伏牛山区连翘遗传多样性研究

利用2个叶绿体及1个核基因片段,对伏牛山区3个连翘野生种群30个个体进行了遗传多样性分析.结果表明,叶绿体基因数据得到4个单倍型(H1～H4),单倍型多样性指数(h)为0.545±0.066,核酸多样性指数π为0.001 72±0.000 21.核基因数据得到10个单倍型(A～J),单倍型多样性指数为0.501±0.076,核酸多样性指数π为0.002 53±0.000 49.核基因种群间遗传分化(ФST)为0.167,小于叶绿体基因ФST(0.886),种群间基因流(Nm)为1.250,显著大于叶绿体基因Nm(0.030).研究发现,伏牛山区野生连翘种群目前仍具有较高的遗传多样性,但部分人类活动较多的地区已经造成了连翘遗传多样性的降低.连翘种群间地理距离会限制种子介导的基因流,但在小区域范围内对花粉所介导的基因流影响不明显.     

缅甸蟒线粒体Cytb基因遗传多样性分析

为了探讨海南文昌种蟒养殖基地的种蟒的遗传多样性和个体来源,本研究对27条种蟒的细胞色素b基因的全序列进行了测定和分析。结果表明:缅甸蟒cytb基因全长1 111 bp,序列中A+T含量为58.0%,G+C含量为42.0%,单倍型多样性(Hd)为(0.755±0.053),核苷酸多样性(Pi)为(0.003 29±0.000 43),表明该种群遗传多样性较高。共检测出6条单倍型,单倍型间遗传距离最大为0.007,最小为0.001;与已知地理来源的个体构建系统发育树显示,该养殖种群来源两个母系世系。本研究结果为制定缅甸蟒合理圈养计划和科学放归提供理论基础。     

基于线粒体COI基因的海蜇不同地理群体遗传特征

对采自辽东湾和韩国江华岛的2个海蜇群体56个个体的线粒体COI基因序列进行扩增,并结合GenBank上其他15个海蜇样品的同源序列对其进行序列变异分析,研究海蜇群体的遗传特征和群体遗传结构状况.在所分析的71个个体中共检测到28个多态位点,定义了32种单倍型.海蜇群体呈现出高的单倍型多样性(0.91±0.06～0.94±0.01)和中等或较低的核苷酸多样性[(0.60±0.34)%～(0.68±0.40)%].与其他几种大型水母相比,海蜇群体的遗传多样性水平较高.系统分析结果显示,海蜇群体间具有2个明显的单倍型谱系分支.比较海蜇不同群体间的遗传分化指数(F_ST)和分子变异分析(AMOVA)发现,在本研究取样范围内不同海蜇群体间存在明显的遗传结构.不同海蜇群体存在复杂的遗传模式,海蜇独特的生活史特征、其分布海域的海流状况及人为因素如增殖放流等可能是造成海蜇这种复杂遗传模式的原因.     

濒危植物宽叶羌活天然居群cpDNA非编码区多态性分析

采用叶绿体DNA非编码区直接测序的方法,对青海、甘肃、四川3个省区内濒危植物宽叶羌活14个天然居群的遗传多样性和遗传结构进行了研究,以明确其遗传背景,为宽叶羌活的保护提供理论依据。结果表明:(1)14个居群138个个体的序列长度介于509~515bp;碱基组成A+T含量较高(平均67.6%)。(2)根据序列的核苷酸变异共鉴定出31个单倍型,其中9种单倍型(H5、H1、H9、H10、H16、H17、H19、H20、H22)为居群所共享,而且单倍型H5分布最广、在10个群体的67个个体中检测到,占总样品数的48.56%。(3)14个居群宽叶羌活具有高水平单倍型多样性(Hd=0.750 3)和较高水平核苷酸多样性(Pi=0.007 11),但31个单倍型没有按地理分布形成明显的族群,各地理单元中的单倍型相互混杂,没有明显的地理分化模式。(4)AMOVA分析、居群间分化度(FST=0.602 4)分析和基因流(Nm=0.330)分析的结果一致,表明宽叶羌活大部分遗传变异(60.24%)发生在居群间,居群间的基因流较低,群体间变异是宽叶羌活的主要变异来源。(5)14个居群的遗传距离在0.000~0.007,平均为0.003,表明居群间的亲缘关系较远,且居群间的遗传距离与地理距离之间无显著相关关系(P=0.143),说明宽叶羌活居群遗传变异的分布没有明显的地理趋势。研究认为,宽叶羌活居群间高的遗传变异可能是由基因流受阻、遗传漂变、地理隔离造成的,并提出了对该物种遗传多样性的保护策略。     

线粒体DNA全序列揭示罗布人母系遗传结构

[目的]探知罗布人mtDNA遗传结构与遗传多样性,构建人群mtDNA遗传数据库。[方法]运用二代测序技术对164位罗布人mtDNA全序列进行检测、分型。[结果]共检出315处突变位点包含298处多态性位点,其中A263G、A750G、A4769G、A8860G、A15326G位点突变率为100%,核苷酸多样性为0.0084,平均核苷酸配对差异数目为9.4695;划分出27个单倍型,高频单倍型有:B5b2c/31.71%、H6a1b2/18.90%、D4c2a/13.41%、H9a/9.76%,单倍型多样性为0.8360,个体识别力为0.8309;主成分和邻接系统树分析显示:罗布人与维吾尔族、蒙古族、中亚人群遗传关系近,特别与维吾尔族亲缘关系最近。[结论]现代罗布人mtDNA遗传结构具有亚欧混合现象,遗传多样性丰富;单倍型主要集中在B(39.03%)、H(29.88%)、D(15.85%);mtDNA遗传结构数据可为人群在遗传进化、族源鉴定、个体识别等方面提供依据。     

