枯草芽孢杆菌168新型转录终止子的构建与表征

转录终止子作为一种位于终止密码子后的调控信号,负责终止DNA的转录和RNA的释放。文中首次改造并分析了来源于噬菌体的λto终止子的发卡结构与富含尿嘧啶的序列对枯草芽孢杆菌168中基因转录终止效率以及mRNA稳定性的影响。结果表明,相对于野生型的λt0终止子,突变体M3、M11和M12表现出了更高的转录终止效率,突变体M3、M4和M11更有利于上游绿色荧光蛋白mRNA的稳定。另外,我们发现插入RNase作用位点同样提高了mRNA的稳定性。研究结果表明终止子中的发卡环对转录终止不是必需的,同时,结果也证明了转录终止子可以作为一种潜在的工具用于提高枯草芽孢杆菌中mRNA的稳定性以及相应酶的 表达。     

枯草芽孢杆菌168新型转录终止子的构建与表征（英文）

转录终止子作为一种位于终止密码子后的调控信号,负责终止DNA的转录和RNA的释放。文中首次改造并分析了来源于噬菌体的λt_o终止子的发卡结构与富含尿嘧啶的序列对枯草芽孢杆菌168中基因转录终止效率以及mRNA稳定性的影响。结果表明,相对于野生型的λt_0终止子,突变体M3、M11和M12表现出了更高的转录终止效率,突变体M3、M4和M11更有利于上游绿色荧光蛋白mRNA的稳定。另外,我们发现插入RNase作用位点同样提高了mRNA的稳定性。研究结果表明终止子中的发卡环对转录终止不是必需的,同时,结果也证明了转录终止子可以作为一种潜在的工具用于提高枯草芽孢杆菌中mRNA的稳定性以及相应酶的表达。     

大肠杆菌内源性转录终止子的支持向量机预测方法

内源性转录终止子的计算预测是基因转录调控研究的重要内容,但当前方法的预测特异性偏低.在深入分析大肠杆菌内源性终止子中RNA发夹结构和多聚胸腺嘧啶区域等特征信号的基础上,为内源性终止子建立了一个由5个特征变量组成的包含序列组分、局部构象和能量分布信息的特征集,并根据此特征集实现了一种基于支持向量机的内源性终止子计算预测方法.针对大肠杆菌内源性终止子数据集和编码区阴性对照集的六重交叉验证测试证实了预测方法的有效性,对已知数据的预测平均正确率达到了99.4%.在对大肠杆菌全基因组限定范围内的搜索中,该预测方法可以成功地识别出绝大多数已知内源性终止子,与其他几种常用方法相比,预测结果总数大幅度减少,预测的特异性有了明显提高.     

在ADH1转录终止子区存在逆向复制叉移动的阻抑点

双向电泳定位复制叉技术是定位复制起点及分析复制叉移动过程的有力手段.用该技术分析了从酵母V号染色体克隆的pBY8-ARS在质粒上的复制起始功能 同时,构建了一个质粒模型包含ADH1启动子,终止子及βhCG-cDNA的转录单位,用双向电泳分析该转录单位逆向复制叉移动的情况. 首次证明,除rDNA以外,结构基因的终止区也存在逆向移动的复制叉的阻抑点,这为转录对逆向复制叉的移动具有阻抑作用的普遍性提供了证据.     

植物NAC转录因子的研究进展

NAC(NAM、ATAF1、ATAF2和CUC2)转录因子是植物特有的一类转录因子,在多种陆生植物基因组中发现有超过100个成员,是植物基因组中最大的转录因子家族之一.该家族转录因子的共同特点是其N端具有保守的NAC结构域,C端则为高度变异和具有转录激活功能的调控区.具有多种生物功能NAC家族转录因子在植物生长发育、胁迫应答和激素调节等过程中具有重要作用.就植物NAC转录因子的基本结构特征和生物学功能最新研究进展进行综述.     

