中国东北地区远东鼩鼱遗传多样性与遗传结构

对中国东北地区3个种群(大兴安岭、小兴安岭和长白山山脉)的远东鼩鼱(77个样本)Cyt b基因全序列进行分析,共获得64个单倍型。整体单倍型多态性为0.9920,核苷酸多态性为0.0105,表明该地区远东鼩鼱具有较高遗传多样性,且长白山山脉远东鼩鼱种群遗传多样性明显高于大兴安岭和小兴安岭种群。F-统计量、遗传相似系数和遗传距离分析结果均显示,种群间和采样地间的遗传距离与地理距离基本相符。方差分析显示,种群间的变异占总变异的33.4%,种群内的采样地间变异占总变异的10.2%,采样点内部变异占总变异的56.4%。种群历史分析显示,东北地区远东鼩鼱未经历过数量扩张。从GenBank下载了欧亚其他地区远东鼩鼱序列进行遗传结构研究。远东鼩鼱系统发生树分化为2大分支:一大支主要由大兴安岭和小兴安岭种群构成,两种群具有一定分化;另一大支又分为两个分支。中介网络图显示,远东鼩鼱具有3个谱系:一个谱系主要由大兴安岭和小兴安岭的单倍型样本构成,还包括长白山山脉的4个单倍型样本;另一谱系包括来自于中国东北地区3个种群的个别单倍型,还包括俄罗斯贝加尔湖单倍型和芬兰单倍型;最后一个谱系完全是由长白山山脉单倍型构成。遗传多样性、系统发生树和中介网络图结果均表明,长白山山脉为远东鼩鼱末次冰期避难所。     

基于细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因的中缅树鼩地理种群遗传分化

中缅树鼩广泛分布于东南亚地区,在我国主要分布于西南地区及海南岛。本研究以中国10个地理种群共112只中缅树鼩为研究对象, PCR扩增得到1398 bp的细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因序列,并对其进行分析。 结果显示：112个中缅树鼩COⅠ基因共定义了64个单倍型,其单倍型多样性（Hd）平均值为0.9730,核苷酸多样性（Pi ）平均值为0.04494;AMOVA方差分析显示种群间的变异占总变异的93.09%,说明中缅树鼩地理种群变异主要发生在种群间;整体遗传分化固定指数（F_ST）为0.93091,说明各地理种群中缅树鼩已出现明显的遗传分化;结合中性检验与碱基错配分布图结果表明中缅树鼩在历史进程中未经历过种群扩张现象; 基于单倍型构建的系统进化树与NETWORK网络图显示10个地理种群的中缅树鼩聚为4支：海南种群一支,大新种群一支,片马种群一支,其他种群一支。结果表明：中国不同地理种群的中缅树鼩具有较高的遗传多样性,各地理种群间已经出现了较为明显的遗传分化,地理阻隔作用可能是其分化的主要原因。     

中国北鳅谱系地理学分析

北鳅(Lefua costata)为冷水性鱼类, 分布于淮河以北, 分析遗传结构能够反映其适应环境变迁的响应。基于线粒体D-loop区211条序列分析了我国北鳅的谱系地理学和遗传多样性, 样本采自9条水系共18个样点。单倍型分析显示共计55个单倍型, 呈高单倍型多样性(h=0.9304)和高核苷酸多样性(π=0.0087)。单倍型多样性和核苷酸多样性最高的为辽东半岛种群(LD) (h=0.8920, π=0.0074), 其他地理种群距辽东半岛越远, 单倍型多样性越低。遗传距离(K2P)、群体间的遗传分化指数(F_ST)及AMOVA分子方差分析均显示LD种群与其他地理种群存在显著分化。基于单倍型构建的分子系统发育树和单倍型网络关系图均显示9条水系的单倍型不能各自聚类, 形成3大分支: 分支A以LD种群为主; 分支B含所有地理种群; 分支C以淮黄河种群(HH)和海滦河种群(HL)为主。中性检验和错配分析显示不同地理种群有扩张现象。基于化石校准点和北鳅鱼类D-loop序列1.00%Ma的平均进化速率评估各地理种群的分歧时间, 为2.3784— 0.0477Ma前, LD种群与其他地理种群分化时间最早(2.3784 Ma前), 推测LD种群受第四纪冰期影响较小, 辽东半岛为我国北鳅起源地之一, 其他地理种群以辽东半岛为中心借助松辽古大湖和黄渤海平原河口等发生多次迁移。     

