不同性别和生长阶段对克氏原螯虾肠道菌群多样性的影响

为研究性别和生长阶段对克氏原螯虾(Procambarus clarkii)肠道菌群的影响, 实验对来自虾塘的雌雄成虾肠道样品及来自实验室养殖的幼虾和成虾的肠道样品进行了16S rRNA高通量测序分析。结果表明, 不同性别间克氏原螯虾肠道菌群的多样性和功能均没有显著性差异(独立样本t检验: P>0.05), 其优势菌群在门水平上均包括厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)等; 属水平上包括拟杆菌属(Bacteroidia)、希瓦氏菌属(Shewanella)、梭菌属(Clostridium)和柠檬酸杆菌属(Citrobacter)等; 但各优势菌群在个体间的丰度差异较大, 且在成虾阶段趋于保守, 属肠道常驻菌群。幼虾肠道菌群的Alpha多样性显著高于成虾(独立样本t检验: P<0.05)。在门水平上, 优势菌群较为一致, 包括变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和放线菌门(Actinobacteria)。成虾厚壁菌门与拟杆菌门的比例高于幼虾, 表明成虾分解食物和吸收营养的潜力更强。在属水平上, 成虾和幼虾肠道中均存在大量的黄杆菌属(Flavobacterium)、拟杆菌属和氢噬胞菌属(Hydrogenophaga), 这些菌属可以帮助机体进行多种营养代谢, 成虾肠道中与碳水化合物代谢相关的菌群多于幼虾。PICRUSt功能预测显示, 在克氏原螯虾肠道中, 营养代谢功能相关的菌群相对丰度最高, 而成虾肠道菌群代谢碳水化合物的功能显著高于幼虾。实验表明, 在野外虾塘养殖下的克氏原螯虾的肠道菌群不论是在群落多样性、物种丰度还是菌群功能预测上, 都未体现出性别间的差异, 且肠道菌群的个体差异较大; 但在不同生长阶段间, 克氏原螯虾肠道微生物的群落多样性、丰度及功能都有显著差异, 相比于幼虾, 成虾肠道菌群多样性降低, 多种代谢功能升高。     

不同生境草鱼肠道微生物组成和群落特征分析

【目的】分析不同生境来源的草鱼前肠、中肠和后肠的微生物组成和群落特征。【方法】利用16S rRNA高通量测序技术比较河流、湖泊、高密度池塘养殖与水库低密度养殖4种不同生境来源的草鱼其前、中、后肠的微生物组成和群落特征。【结果】Venn图、稀释性曲线和Alpha指数分析结果显示,前肠微生物群落多样性以养殖生境草鱼更高,而后肠微生物群落多样性以自然生境草鱼更高。不同生境草鱼前肠微生物组成和群落特征差异较大,自然生境的草鱼前肠微生物优势菌群都是不动杆菌属和贪铜菌属;高密度池塘养殖生境优势菌群是鲸杆菌属、希瓦氏菌属;低密度水库养殖生境的草鱼前肠优势菌群是链球菌属、消化链球菌属等。【结论】不同生境的环境因子不同,养殖方式不同,饵料不同,导致草鱼前肠微生物组成和群落特征的差异较大,该结果可为草鱼肠道微生物的研究提供基础数据。高密度养殖生境的草鱼存在潜在的感染风险,建议优化养殖模式以减少有害菌的产生。     

贵州苗岭地区野猪肠道菌群结构与功能分析

野猪是当前南方山地森林生态系统中数量激增的主要有蹄类。为揭示贵州苗岭地区野猪肠道细菌的群落结构、多样性及菌群功能,本研究采用16S rRNA高通量测序技术检测了4头野猪胃肠道（胃、回肠、结肠和直肠）的细菌群落,共获得1 268 577条有效序列。经质控过滤,所有序列归类于1 019个OTU,包含19门292属。在门分类水平上,野猪肠道内核心菌群主要为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）,优势菌属包括普雷沃氏菌属（Prevotella）、乳酸杆菌属（Lactobacillus）、大肠-志贺氏菌属（Escherichia-Shigella）和双歧杆菌属（Bifidobacterium）等15个菌属。稀疏曲线表明测序深度已基本覆盖样品中所有细菌,测序充分。alpha多样性指数中,结肠和直肠的Chao1和Shannon指数显著高于胃和回肠（P<0.05）,证明结肠和直肠比胃和回肠具有更高的菌群丰富度和多样性。主坐标分析（PCoA）和相似性分析（Anosim）结果也同样表明野猪不同肠道菌群结构具有显著差异。LEfSe分析表明在野猪不同肠段共有22个显著差异的细菌菌属,其中大部分都归属于厚壁菌门,并且PICRUSt分析显示不同的肠段也表现出独特的代谢功能和代谢途径。本研究初步揭示了野猪的肠道菌群特征,发现野生种群野猪肠道中具有相对复杂的菌群结构,且不同肠段间存在显著差异。     

