杨东山十二度水自然保护区土壤真菌群落多样性研究

通过对广东省杨东山十二度水自然保护区的土壤真菌核糖体基因内转录间隔区（rDNA-ITS）进行PCR扩增、克隆并测序,构建系统发育树,了解自然生态系统下常绿阔叶林土壤真菌的群落多样性。根据序列同源性及系统发育分析,所得95个克隆分属25个真菌分类操作单元（OTUs）,其中子囊菌门13属,担子菌门6属,球囊菌门和接合菌门各1属,还有4个未知类群,分别占总数的35.8%、49.5%、1.1%、2.1%和11.5%。菱红菇Russula vesca为优势种群,占总数的34.7%,Cladophialophora chaetospira为次优势种群,占总数的14.7%,未知种1和棉革菌Tomentella sp. 1分别占7.4%和6.3%。该地区土壤真菌群落中绝大多数为菌根真菌,占总数的75.8%;其他还包括一些病原菌、木腐菌、地衣内生菌及捕食线虫真菌等。     

嗜碱假单胞菌Ej2浸种对盐胁迫下水稻根系内生菌群落结构的影响

【目的】为明确假单胞菌(Pseudomonas)浸种对盐胁迫下水稻根系内生菌群落多样性及结构的影响。【方法】提取宁粳61号根系内生细菌和内生真菌的总DNA后,利用高通量测序技术检测了水稻幼苗根系内生细菌的V5–V7高变区16S rRNA基因和内生真菌的ITS1–ITS2区ITS基因序列,分析了假单胞菌浸种处理对盐胁迫下水稻根系内生菌的微生态调控作用。【结果】结果表明,嗜碱假单胞菌(P. alcaliphila) Ej2浸种处理可以显著提高盐胁迫下水稻幼苗根系内生细菌和内生真菌群落的多样性、丰富度和均匀度,增加了内生菌门、纲、目、科、属和分类单元OTU(operational taxonomic units)(序列数≥5)的数量;增加内生细菌中拟杆菌门(Bacteroidetes)和放线菌门(Actinobacteria)的丰度,增加率分别达45.97%和9.55%,降低了厚壁菌门(Firmicutes)丰度,降低率为12.22%;显著降低内生真菌中子囊菌门(Ascomycota)的丰度,降低率为17.96%,显著增加被孢霉门(Mortierellomycota)和油壶菌门(Olpidi...     

中国树花可培养内生真菌分离、鉴定及系统发育分析

[目的]了解中国树花内生真菌的多样性及其系统发育关系。[方法]通过常规组织分离法,采用马铃薯葡萄糖琼脂培养基(PDA)分离培养中国树花内生真菌,对内生真菌的菌落、菌丝和孢子进行观察并结合r DNA-ITS序列的PCR扩增测序,对获得的ITS序列通过Gen Bank数据库搜索同源序列并进行分析确定其分类地位并构建系统发育树。[结果]从中国树花中分离得到可培养内生真菌51株,分属4纲、5目、7科、12属,其中青霉属(Penicillium sp.)和曲霉属(Aspergillus sp.)总相对分离率分别为47%、18%,为中国树花内生真菌优势属。[结论]首次对中国树花进行内生真菌的分离,并确定其分类地位,对分离得到的51株内生真菌进行合并相同菌落形态和显微结构,共获得18株内生真菌,通过系统发育分析发现这18株聚为5大类。     

东北大兴安岭石蕊属部分种类的内生真菌多样性（英文）

采用皮层剥离法从东北大兴安岭的7种石蕊属地衣的15个样本的710个组织块分离获得90株地衣内生真菌菌株,平均定植率为12.68%(2.86%–32.76%),定植率和石蕊属的物种之间不存在明显对应关系。根据菌株的菌落、菌丝及分生孢子等特征从中选取30个作为代表,测定其ITS序列。结合分子序列和菌落特征,该90个菌株归属于19个分类单元,隶属于3门、5纲、8目、11科和15属。炭角菌科为优势科,占77.78%,紫棕炭团菌为优势种,占62.22%。每个石蕊种类及总体的内生真菌菌群的Shannon-Wiener指数和Simpson指数显示所获得的石蕊属地衣内生真菌菌群具有中等的多样性及较强的宿主专一性。     