云南部分地区大绒鼠种群遗传多样性与遗传分化研究

大绒鼠Eothenomys miletus是云南省野鼠鼠疫疫源地的主要宿主动物之一。本研究对云南部分地区大绒鼠线粒体细胞色素b(cyt b)基因的部分序列进行分析,探讨云南不同地理种群大绒鼠的遗传多样性和遗传分化。共获得7个采样点140只大绒鼠的cyt b基因序列,共发现变异位点109个,定义51个单倍型,所有种群均为高单倍型多样性和低核苷酸多样性模式,整体平均单倍型多样性为0.977±0.004,核苷酸多样性为0.018 45±0.001 78。基于类平均法构建的分子系统发育树和基于中连法构建的单倍型网络关系图显示出相同的结果,大绒鼠种群分化为4个地域性分支。基因流数据显示多数地理种群间基因交流贫乏,分子变异分析表明,种群间的遗传差异(84.29%)明显高于种群内(15.71%),遗传分化显著。IBD分析表明,大绒鼠的遗传分化与地理距离呈正相关(r=0.699 7,P0.05),说明地理距离隔离是大绒鼠种群分化的重要原因之一。大绒鼠的这种遗传多样性与种群遗传分化,可能与其地下洞道生活、扩散能力弱、地理距离隔离等因素有关。本研究为大绒鼠的分子生态学研究提供了参考依据。     

内蒙古布氏田鼠地理种群遗传多样性

以MHCⅡ类基因第二外显子为分子标记,利用限制性内切酶分析法和序列分析法对8个布氏田鼠Lasiopodomys brandtii地理种群进行遗传多样性分析。结果显示,8个布氏田鼠地理种群的MHCⅡ类基因第二外显子酶切共检测到6个等位基因,定义21种单倍型,其中有3个单倍型为不同区域种群共享,经卡方检验,6个酶切多态性位点上基因型频率不符合Hardy-Weinberg平衡;序列分析显示,在261 bp的核苷酸序列中,有57个变异位点,单倍型多样性为0.746 5~0.873 3、核苷酸多样性为0.006 06~0.016 55。谱系分析得到3个稳定的分支:锡林浩特、二连浩特、东乌珠穆沁旗和西乌珠穆沁旗4个种群形成一个单元分歧的进化分支(A区域),新巴尔虎左旗、陈巴尔虎旗和新巴尔虎右旗3个种群成一个单元分歧的进化分支(B区域),而位于浑善达克沙漠南部的正镶白旗种群形成一个独立单元分歧的进化分支(C区域),分别与采集的地理种群相吻合。AMOVA分析结果表明,区域类群间的遗传变异占总变异比率的64.08%,区域内种群间占7.78%,种群内占28.14%。除正镶白旗种群外,布氏田鼠种群具有较丰富的遗传多样性,遗传变异主要发生在区域类群之间和种群内。     

高原鼢鼠线粒体谱系地理学和遗传多样性

高原鼢鼠是一类地下独居啮齿动物,为青藏高原特有种之一。为研究该物种的谱系地理学和遗传多样性,本文测定了采自青藏高原东部3个地理种群8个小种群共37个个体的线粒体D-loop区序列变异。在长度为627bp的序列中,共发现50个变异位点,定义了26种单倍型。该物种的单倍型多样性（Haplotype diversity,H）较高和核苷酸多样性（Nucleotide diversity,πn）较低。谱系分析得到3个稳定的分支,分别与采集的地理种群相吻合：同一地理种群内单倍型之间遗传差异小,而不同地理来源的单倍型之间存在较大区别。距离隔离分析表明高原鼢鼠的遗传分化与地理距离呈正相关。AMOVA分析同样表明地理种群之间存在显著差异：地理种群间变异占遗传变异的80.45%。高原鼢鼠的这种遗传结构特点可能主要是由于第四纪气候变迁、该物种稳定的地下生活环境和有限的迁移能力造成的。     