不同养殖场林麝肠道微生物组成和功能的差异

肠道疾病是养殖林麝(Moschus berezovskii)常见疾病。动物肠道微生物伴随宿主进化并与胃肠道构成了复杂的微生态系统。为探究不同饲养环境对圈养林麝肠道微生物组成和功能的影响,本研究对采自国内5个不同养殖场的215份粪便样品进行了16S rRNA基因高通量测序,对比分析不同养殖场林麝肠道微生物组成、多样性和功能的差异。结果显示,厚壁菌门和拟杆菌门是未喂食复合益生菌的祁连县养殖场林麝肠道菌群的绝对优势菌门,而喂食复合益生菌的甘肃两当县和陕西凤县的4家养殖场林麝肠道菌群的绝对优势菌门为厚壁菌门和变形菌门。不同养殖场林麝肠道菌群组成、优势菌门、优势菌属、潜在致病菌、代谢及疾病相关功能均有显著差异。祁连县养殖场林麝肠道微生物的α多样性和疾病相关功能表达量显著低于其他养殖场,并以肠型2为主,其主导菌为厚壁菌门、UCG-005和拟杆菌属;两当县和凤县的4家养殖场林麝肠道菌群潜在致病菌相对丰度较低。本研究推测食物组成差异可能是导致不同养殖场林麝肠道微生物差异的主要因素,复合益生菌的使用可能是导致α多样性和潜在致病菌下降的重要因素。该结果可为林麝的人工养殖和有效管理提供科学依据,也对人工饲养...     

光唇鱼仔稚幼鱼肠道菌群与养殖水体细菌群落的相关性

采用16S rRNA高通量测序,系统研究了光唇鱼(Acrossocheilus fasciatus)仔鱼、稚鱼和幼鱼肠道菌群组成及与同时期养殖水体细菌群落的相关性。研究结果表明,光唇鱼仔鱼、稚鱼和幼鱼的肠道菌群中Chao1指数和Shannon指数均没有显著变化(P>0.05);而随着光唇鱼幼体的发育,养殖水体中Chao1指数和Shannon指数呈现显著下降趋势(P<0.05)。光唇鱼仔鱼和稚鱼肠道菌群中的优势菌门由变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)组成,而同时期养殖水体中优势菌门为变形菌门;光唇鱼幼鱼肠道菌群中的优势菌门为梭杆菌门(Fusobacteria)和变形菌门,同时期养殖水体中优势菌门由变形菌门、拟杆菌门和梭杆菌门组成。线性回归分析结果显示,随光唇鱼幼体发育,在光唇鱼肠道菌群中变形菌门、厚壁菌门和梭杆菌门相对丰度的时序变化趋势与其在养殖水体中相同。在属水平上,光唇鱼仔鱼、稚鱼肠道菌群中优势菌属均为醋酸杆菌属(Acetobacter),而幼鱼肠道菌群中优势菌属为鲸杆菌属(Cetobacte...     

基于16S rRNA基因扩增子测序分析日本囊对虾肠道菌群结构与功能的特征

【背景】肠道菌群在对虾的生理活动中起关键作用。日本囊对虾是我国海水养殖虾类中的主要品种之一,迄今为止有关其肠道菌群结构与功能的研究还鲜有报道。【目的】利用高通量测序技术探究日本囊对虾肠道菌群的组成结构与功能作用,揭示虾体肠道菌群与外源菌群结构间的相关性。【方法】60 d的养殖周期结束后,分别采集日本囊对虾肠道样品(归为虾肠组,n=3)、养殖水体样品(归为水体组,n=3)和对虾饲料样品(归为饲料组,n=3),提取各样品总DNA进行16SrRNA基因扩增子测序,基于生物信息学方法分析与比较样品间的菌群结构特征,并使用PICRUSt软件预测日本囊对虾肠道菌群功能。【结果】3组样品测序共获得822 713条有效序列,抽平处理后可聚类为3 416个OTU。虾肠组样品中有28.49%、59.30%的OTU可以依次在水体组、饲料组样品中检测到。门水平上,虾肠组样品中的优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和梭杆菌门(Fusobacteria)。水体组、饲料组与虾肠组样品中的优势菌门结构不尽相同,但均由变形菌门和拟杆菌门组成。属水平上,虾肠组样品中的优势菌属包括弧菌属(Vibrio)、另类弧菌属(Aliivibrio)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、假黄棕杆菌属(Pseudofulvibacter)、科尔韦尔氏菌属(Colwellia)、小纺锤状菌属(Fusibacter)、发光杆菌属(Photobacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)以及弓形杆菌属(Arcobacter)。水体组和饲料组中检出的核心菌属结构与虾肠组相比有明显差异,其中海命菌属(Marivita)和假单胞菌属(Pseudomonas)分别为养殖水体及对虾饲料样品中的最优势菌属。PICRUSt预测结果显示,日本囊对虾肠道菌群的基因功能主要与新陈代谢类功能有关,包含氨基酸代谢、碳水化合物代谢与能量代谢等。【结论】日本囊对虾肠道菌群与其他种类对虾肠道菌群的结构间存在共性,其形成在一定程度上受到了外源菌群的干预,并在虾体的日常代谢活动中发挥了一定的作用。     