红豆杉免培养内生细菌多样性的初步研究

【目的】了解红豆杉(Taxus chinensis)内生细菌的组成及多样性。【方法】提取红豆杉组织总DNA,选用细菌通用引物799F和1492R对总DNA进行16S rDNA特异性扩增,构建红豆杉内生细菌16S rDNA克隆文库,对阳性克隆进行PCR-RFLP(限制性内切酶片段长度多态性)分析,并对酶切带谱不同的菌液进行测序,构建系统发育树。【结果】根据酶切带谱分析和测序结果的不同,将随机挑取的158个阳性克隆归为26个不同的可操作分类单元(OUTs),系统发育分析表明这些克隆序列分别属于变形菌门(Proteobacteria,包含Alpha、Beta、Gamma、Delta亚群)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)4个门。其中,变形菌门(Proteobacteria,占克隆总数的58.86%)为最优势类群。序列比对结果表明这些克隆序列分别与已报道的20个属具有较高的相似性。此外,还有一个OUTs在系统发育树上形成独立分支且未能确定其分类。【结论】红豆杉内生细菌多样性丰富,并且可能存在新的分类单元。     

云南省文山地区木腐菌真菌资源多样性研究（英文）

本研究于2017–2021年在云南省文山地区进行了5次实地调查,共采集木腐真菌标本2 923号。采用经典分类学方法开展了该地区采集标本的准确鉴定,并编制了木腐真菌完整名录。采用最大似然法、最大简约法和贝叶斯推理法对研究标本的ITS nrRNA基因序列构建系统发育树,剖析分类单元的聚类关系及物种间的系统发育关系。研究结果揭示该地区共报道木腐真菌104种,隶属于5目18科55属。其中多孔菌目为优势目(占总数的51.92%),多孔菌科为优势科(占总数的24.04%),木齿菌属为优势属(占总数的12.50%)。     

云南、浙江、内蒙古禾本科植物内生真菌多样性研究

从云南、浙江和内蒙古的30属禾本科植物分离到1 821株内生真菌,根据ITS rDNA系统发育分析和ITS预测真菌的阈值,将这些菌株鉴定为3门10纲34目216属,其中子囊菌门5纲26目192属,担子菌门3纲6目21属,毛霉门2纲2目3属。粪壳菌纲和座囊菌纲为主要优势纲,相对频率分别为54.8%和30.9%;座囊菌纲的格孢腔菌目和粪壳菌纲的肉座菌目、巨座壳目、小丛壳目、炭角菌目是主要优势目,相对频率分别为26.7%、12.6%、12.1%、11.3%和9.9%。主要优势纲和主要优势目在不同纬度地区的分布有明显差异。在鉴定的216个属级分类单元中,7个已知属Colletotrichum、Alternaria、Fusarium、Diaporthe、Penicillium、Arthrinium、Trichoderma和1个分类地位未定的属Pleosporales incertae sedis type 12的相对频率大于2%,除了这个分类地位未定的属以外,7个已知属都是广泛分布的真菌;云南、浙江和内蒙古的内生真菌组成和多样性差异明显,二地或三地共有的属仅58个,且云南禾本科植物的内生真菌多样性程度最高,内蒙古禾本科植物的内生真菌多样性程度最低;根部和地上部组织的内生真菌组成和多样性差异明显,两者共有的属仅53个,地上部组织的内生真菌多样性高于根部组织。因此,进一步深入调查不同区域,特别是热带和亚热带的禾本科植物内生真菌将丰富我们对禾本科植物内生真菌多样性的认识。     