中国南方茶棍蓟马地理种群遗传分化分析

【目的】基于mtDNA COI和COⅡ的联合序列,探讨中国南方茶棍蓟马Dendrothrips minowai地理种群的遗传多样性与遗传分化。【方法】利用MEGA 6.0, DnaSP 5.10和Arlequin 3.5.2.2等软件对中国南方茶棍蓟马8个地理种群遗传多样性、遗传分化、基因流、分子变异及地理距离与遗传距离的相关性进行分析,并推断群体演化历史。【结果】茶棍蓟马mtDNA COI和COⅡ序列均具有明显的AT偏好性,COI和COⅡ联合序列的长度为1 146 bp,共有22个单倍型。中国南方茶棍蓟马总群体遗传多样性较高,表现出高单倍型多样性(Hd=0.924)和低核苷酸多样性(π=0.00600)。8个地理种群总群体的遗传分化程度高(F_ST=0.84830),基因交流水平低(Nm=0.040),群体可能由于遗传漂变而发生明显分化。AMOVA分析显示,茶棍蓟马种群的遗传变异主要来自组间种群(F_CT=0.84922);Mantel检测显示地理距离与遗传距离存在显著的正相关(r=0.5029, P<0.01)。中性检验结果表明,除云南两个地理种群外的其他地理种群近期可能经历了种群扩张。【结论】中国南方茶棍蓟马地理种群遗传多样性较高,具有明显的遗传分化,基因交流较少;地理距离可能是影响茶棍蓟马地理种群遗传分化的主要因素之一。     

基于线粒体COI基因序列的大豆食心虫中国东北地理种群遗传多样性分析

【目的】大豆食心虫Leguminivora glycinivorella (Matsumura)是一种危害大豆的主要害虫,在中国北方地区危害较重。本研究旨在探讨大豆食心虫在中国东北不同地理种群间的遗传变异。【方法】测定了10个不同地理种群153个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ (mtCOI)基因的657 bp序列,利用DnaSP 5. 0和Arlequin 3. 5. 1. 2等软件对大豆食心虫种群间的遗传多样性、基因流水平和分子变异进行分析。【结果】结果表明：10个地理种群间的COI基因共有36个变异位点和17个单倍型,其中1个单倍型为10个种群所共享。总种群的单倍型多样性指数Hd为0.456,各地理种群单倍型多样度范围在0~0.634之间。总群体的固定系数Fst为0.12545,遗传分化系数Gst为0.06326,总基因流Nm为3.49,且各种群间的基因流均大于1,种群间基因交流的水平较高。【结论】大豆食心虫种群内遗传多样性水平处于中低等水平。总群体和各种群的Tajima’s D检验结果皆不显著,说明中国东北地区大豆食心虫在较近的历史时期内没有出现种群扩张现象。AMOVA分子变异分析结果表明,大豆食心虫的遗传分化主要来自种群内部,而种群间未发生明显的遗传分化。各地理种群的单倍型在系统发育树上和中介网络图上散布在不同的分布群中,缺乏明显的地理分布格局。各种群的遗传距离与地理距离之间没有显著线性相关性,种群间的基因交流并未受到地理距离的影响。     