高通量测序检测肺炎婴幼儿抗生素治疗前后肠道菌群变化

目的了解抗生素对肺炎婴幼儿肠道菌群多样性和结构的影响。方法选取5例1岁以内因轻度社区获得性肺炎住院的患儿,收集抗生素治疗前及治疗后第3~5天的粪便标本。利用Illumina MiSeq测序平台,对细菌的16SrRNA基因V3~V4区进行高通量测序,并对测序结果进行生物信息学分析。结果抗生素治疗后第3~5天婴幼儿肠道菌群的多样性明显下降。变形菌门的相对丰度在3例婴幼儿的肠道中下降;厚壁菌门的相对丰度在4例婴幼儿的肠道中下降;而拟杆菌门的相对丰度在4例婴幼儿的肠道中上升;厚壁菌门与拟杆菌门的比例下降。肠道内不动杆菌属、喜胆汁菌属、埃格特菌属、肠球菌属、支原体、颤螺菌属、紫单胞菌属、普雷沃菌属和真杆菌属增长1倍以上;奇异菌属、双歧杆菌属、黄杆菌属、乳酸菌属、链球菌属、萨特菌属和韦荣球菌下降超过50%。结论婴幼儿短期使用抗生素治疗肺炎后,肠道菌群的多样性下降,肠道微生态失衡。     

规模化牛场犊牛直肠细菌多样性分析

【目的】研究腹泻犊牛直肠细菌多样性,以及与健康犊牛直肠细菌多样性的差异。【方法】通过建立直肠菌群16S rRNA基因克隆文库,分别用限制性内切酶MspⅠ和HhaⅠ对阳性克隆的PCR产物进行限制性酶切片段长度多态性(RFLP)分析,通过测定16S rRNA基因序列,绘制系统发育树,确定犊牛直肠菌群的组成。【结果】腹泻组克隆阳性率达98.75%(474/480),优势菌群以乳杆菌属(14%)、肠球菌属(10%)和埃希菌属(8%)等需氧和兼性厌氧菌为主,健康组克隆阳性率达96.45%(488/506),优势菌群以梭菌属(13%)、双歧杆菌属(8%)和巨型球菌属(5%)等专性厌氧菌为主。【结论】2周龄犊牛直肠菌群复杂多样,并且具有自己的独特性菌群,且腹泻时乳杆菌属、肠球菌属、埃希氏菌属等显著增加。     

基于性别二分类的青海天峻藏民肠道菌群差异分析

目的对青海省天峻县的藏族牧民健康志愿者肠道菌群进行研究,探讨青海藏民肠道菌群结构及性别对肠道菌群组成的影响。方法以28例藏族牧民志愿者的粪便样品作为研究对象,应用基于16SrDNA V3+V4可变区的高通量测序技术测定肠道菌群组成及核心菌群;通过db-RDA和菌群多样性分析,探索性别因素对肠道菌群结构的影响。结果在门水平上,厚壁菌门和拟杆菌门是青海藏族志愿者的优势菌群。在属水平上,优势菌属是普氏菌属、Lachnospiracea_incertae_sedis、Faecalibacterium和拟杆菌属;特有优势菌属是Lachnospiracea_incertae_sedis。db-RDA结果显示性别因素对肠道微生物群结构有一定分离趋势,多样性结果进一步证实性别差异显著影响菌群结构。男性和女性存在12种差异菌群,包括普氏菌属、Acidaminobacter属等。结论性别差异对青海藏民肠道菌群影响显著。     