广东和广西地区柑橘木虱内生细菌的分离鉴定及多样性分析

[目的] 基于广东和广西地区柑橘木虱内生细菌的分离培养及分子鉴定,明确柑橘木虱可培养内生细菌的多样性,为研究内生细菌与柑橘木虱互作、筛选潜在的共生控制候选细菌提供基础。[方法] 采用虫体捣碎和涂布平板法分离柑橘木虱内生细菌,在线BLAST分析菌株的16S rDNA序列,鉴定内生细菌的种属,并构建优势菌群的系统发育进化树和韦恩图。[结果] 共获得114株柑橘木虱内生细菌,归为细菌界的3个门的15个属,其中芽孢杆菌属59株为优势菌群,占分离细菌总数的51.75%;假单胞菌属14株,占分离细菌总数的12.28%;泛菌属10株,占分离细菌总数的8.77%;其他细菌占分离细菌总数的27.19%。[结论] 芽孢杆菌属细菌广泛分布在两广地区的柑橘木虱体内,值得作为潜在的候选细菌进行共生控制柑橘木虱的研究。     

钾矿区海金沙内生真菌多样性及生态分布研究

为探明不同钾矿区同种植物内生真菌的物种多样性、群落组成以及生态分布规律, 运用传统组织分离方法与分子生物学方法相结合, 对3 个不同钾矿区(龙南安基山、南京小龙山、黎川龙安)的海金沙居群地采样, 进行了海金沙内生真菌的分离频率、种类组成、多样性和生态分布分析, 同时与非钾矿区(庐山莲花洞)海金沙内生真菌进行对比分析。结果表明: 从海金沙1200 个组织块中分离出477 株内生真菌, 其中产孢菌株229 株, 占总数48 %, 不产孢菌248 株, 占52%。根据形态学特征和形态型菌株的rDNA 的18S 基因和ITS 序列的相似性比较和分子系统发育分析确定477 菌株中438 菌株鉴定隶属于Alternaria、Colletotrichum、Fusarium、Peniccillium 等75 个分类单元, 还有39 株不产孢类群无法鉴定。在真菌属的水平, 以Colletotrichum (20.96%)、Fusarium (11.32%)和Alternaria (8.81%)为优势菌群。从分离频率来看, 不同钾矿区内生真菌出现频率存在差异, 各矿区内生真菌菌群之间的相似性低, 相似性系数(Cs)在0.07-0.30 之间。钾矿区海金沙内生真菌出现频率高于非钾矿区, 非钾矿区(莲花洞)菌株分离频率为19.08%, 而在钾矿区中南京分离频率最高(33.33%)。在宿主组织中, 海金沙叶片、叶柄和根状茎等不同组织部位内生真菌在数量、种群分布以及优势种群等方面存在较大差异, 叶柄(44.44%)>叶片(39.41%)>根状茎(16.15%), 在各个组织部位的优势类群分布也存在一定的差异。形成内生真菌分布差异性与不同地理位置、气候因素、土壤理化性质和宿主植物组织的生理状况以及化学组成变化等密切相关。     

黄花倒水莲内生真菌生物活性评价及HNLF-44菌株鉴定

为充分开发黄花倒水莲(Polygala fallax)的内生真菌资源，获得具有抗植物病原真菌、抗氧化活性的内生真菌，该文以黄花倒水莲内生真菌为研究对象，使用平板对峙法检测内生真菌对6种植物病原真菌的抑菌活性，测定内生真菌发酵液的DPPH清除自由基能力和总还原能力，评价内生真菌的抗氧化活性，并对具有强抑菌活性和抗氧化活性的菌株进行形态和ITS鉴定。结果表明：(1)黄花倒水莲内生真菌中有2株内生真菌对香蕉专化尖孢镰刀菌、柑橘树脂病菌、叶点霉菌、香蕉具条叶斑病菌、茄病镰刀菌、三七根腐病菌具有明显的抑菌活性，抑菌率在50.3%～91.4%之间，其中HNLF-5对柑橘树脂病菌的抑菌率为73.2%,HNLF-44对香蕉专化尖孢镰刀菌抑菌率为91.4%。(2)内生真菌发酵液具有良好的抗氧化活性，DPPH清除率均在80%以上，总还原能力吸光值范围为0.279 2～0.748 8。(3)HNLF-44菌株为链格孢属真菌。该研究表明，药用植物黄花倒水莲内生真菌具有较好的生物活性，为后续从黄花倒水莲内生真菌中挖掘潜在新型抑菌活性和抗氧化活性物质奠定了基础。     

