高分辨率熔解曲线HRM在SNP检测中的应用

自然界生物具有丰富多样性,其本质在于DNA序列的多样性,单核苷酸多态性(SNP)是DNA序列多样性的基本单位,亦为生物进化和选择的动力源。越来越多的研究表明,SNP与人类的疾病、动植物的生长性状显著相关,对SNP的检测亦逐渐成为疾病检测和生物分子育种的重要手段。与传统的SNP检测技术相比较,高分辨率熔解曲线(HRM)具有高通量、高灵敏度、高特异性、快速、操作简单和重复性好的特点,能够快捷、有效筛查生物群体中的SNP位点,将逐渐成为SNP检测的主流技术。本文对HRM原理、方法、特点和应用进行综述,以飨读者。     

基于全基因组芯片开发水稻HRM特异分子标记

植物中广泛分布着单核苷酸多态性(SNP)位点。在此基础上发展而来的SNP标记因其具有高分辨率和共显性等优点,已成为当前作物遗传研究重要的分子工具。本研究拟建立基于高分辨率熔解曲线(HRM)技术的SNP分子标记,从而实现对栽培稻和野生稻的高效基因分型,为今后水稻的基因挖掘、品种鉴定以及分子育种等提供可靠、快捷的技术工具。利用水稻全基因组9 K SNP芯片对栽培稻品种黄华占和野生稻Y605进行扫描,寻找两者之间的SNP位点,并将其开发成基于HRM技术的特异分子标记。然后,利用这些分子标记对亲本黄华占、野生稻Y605以及两者的BC3回交群体进行分子检测,以验证其有效性。水稻9 K基因芯片在黄华占与野生稻Y605之间总共找到了4198个SNP位点,它们在12条染色体上较均匀分布。在水稻第1号染色体上随机挑选出5个SNP位点开发成基于HRM技术的特异分子标记。利用这些标记对黄华占与野生稻Y605的BC3F1和BC3F2群体进行检测分析,发现它们都能准确区分亲本的纯合与杂合基因型。并且,在回交后代的第1号染色体ZY1-1~ZY1-4标记区间检测到野生稻片段插入。水稻全基因组9 K SNP芯片可以很好地应用于水稻SNP标记的开发。开发的SNP特异标记能准确、高效地对栽培稻和野生稻进行基因分型。进一步完成基于HRM技术的水稻全基因组SNP标记的开发,可为今后野生稻的分子遗传研究、有利基因挖掘和育种应用提供高效的分子检测手段。     

高分辨率熔解曲线分析-分子诊断的新技术

高分辨率熔解曲线分析(High Resolution Melting,HRM)是近几年来在国际上刚兴起的单核苷酸多态性及突变研究工具.这种检测方法因其高通量、低成本、结果准确、不受检测位点的局限,并且实现了真正的闭管操作而受到普遍的关注.对HRM技术的原理和在分子诊断上的应用进行了阐述,并对最新研究进展作一综述.     

应用基于适配器连接介导的等位基因特异性扩增法检测LRRK2基因的单核苷酸多态性

目的：应用基于适配器连接介导的等位基因特异性扩增法（Adapter Ligation—mediated Allele-specific Amplification,简称ALM-ASA）技术,检测与帕金森病（PD）发病相关的LRRK2基因中的4个SNP位点（6055G〉A,7153G〉A,4321C〉T和2264C〉T）,探讨该法用于筛查帕金森病相关SNP位点的可行性,研究多个SNP住点同时检测的准确性和可靠性。方法：运用ALM—ASA法原理,改进使用多重PCR法代替单一预扩增法,使用4对引物在单管中预扩增含所待测SNP位点的四段片段,通过酶切、酶连和PCR特异性扩增检测判断SNP的类型。经PCR体外定点突变实验制备的相应位点的突变阳性片段,检验方法的准确性和可靠性。结果：采用该法成功测定了20名PD病人和20名健康中国人的LRRK2基因中最受关注的4个SNP位点的多态性。并随机对其中10分样本的检测结果以测序法检测进行验证,结果完全一致。结论：ALM-ASA法极大提高了PCR反应的特异性,是一种准确、可靠,且费用低廉的SNP筛查方法,可推广应用于临床和实验室进行与PD有关的单核苷酸多态性的筛查检测。     