中哈边境区域黑腿星翅蝗遗传多样性与遗传分化研究

【目的】为了明确中哈边境区域黑腿星翅蝗Calliptamus barbarus Costa的遗传多样性,阐明其区域性发生的遗传机制。【方法】测定中哈边境新疆边境区域阿勒泰、塔城、博乐、伊犁等和哈萨克斯坦境内黑腿星翅蝗5个种群100个体的COⅠ基因全长序列(1 540 bp),利用DnaSP 5.0,MEGA 6.0和Arlequin3.5等软件分析种群遗传多样性与分化情况。【结果】共获得100条COⅠ基因序列,在5个地理种群中发现122个变异位点,包含69个单倍型,其中1个单倍型为4个种群所共享。种群间的遗传距离范围为0.001-0.086。总群体单倍型多样性指数H_d=0.987,各地理种群单倍型多样性介于0.973-0.995之间,总群体核苷酸多样性P_i=0.008 4,总群体的遗传分化系数G_(st)=0.004 5,总群体固定系数F_(st)=0.014 2,总基因流N_m=4.61。中性检验(Tajima's D=-1.553 3,P0.05;Fu’s Fs=-3.732 4,P0.05)结果表明中哈边境黑腿星翅蝗种群在较近的历史上没有出现群体扩张。单倍型网络图和NJ单倍型系统树结果一致,博乐种群与其他种群分化较明显,AMOVA分子变异分析结果表明中哈边境不同地理种群黑腿星翅蝗的遗传分化主要来自种群内部(98.56%),种群间变异水平很低(1.44%)。不同地理种群的遗传距离与地理距离间的相关性不显著。各单倍型散布在不同地理种群中,未形成明显的系统地理结构。【结论】中哈边境区域不同地理种群黑腿星翅蝗基因交流频繁,遗传分化程度低。     

基于线粒体COI序列变异的高原鼢鼠种群遗传分化研究

基于线粒体COI基因序列对高原鼢鼠7个地理种群的遗传多样性、遗传分化和基因流进行分析,158条COI基因序列中发现了570个变异位点,界定了54个COI单倍型。总体单倍型多样性指数Hd为0.911,种群单倍型多样性在0.278—0.964之间,高原鼢鼠的种群遗传多样性较高。群体总的遗传分化系数Fst为0.611,群体间的基因流Nm在-0.020—3.700之间,部分地理种群之间的遗传分化程度高,基因流弱。AMOVA分子变异分析显示,高原鼢鼠的遗传变异主要来自种群之间(77.56%),种群内部的遗传变异较低(22.44%)。中性检验(P0.01)与错配分析显示高原鼢鼠种群经历了群体扩张事件。IBD未检测到地理距离与种群间遗传距离的显著性相关关系(R2=0.124,P=0.118)。综合分析认为,高原鼢鼠不同地理种群间遗传分化的原因除地理隔离外,还与迁移扩散方式、进化过程和其他环境因素有关。     

安氏白腹鼠的形态分化与分布范围修订

安氏白腹鼠（Niviventer andersoni） (Thomas, 1911) 是中国特有种,也是白腹鼠属体型最大的种类。这一物种的基础研究较为薄弱,形态分化也缺乏系统分析。化石记录显示这一物种在第四纪晚期曾广泛分布于中国川黔地区中低海拔环境,然而国内外主要的数据库和专著均显示安氏白腹鼠现生种群分布区较为狭窄,主要在中国西南地区。本文通过检视国内外主要动物博物馆馆藏标本,结合课题组近十年来的野外采集,对安氏白腹鼠不同地理种群的形态分化进行研究,综合利用采集记录和博物馆馆藏数据对这一物种的分布范围进行修订。基于线粒体细胞色素b（Cyt b）的系统发育分析显示这一物种具有3个遗传支系。安氏白腹鼠指名亚种包含于四川盆地周边山脉与华中、华南支系,安氏白腹鼠哀牢山亚种分布于云南西南及藏东南支系。基于头骨测量数据的分析显示安氏白腹鼠不同地理种群已产生显著的分化。安氏白腹鼠现生种群从中国西藏东南地区到秦岭,甚至武陵山地区中高海拔森林环境均有分布,但与第四纪晚期这一物种的化石分布记录相比,现生种群分布海拔已明显上升。     

Morphological relationships among populations in the Sorex caecutiens/shinto group (Eulipotyphla, Soricidae) in East Asia, with a description of a new subspecies from Cheju Island, Korea