免培养研究野生秦岭羚牛瘤胃细菌多样性

[目的]了解野生秦岭羚牛(Budorcas taxicolor bedfordi)瘤胃细菌的组成及其多样性。[方法]提取野生秦岭羚牛瘤胃内容物总DNA,对总DNA进行16S rRNA特异性扩增,构建瘤胃细菌16S rRNA克隆文库,对阳性克隆进行PCRRFLP(限制性内切酶片段长度多态性)分析,并对HaeⅢ酶切带谱不同的菌液进行测序,构建系统发育树。[结果]根据酶切带谱分析和测序结果的不同,将随机挑取的112个阳性克隆归为27个不同的可操作分类单元(OTUs)。系统发育分析表明这些克隆序列主要分布于厚壁菌门(Firmicutes,58.03%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,27.68%),另有纤维杆菌门(Fibrobacteres,5.36%)、螺旋体门(Spirochaetes,4.46%)、变形菌门(Proteobacteria,2.68%)、粘胶球形菌门(Lentisphaerae,0.89%)和Synergistetes(0.89%)。未培养菌所占比例高达82.14%。[结论]研究表明野生秦岭羚牛瘤胃内生细菌测序后分为7门27属。     

黑老虎内生真菌及根际土壤真菌的群落结构与生态功能分析

为探讨黑老虎(Kadsura coccinea)根际土壤和组织内生真菌菌群的组成及其生态功能，该研究采用ITS高通量测序技术对成熟黑老虎(根、茎、叶)内生真菌及根际土壤真菌群落结构、多样性和生态功能进行了分析。结果表明：(1)从12个样品中共获得2 241个可操作分类单元(OTU),涉及10门、41纲、95目、212科、367属，内生真菌(根、茎、叶)和根际土壤真菌OTU数分别为386、536、258、1 435个，其中共有的OTU为18个。在门水平上，黑老虎内生真菌及根际土壤真菌优势群落均为子囊菌门和担子菌门，其中子囊菌门在叶和茎中占比分别高达96.99%和95.37%;在属水平上，黑老虎根际土壤真菌中腐生真菌被孢霉属占比较高(为13.5%),叶和茎等生长旺盛的组织中子囊菌门未分类属和痂囊腔菌属占比较高。(2)α多样性分析结果显示，黑老虎根际土壤真菌群落的丰度和多样性明显高于内生真菌，茎中内生真菌丰度显著高于根和叶，而根、茎和叶组织间内生真菌多样性差异不显著；PCoA分析结果显示，叶和茎的真菌群落结构相似性更高。(3)利用FUNGuild数据库进行的功能预测分析结果显示，黑老虎根际土...     