基于线粒体D-loop区和Cyt b基因分析广西禾花鲤三个群体遗传结构

研究基于线粒体D-loop区和Cyt b基因部分序列, 分析了广西全州、融水、环江三地禾花鲤(Cyprinus carpio)的遗传结构。在3个群体中共鉴定到19种D-loop与Cyt b序列的组合单倍型, 总的单倍型多样性(H_d)和核苷酸多样性(π)分别为0.916±0.010和0.008±0.004, 禾花鲤线粒体DNA具有单倍型多样性高和核苷酸多样性低的特点。环江群体单倍型多样性最低, 但是核苷酸多样性却最高, 反映了环江群体存在最明显的谱系混杂。分子方差分析(AMOVA)显示遗传变异主要来源于群体内部(71.54%), 禾花鲤三个群体间有显著的遗传分化(F_st=0.285; P<0.01)。系统发育分析表明, 多数样本的线粒体单倍型属于华南鲤(C. carpio rubrefusus)类型, 同时三地禾花鲤中均检测到一定频率的西鲤(C. carpio carpio)或远东鲤(C. carpio haematopterus)类型的线粒体单倍型, 提示禾花鲤可能受到鲤养殖品种的杂交渐渗。研究初步揭示了广西禾花鲤的种质资源现状, 为禾花鲤这一地方特色“稻鱼共作”品种的选育和苗种管理提供了必要的依据。     

基于线粒体DNA控制区序列的重庆岩原鲤人工养殖群体遗传多样性分析

为研究重庆市长寿和涪陵地区岩原鲤(Procypris rabaudi)人工养殖群体的遗传多样性, 采用PCR扩增获得175尾岩原鲤个体的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)部分序列片段。对其中692 bp序列分析共发现11个单倍型, 其中Hap1为主要单倍型, 占总样本的76.57%。单倍型Hap10演化速率较快, 并且与单倍型Hap6遗传距离最远。长寿及涪陵地区岩原鲤人工群体的单倍型多样性分别为0.4100±0.0550和0.3970±0.0820, 核苷酸多样性分别为0.0013±0.0003和0.0013±0.0004。通过与长江上游江段野生群体(苍溪江段、合江江段、木洞江段、通江江段、万州江段、武隆江段、习水河和唐河)及北碚区人工养殖群体的遗传多样性进行比较, 发现岩原鲤长寿及涪陵地区人工养殖群体遗传多样性明显低于野生群体, 但略高于北碚人工养殖群体。为保持岩原鲤人工养殖群体的遗传多样性, 应尽量选择遗传距离较远的亲本进行配对, 并定期补充不同遗传背景的个体作为后备亲鱼。     

捞刀河浏阳段河蚬的遗传多样性及生殖特征研究

研究以线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ) 部分序列(614 bp)为分子标记, 对捞刀河浏阳段河蚬Corbicula fluminea (n=40)的种群遗传多样性进行评价, 并分别从性腺组织学和精子形态学两方面分析其生殖特征, 以期丰富河蚬的繁殖生物学信息, 为开展其人工繁殖及资源保护提供参考。结果显示, 40条河蚬COⅠ基因序列共检出4种单倍型, 17个变异位点, 平均单倍型多样性、平均核苷酸多样性和平均核苷酸差异数分别为 0.664±0.042、0.014±0.006和8.595。捞刀河浏阳段河蚬存在雌雄同体和雌雄异体2种性别系统, 雌雄同体、雄性和雌性的性比约为6﹕3﹕1。雌雄同体个体生殖滤泡存在滤泡混合型和滤泡并存型2种类型。23个雌雄同体和8个雄性个体的精子均为双鞭毛。结果表明, 捞刀河浏阳段河蚬种群的遗传多样性相对较低, 生殖方式多样且以雄核生殖为主。     

四川裂腹鱼乌江种群mtDNA控制区序列的遗传多样性分析

采用PCR扩增和直接测序法分析了四川裂腹鱼乌江种群32个个体mtDNA控制区的序列差异和遗传多样性.在该种群mtDNA控制区长度为464 bp的同源序列中,共计有9个变异位点,占总位点数的1.94%.32个个体共定义了9种单倍型,单倍型间平均遗传距离(P)为0.0060,单倍型多样度(Hd)为0.768.核苷酸多样性(π)为0.00324,平均核苷酸差异数(K)为1.500.用单倍型间遗传距离构建的NJ分子系统树聚为两个分支.结果提示四川裂腹鱼乌江种群遗传多样性匮乏,保护四川裂腹鱼乌江种群刻不容缓.     

金沙江中下游圆口铜鱼遗传多样性与种群历史动态分析

以线粒体Cytb和CoⅠ基因作为分子标记,对金沙江中下游江段的圆口铜鱼进行遗传多样性和种群历史动态分析.结果显示,393尾圆口铜鱼样本共检测出91个串联基因序列单倍型,呈现较高的单倍型多样性(0.936±0.006)和较低的核苷酸多样性(0.00489±0.00009);基于单倍型构建的分子系统发育树及Median-j...