一种快速检测CLN6模型小鼠基因型的方法——高分辨率熔解曲线分析法

目的建立利用高分辨率熔解曲线（HRM）分析快速鉴定CLN6（神经元蜡样脂褐质沉积症,ceroid—lipofuscinosis,neurona16）小鼠（c2硒基因移码突变）基因型的方法。方法根据NCBI公布的小鼠cln6序列（NC00075）设计HRM引物和测序引物,然后采用HRM技术获得高分辨熔解曲线鉴定实验小鼠基因型,同时通过直接测序法进行验证,评价其灵敏性和准确性。结果181只实验小鼠经HRM检测,共有野生型11只、Cln6基因突变杂合子73只和纯合子97只,HRM结果和直接测序结果完全一致,准确性为100％。结论HRM方法检测DNA微小突变时具有操作简便、快速、灵敏,单管避免污染以及准确度高等优点,值得推广。     

单核苷酸多态性检测方法研究进展

：单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism,SNP）是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异引起的一种DNA序列多态性。SNP作为第三代分子标记,具有数量多、分布广等特点,已成为人类后基因组时代的主要研究内容之一。单核苷酸多态性在医学研究、临床诊断、药物开发与合理用药、法医学、遗传学的发展方面具有重要意义。因此,建立高度自动化和高通量的SNP检测分析技术十分重要。各种SNP分型检测方法都由等位基因特异性的识别反应和等住基因识别产物的分析检测两个部分组成。本文系统的介绍了引物延伸反应、序列杂交反应、酶连接反应、酶切割反应、核酸链构象差异反应等SNP检测的等位基因特异性的识别原理,以及质谱、荧光共振和偏振信号、化学发光、毛细管电泳测序、生物传感器等分析检测手段,并简要介绍了相关识别原理和分析检测手段的优缺点及应用范围,并对SNP检测技术的发展进行了展望。     

基于连接酶—ELISA反应的单核苷酸多态性分型新方法

随着大量与人类疾病和药物治疗相关的单核苷酸多态性（Single-nucleotide polymorphism,SNP）的发现,出现了多种SNP分型检测的方法和技术。然而,大多数方法由于受限于检测灵敏度低或对检测设备和实验条件要求较高,不适宜于在一般实验条件下进行常规临床检测。通过建立一种基于连接酶-ELISA的SNP快速分型新方法,以非小细胞肺癌个体化治疗中,酪氨酸激酶抑制剂药物的生物标记基因—表皮生长因子受体基因（EGFR）为检测对象,对EGFR,c.2573T〉G（L858R）,EGFR,c.2582T〉A（L861Q）和EGFR,c.2155 G〉T（G719C）3个SNP位点进行了突变检测。经过18~28个循环的PCR扩增,能够通过琼脂糖凝胶电泳和ELISA反应,根据电泳条带的有无和ELISA显色值清晰判断检测位点的基因型,并且能够从混合等位基因样本中检测出5%的突变型等位基因。结果表明,方法具有较高的特异性和灵敏度,适合于在常规实验条件下从不均一的样本中进行突变等位基因的检测。     

MTNR1A基因对大白猪和长白猪产仔数的影响

根据MTNR1A基因在GenBank中的已知DNA序列设计了2对引物,采用PCR-SSCP技术在一个大白猪和长白猪群体中进行单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）检测,发现了一个SNP位点,并对其不同基因型个体PCR回收产物进行测序。测序结果发现该SNP是由于在+159碱基处（GenBank中序列）发生了G→A的同义突变而引起的。并对该SNP与产仔数进行了关联分析,结果表明该SNP对产仔数有影响。     

单核苷酸多态性检测方法的研究进展

单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）的研究已成为人类后基因组时代的主要内容之一。因此建立高度自动化和高通量的SNP检测分析技术十分重要。文章系统地介绍了最新发展的几种SNP检测技术的原理和检测平台,详细阐述了等位基因特异性杂交、内切酶酶切技术、引物延伸法、寡核苷酸连接反应等SNP检测原理,以及平板读数仪、基因芯片、微球阵列技术和质谱仪等检测平台,并对SNP高通量检测技术的发展进行了展望。     

单核苷酸多态性检测方法的研究进展

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)作为第三代遗传标记已经广泛应用于基因作图、疾病相关性分析、群体遗传学及药物研究等领域.因此建立高度自动化和高通量的SNP检测分析技术十分重要.简要介绍了国内外几种主要SNP检测技术的原理和检测分析手段,并对SNP高通量检测技术的发展进行了展望.