灌木林土壤古菌群落结构对地表野火的快速响应

为了评价地表野火对土壤古菌群落结构的即时影响,在灌木林火发生18h后,于火烧迹地和未烧地采集土壤样品,通过构建两个土壤古菌16S rDNA基因文库,研究火烧后小时尺度下土壤古菌群落结构的变化。从火烧和对照未烧土壤古菌文库中共得到19个古菌的操作分类单元 (Operation taxonomic units,OTUs),其中对照未烧林地土壤文库中存在9个OTUs是火烧土壤中缺失的类群,占克隆总数的5.91%。未烧林地中3个优势古菌克隆YMar-F25（GQ304791）、YMar-F32（GQ304792）及YMar-F21（GQ304789）系统发育归类为泉古菌门亚群GroupⅠ,分别占克隆总数的15.50%,18.18%,41.36%;而在火烧迹地中这3个古菌分类群仍为优势群,分别占克隆总数的15.59%,22.58%,46.24%。多样性指数分析显示对照土壤古菌文库Shannon-Wiener指数为1.87,而火烧土壤古菌文库为1.40。结果表明,在小时尺度上,高强度灌木林火使土壤古菌多样性立即降低,低丰度土壤古菌种群对火干扰敏感,高丰度古菌的种群结构火烧后无明显变化。     

三种水生植物内生真菌多样性及其抗真菌活性

从华凤仙(Impatiens chinensis L.)、问荆(Equisetum arvense L.)和轮叶狐尾藻(Myriophyllum verticillatum L.) 3种植物中共分离到内生真菌155株。经鉴定, 它们分属于26个不同的分类单元。以杨桃炭疽菌(Colletotrichum gloeosporioides)、香蕉疫霉(Phytophthora nicotianae)和腐皮镰刀菌(Fusarium solani)等6种植物病原真菌为指示菌, 对3种水生植物内生真菌代谢产物进行抗菌活性研究。结果表明, 有37株内生真菌(占分离菌株总数的23.9%)显示出对一种或多种病原菌的抑菌活性。来自华凤仙、问荆和轮叶狐尾藻的抗菌活性菌株比例分别为29.2%、13.9%及37.1%, 都远低于已报道的陆生植物内生真菌中活性菌株的比例。抗菌活性菌株主要分布于枝孢属(Cladosporium)、木霉属(Trichoderma)和地霉属(Geotrichum)等5个属中。     

黄精根际及药用部位内生真菌群落组成和生态功能分析

为寻找促进药用植物活性代谢产物合成的微生物,该文以黄精为研究对象,利用高通量测序技术和生态功能预测平台,测定根际土真菌、根茎和根内生真菌的ITS序列,分析其真菌多样性和群落组成,并预测根茎内生真菌的生态功能。结果表明:(1)测序得到1 023个可操作分类单元(OTUs),根际、根茎和根真菌OTU数分别为703、128和141,三种部位真菌群落组成差异显著,根际土存在特有的真菌类群,即壶菌门。(2)根际土、根茎及根共有OTU 41个,子囊菌门占共有真菌的58.15%,丰度最大。(3)根茎内生真菌被划分6个生态功能群,包括未定义腐生菌、菌寄生真菌、动物病原菌、植物病原菌、丛枝菌根真菌和地衣共生真菌,37个undefined种类(34.91%)在FUNGuild数据库中没有参考信息。研究认为根茎中优势菌属Setophoma、新赤壳属等内生真菌可能与活性代谢产物密切相关,可为黄精药用功能菌群的发掘提供数据参考。     

铁皮石斛内生真菌研究进展

目前已经从不同生境的铁皮石斛(Dendrobium officinale Kimura et Migo)中分离到内生真菌252株,这些内生真菌涵盖了真菌门（Eumycota;Mycobionta）5个亚门中的半知菌亚门(Deuterornycotina)、担子菌亚门(Basidiomycotina)和子囊菌亚门（Ascomycotina）等3个亚门,已经鉴定的内生真菌分属于48个属。有些内生真菌对铁皮石斛的种子萌发和植株生长均有促进作用。对铁皮石斛内生真菌的多样性和分类、铁皮石斛内生菌与宿主的关系进行了综述,探讨研究中存在的问题, 并对今后研究方向提出建议。     

