序法的符合率为100%。此外,结直肠癌患者外周血KRAS基因的突变检出率与文献报道组织标本中的突变检出率及常见突变类型基本相符。上述结果说明该方法检测循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ct DNA)具有较高的可靠性,可以用于肿瘤患者循环血液中KRAS基因突变的检测。     

四引物扩增受阻突变体系PCR快速测定绵羊 BMPR-IB基因型方法的建立

四引物ARMS PCR是检测SNP有效、快速、简便的方法.绵羊BMPR-lB基因是控制Booroola绵羊多胎性状的主效基因,此研究目的在于建立一种对BMPR-IB基因四引物ARMS PCR检测方法.根据四引物ARMS PCR技术原理,在绵羊BMPR-IB基因突变位点(A746G)设计一对特异性引物,并在突变点两侧设计一对参照引物,用来扩增含有突变点的DNA片段,可在一步PCR反应中根据电泳图谱准确判断绵羊个体的BMPR-IB基因型,对比PCR-RFLP检测结果表明,所建立的方法简单,操作简便,大大提高了检测效率.     

单核苷酸突变基因型PCR - SSP快速检测方法的建立

目的:探讨多样本、多基因的单核苷酸突变基因分型操作的PCR - SSP的最优参数,建立最佳反应体系.方法:优化PCR - SSP反应中扩增体系参数,选取优化后的参数做为反应体系;在反应体系已优化的条件下,分别优化解链温度、循环参数.结果:优化后Mg2+、dNTPs、Taq酶、序列特异性引物、内对照引物、DNA模板在20μL反应体系中的终浓度分别为:3.75 μmol/L、0.5m mol/L、2.5U、0.5μmol/L、0.2μmol/L、0.15μg;采用改良的TouchDown做为循环参数,其中DNA变性时间至15min,增加5个起始循环.结论:成功建立了PCR - SSP反应的快速操作体系,扩增条带清晰,普通、琼脂糖凝胶电泳即可检测单核苷酸突变基因型.优化后的体系适合对人、小鼠等各类型DNA样本进行快速多基因单核苷酸多态性分型.