We investigated the morphological relationships among eight populations of Sorex caecutiens/shinto group in East Asia using 11 cranial and dental characters and four external characters. Univariate and multivariate analyses of these characters failed to distinguish S. caecutiens and S. shinto. Morphological characters were, in fact, continuous between populations. Sorex shinto from Honshu was similar to S. caecutiens from the Korean peninsula and Primorye in skull dimensions and to S. caecutiens from Hokkaido-Sakhalin in external dimensions. Sorex caecutiens from Cheju Island is morphologically similar to S. shinto from Sado and Shikoku islands. These three insular populations were characterized by having large body sizes. Sorex caecutiens from Cheju was the largest of the S. caecutiens/shinto group in East Asia. This shrew from Cheju was classified definitively as S. caecutiens on DNA data, but has a unique morphology among S. caecutiens populations in East Asia. We therefore regard this Sorex shrew on Cheju Island as a new subspecies of S. caecutiens and designate it S. c. hallamontanus Abe and Oh.     

中国兽类一新纪录白尾高山䶄及西藏、湖北和四川兽类各一省级新纪录

在最近几年开展的小型兽类调查和研究中,通过形态学和分子鉴定的方法,证实在新疆发现的白尾高山䶄（Alticola albicauda True, 1894）是中国新纪录。该种尾全白色,末端有白色毛束;身体背部淡红褐色,腹部纯白。在基于Cyt b构建的系统树中和GenBank中的白尾高山䶄聚在一起,并与银色高山䶄（Alticola argentatus Severtzov,1879）形成姊妹群,两者间遗传距离为5%;在西藏发现小毛足鼠（Phodopus roborovskii Satunin,1902）,其特征和我国其他区域分布的小毛足鼠一致,两者之间Cyt b基因遗传距离（K2P）为0.6%,是西藏新纪录;在四川发现丽江绒鼠（Eothenomys fidelis Hinton, 1923）,牙齿特征,尾长和体长之比和地模标本基本一致,但个体较小,在基于Cyt b构建的系统发育树显示,四川标本为独立分支,表明形态和分子上均存在一定的分化,但和地模标本的遗传 距离只有1.1%,应为同一种,为四川省新纪录;在湖北发现循化鼠兔（Ochotona xunhuaensis Sou and Feng, 1984）,有异耳屏,头骨较扁平,符合循化鼠兔的鉴定特征,与模式产地的循化鼠兔Cyt b基因的遗传距离为1.9%,为湖北新纪录。     

Phylogenetic relationships of Eurasian Nuthatches (Sitta europaea Linnaeus, 1758) from the Alborz and Zagros Mountains,Iran

The Eurasian Nuthatch (Sitta europaea Linnaeus, 1758) is a resident bird in the Alborz and Zagros deciduous forests. We investigated the phylogenetic relationships and the taxonomic position of the Eurasian Nuthatch among other separated lineages of Eurasia with the help of blood samples collected from 19 individuals belonging to four populations in the Eastern and Western Alborz, as well as in the Northern and Southern Zagros forests. Genetic variation was then analysed using complete ND2 gene sequence (1041?bp) and phylogenetic analysis was done using Bayesian and maximum likelihood inference. Additionally, a median-joining algorithm was used to reveal the relationships among haplotypes. The results of the phylogenetic and haplo-type network analyses indicated that Eurasian Nuthatch haplotypes from the Alborz and Zagros Mountains form lineages distinct from the Asian, Caucasian and European haplotypes. Furthermore, an analysis of molecular variance (AMOVA) detected significant (P<0.001) genetic structure among the lineages. The Asian, European, Caucasian and Alborz lineages diverged from one another by an uncorrected genetic distance ranging from 0.029 to 0.039, while the Zagros lineage showed a slightly lower genetic divergence from the Caucasian lineage (0.006), but it did not share any haplotype with the Caucasian lineage. Thus, we suggest considering five Conservation Significant Units (CSU) for the Eurasian Nuthatches as the result of used dataset.     