免培养法对大鲵肠道微生物多样性的研究

【目的】了解大鲵肠道内生细菌的组成及多样性。【方法】采用美国Mo Bio公司试剂盒提取大鲵肠道内容物总DNA,选用细菌通用引物799F和1492R对总DNA进行16S rRNA基因特异性扩增,构建大鲵肠道内容物内生细菌16S rRNA基因克隆文库,对阳性克隆进行限制性内切酶片段长度多态性(PCR-RFLP)分析,并对HaeⅢ酶切带谱不同的菌液进行测序,构建系统发育树。【结果】根据酶切带谱分析和测序结果的不同,将随机挑取的101个阳性克隆归为28个不同的可操作分类单元(OTUs),系统发育分析表明这些克隆序列分别属于变形菌门(Proteobacteria)、梭菌门(Clostridia)、芽孢杆菌门(Bacilli)和衣原体门(Chlamydiae)4个门。其中,变形菌门(Proteobacteria,占克隆总数的92.08%)为最优势类群。序列比对结果表明这些克隆序列分别与已报道的20个属具有较高的相似性。此外,还有一个OTU在系统发育树上形成独立分支且未能确定其分类。【结论】大鲵肠道内生细菌多样性丰富,并且可能存在新的分类单元。     

番茄根内生假单胞菌的分离与鉴定

[目的]通过对番茄根内生假单胞菌的分离和纯化,为研究番茄根内生假单胞菌生态学及其与植物生长之间的关系,筛选潜在的植物病害生防菌株奠定基础。[方法]以福州闽侯蔬菜大棚种植的番茄为研究对象,采用传统微生物培养技术分离纯化根内生细菌。通过16S rDNA序列同源比对与分析,鉴定和统计番茄根内生菌中可培养假单胞菌的种类和数量。[结果]在分离纯化得到的21株番茄根内生菌中,经分子鉴定其中12株为假单胞菌(Pseudomonas),序列对比和系统发育分析表明12株假单胞属可分为4个不同的类群。从统计结果来看,假单胞菌属占所培养的番茄根内生菌总数的52.1%。[结论]假单胞属细菌占番茄根可培养内生菌总数的52.1%,为优势菌,并具有较高的种类多样性。     

姜黄根茎内生真菌区系分析

目的了解姜黄植物根茎中内生真菌群落组成和生态分布规律。方法采用表面消毒法分别于春、冬季从姜黄植物根茎中分离内生真菌,通过形态特征和基于ITS序列的系统发育分析初步确定其分类地位。结果分离获得51株内生真菌(春季33株、冬季18株),初步鉴定其分别归于5个纲、7个目、8个科、8个属(Fusarium,Gibberel-la,Alternaria,Phomopsis,Diaporthe,Nectria,Botryosphaeria,Mucor),其中镰刀菌属(Fusarium,51.0%)和赤霉属(Gibberel-la,17.6%)为优势菌群;春季分离的内生真菌分属于7个属(分离率为82.5%),而冬季的内生真菌仅归入4个属(分离率为45.0%)。结论姜黄植物中内生真菌具有较丰富的物种和系统发育多样性,在类群组成和分布上存在季节性差异,某些内生真菌(Fusariumsp.)具有宿主偏好性。     

基于rDNA ITS序列的油茶叶片内生真菌多样性研究(英文)

油茶是我国热带和亚热带地区广泛栽培的一类重要的经济树种,其种子可生产优质食用油(茶油)。为了比较全面地了解油茶的内生真菌多样性,采用基于rDNA ITS的免培养法从油茶叶片中提取了总DNA,再从总DNA样本中直接扩增了内生真菌核糖体RNA基因内转录间隔区序列(ITS),进而构建了ITS克隆文库。共计从50个克隆子中获得了22种不同的克隆序列,其中3个为嵌合体,7个归属为植物,其余克隆序列根据序列相似性和系统发育分析归为12个不同的分类操作单元(OTUs),全部为子囊菌,分属于4纲4目,其中Aspergillus属2种,Mycosphaerellaceae科1种,Sordariales目4种,Helotiales目5种,Aspergillus属真菌是优势菌。结果表明油茶叶片内生真菌的种类分布较广。