rbcL转录物在原核体系中的成熟作用与其3′端碱基序列的关系

对烟草(Nicotiana tobacum)rbcL转录单位3'端前后相连的2个逆向重复序列作系统删减并单独将此2个序列分开。在原校体系中考察这些缺失子的转录物,结果表明,成熟rbcL mRNA的积累依赖于3'端的大逆向重复序列及未翻译区的一段序列。 将带有逆向重复序列的片段插入菠菜rbcL启动子及苏氨酸终止子之间,大肠杆菌的RNA多聚酶读过rbcL3'端的逆向重复序列而全部停止在苏氨酸终止子的终止位点,表明成熟的rbcL mRNA不是rbcL转录的直接产物,而是由前体mRNA经转录后的加工过程后形成的。     

受逆境诱导的水稻Rim2/Hipa假基因转录本选择性加尾和剪接

我们以往的研究证明水稻受病原菌诱导的Rim2/Hipa因子是水稻基因组所特有的DNA转座子超级家族.本实验通过对病原菌诱导的cDNA文库的筛选和对EST数据库的搜索,发现在众多的Rim2拷贝中,只有Rim2-42因子被表达,其为一个TNP2类转座酶的假基因,其编码区为终止子所打断.序列分析结果表明Rim2转录本被选择性剪接和加尾,而且在两个水稻亚种中的剪接方式有差异,共形成7种不同转录本结构,包括一个未知功能的Rim2-XET嵌合转录本,该嵌合转录本为转录通读(read-through)所形成,而XET基因是可以被逆境所诱导的.这些结果说明Rim2因子家族可能已失去转座的活性.结果也初步表明Rim2-42因子插入到了一个XET基因启动子的下游,该启动子带动了Rim2因子的诱导表达.     

nut R 中的突变对λ噬菌体早期转录抗终止作用的影响

将λDNA的nutR序列置于Lac启动子的下游,在nut R和β-半乳糖苷酶基因(gal K)之间插入λ噬菌体依赖rho的终止子tR1,使ga1 K的表达取决于N蛋白介导的转录抗终止作用。为研究nutR对抗终止的影响,系统地进行了该序列中每个碱基的点突变(A→C,G→T,C→A及T→G)。结果表明boxA中有两个碱基(位置2和5)的突变对抗终止作用是至关重要的,使抗终止效率降低了10倍;而其他位置的改变影响甚微。boxA的缺失在nus~ 宿主中使抗终止效率降低了40％,但在nusB宿主中却恢复到野生型水平。boxB茎环结构中,茎部顶端的碱基对及环中邻近基部的两个碱基的突变对抗终止作用影响很大,被认为是N蛋白的识别序列。boxA和boxB之间的间隔序列中有两个碱基的突变几乎使抗终止作用丧失。     

Identification and characterization of new DNA replication terminators in Bacillus subtilis

A functional DNA replication terminator of Bacillus subtilis contains two overlapping binding sites, A and B, for the replication terminator protein (RTP). A degenerate 17-mer oligonucleotide corresponding to the consensus B site has been used to detect four new terminators in the B. subtilis chromosome, in addition to the previously identified and closely spaced IRI and IRII. All the new terminators lie in the terminus region of the chromosome, on both sides of IRI and IRII, with their positions spanning <1O% of its length. Their DNA sequences are characterized by clearly identifiable A- and B-binding sites. They bind RTP in a manner indistinguishable from IRI, although precise affinities have not been compared. Each new terminator is functional in causing fork arrest when present in a plasmid replicating in B. subtilis . Three of the four were tested for polarity in fork-arrest activity and exhibited the polarity expected. The total of six terminators now identified in B. subtilis have been named TerI-TerVI . TerI and TerII correspond to the previously identified IRI and IRII, respectively. The chromosomal orientations of all but one of the terminators ( TerIV ) have been established and they conform to an arrangement similar to that in Escherichia coli in which two opposed groups of polar terminators provide a replication-fork trap ensuring that the approaching forks meet within a restricted region of the chromosome. The development of a strikingly similar arrangement of terminators in the two organisms, despite the lack of any detectable similarity in their respective DNA terminators and terminator proteins, emphasizes the importance of the replication-fork trap in each case.