基于线粒体 Cyt b 基因的柴达木盆地子午沙鼠的遗传多样性与种群结构分析

对采集自柴达木盆地4个子午沙鼠种群的线粒体Cyt b部分序列进行测序,分析其遗传多样性和种群间系统进化关系。结果显示：冷湖-苏干湖种群的遗传多样性最高（Hd = 1.000;π = 0.00530）,花土沟种群的遗传多样性最低（Hd = 0.750;π = 0.00255）。分子变异分析结果显示61.68%的变异来自种群内,38.32%的变异来自种群间。其中, 冷湖-苏干湖种群与其他种群之间的遗传分化水平相对较低,格尔木种群与其他种群之间有较高水平的遗传分化。系统进化分析显示柴达木盆地子午沙鼠以冷湖-苏干湖为发源地沿盆地周边自西向东扩散,各种群之间存在广泛的基因交流。由于地理阻隔,格尔木种群与其他种群间基因交流较少。各地理种群间遗传距离与地理距离不相关。青藏高原大湖期是柴达木盆地各种群之间产生遗传分化的主要原因。     

Genetic structure of Japanese populations of an ambrosia beetle,Xylosandrus germanus (Curculionidae: Scolytinae)

We examined the genetic structures of 13 Japanese populations of an ambrosia beetle, Xylosandrus germanus (Curculionidae: Scolytinae), to understand the effects of geographical barriers on the colonization dynamics of this species. The genetic structure was studied using portions of the mitochondrial cytochrome oxidase I (COI) gene. A phylogenetic analysis revealed three distinct lineages (clades A, B and C) within X. germanus. Clade A contained 21 haplotypes from all 13 populations; whereas clade B contained eight haplotypes from Hokkaido (Sapporo and Furano), Iwate and Nagano populations; and clade C contained only a single a haplotype from the Hokkaido (Furano) population. In the analysis of molecular variance (amova ), the greatest amount of genetic variation was detected between populations in Hokkaido and those in Honshu and other southern islands. Between these two groups of populations, all the values of the coefficient of gene differentiation were significantly larger than zero, except for the Hokkaido (Sapporo) versus Nagano comparison. Our results confirm that for X. germanus, gene flow has been interrupted between Hokkaido and Honshu since the last glacial maximum.     

东北地区棕背鼠平种群遗传结构及亚种分类

Using partial sequences of mtDNA control region,we sought genetic diversity,population genetic structure and subspecies classification in 5 populations of Myodes rufocanus from Northeast China and Hokkaido,Japan. After sequencing a 616 bp segment of control region,we detected 45 haplotypes based on 57 variable sites among 55 individuals. Our results revealed that high-level haplotype diversity and slightly less nucleotide diversity occurred in these populations. AMOVA analysis showed that high-level genetic differentiation happened between populations due to 64.70% genetic diversity and Fst ranging from 0. 240 to 0. 814. In a phylogenetic analysis,the haplotypes from Northeast China split into two groups:Daxing’anling-Xiaoxing’anling-Wandashan and Hailin-Dahailin. This suggested that we can separate the populations from Northeast China into two subspecies,M . r. irkutensis and M. r. Changbaishanensis respectively corresponding with the former and latter areas.     

Where west meets east: the complex mtDNA landscape of the southwest and Central Asian corridor

The southwestern and Central Asian corridor has played a pivotal role in the history of humankind, witnessing numerous waves of migration of different peoples at different times. To evaluate the effects of these population movements on the current genetic landscape of the Iranian plateau, the Indus Valley, and Central Asia, we have analyzed 910 mitochondrial DNAs (mtDNAs) from 23 populations of the region. This study has allowed a refinement of the phylogenetic relationships of some lineages and the identification of new haplogroups in the southwestern and Central Asian mtDNA tree. Both lineage geographical distribution and spatial analysis of molecular variance showed that populations located west of the Indus Valley mainly harbor mtDNAs of western Eurasian origin, whereas those inhabiting the Indo-Gangetic region and Central Asia present substantial proportions of lineages that can be allocated to three different genetic components of western Eurasian, eastern Eurasian, and south Asian origin. In addition to the overall composite picture of lineage clusters of different origin, we observed a number of deep-rooting lineages, whose relative clustering and coalescent ages suggest an autochthonous origin in the southwestern Asian corridor during the Pleistocene. The comparison with Y-chromosome data revealed a highly complex genetic and demographic history of the region, which includes sexually asymmetrical mating patterns, founder effects, and female-specific traces of the East African slave trade.