不同品种、日龄和饲养方式对肉鸡肠道菌群的影响

目的研究品种、日龄和饲养方式对肉鸡肠道菌群的影响。方法选择北京油鸡和AA肉鸡各120只,分笼养和地面平养两种饲养方式,每种饲养方式60只鸡(5个重复,每个重复12只),于7、14、21和42日龄无菌收集十二指肠、回肠和盲肠内容物,分析各肠段肠道菌群变化。结果 (1)从十二指肠、回肠到盲肠微生物种类越来越丰富,相同肠段不同处理间随日龄的增加微生物种类也不断增加,十二指肠、回肠主要菌是植物乳酸杆菌和双歧杆菌,盲肠主要菌是拟杆菌和梭菌,且AA肉鸡拟杆菌数量大于北京油鸡;(2)品种对十二指肠和回肠条带数影响不显著,但北京油鸡大于AA肉鸡,日龄对回肠条带数的影响显著。品种与日龄的互作对盲肠的影响显著,品种、日龄和饲养方式三个处理的互作对回肠条带数的影响显著。(3)十二指肠各处理间肠道菌群的相似性在42日龄达到稳定,回肠在21日龄稳定,盲肠从7日龄到42日龄各处理间肠道菌群相似性变化不大。结论不同肠段的微生物区系有明显差异,品种、日龄和饲养方式对肉鸡肠道微生物区系有不同影响,但微生物区系会随着肉鸡日龄的增加趋于稳定。     

Characterization and comparisons of microbiota in different intestinal segments between adult Chinese Shanxi Black Pigs and Large White Pigs

The carcass weight of Chinese Shanxi Black Pigs is relatively lower in comparison with that of the counterparts, i.e., Large White Pigs, although the former are resistant to harsh conditions. Since gut microflora has been recognized to play a key role in pork production, it is of interest to explore the microbial communities in different intestinal segments of pigs and its potential relatedness with host features. In this study, 16S rRNA gene amplicon sequencing, accompanied by the inter- and intra-group comparisons, was implemented to investigate the structure composition and potential functions of microbial communities of four distinct intestinal segments [duodenum (D), jejunum (J), ileum (I), and cecum (C)] between adult Chinese Shanxi Black Pigs and Large White Pigs. Comparative survey revealed that the dominant phylum in both breeds was Firmicutes, followed by Proteobacteria, and Bacteroidetes. At the genus level, Lactobacillus was predominant in all samples, and Prevotella was specifically prevalent in the cecum. Further inspection showed the differences of dominant species in the same segments between these two groups. Notably, unique taxa in C and D segments were more than that in I and J segments. Additionally, each segment was characterized by specifically enriched genera, and distinctive pathways were predicted in certain intestinal segments. In short, the findings presented a coherent picture of structure composition and predicted functionalities of gut microbiota in diverse intestinal segments of adult Chinese Shanxi Black Pigs and Large White Pigs, and extend the understanding of potential link between intestinal microbiota and their hosts.     

Effect of Dietary Vanadium on Intestinal Microbiota in Broiler

The purpose of this 42-day study was to examine the effect of dietary vanadium on intestinal microorganism diversity in the duodenum, ileum, cecum, and rectum segments of broilers by the plate count and polymerase chain reaction?Cdenaturing gradient gel electrophoresis (DGGE). A total of 420 1-day-old avian broilers were divided into six groups and fed on a control diet or the same diet supplemented with vanadium at the doses of 5, 15, 30, 45, and 60?mg/kg in the form of ammonium metavanadate. In comparison with control group, the dietary vanadium at the doses of 45 and 60?mg/kg could decrease the counts of Bifidobacterium spp. in the intestinal tract at 21 and 42?days of age. With increasing level in dietary vanadium, the counts of Escherichia coli were significantly increased in the ileum, cecum, and rectum and were decreased in the duodenum at 21 and 42?days of age. However, the counts of Lactobacilli were decreased in the cecum and rectum and increased in the ileum of 45 and 60?mg/kg groups. The colonization of these three bacteria could be affected by dietary vanadium. DGGE analysis showed that the number of bands in duodenum, ileum, cecum, and rectum were obviously decreased in the 30, 45, and 60?mg/kg groups at 21 and 42?days of age. In conclusion, the dietary vanadium in excess of 30?mg/kg could alter the amount and diversity of intestinal bacteria in broilers, implying that the structure and initial balance in the intestinal microbiota were disrupted.     

基于高通量测序技术对山羊盲肠细菌多样性的分析

【背景】由于反刍动物特殊的生理结构,以往研究者主要集中对其瘤胃微生物的结构与组成进行了大量研究,严重忽略了盲肠微生物在营养物质消化和肠道健康方面发挥的重要作用。【目的】采用高通量测序技术分析山羊盲肠细菌的多样性及菌群结构。【方法】选用12只10月龄健康母羊,其平均体重为20.70±1.60kg,饲喂20d后,采集每只山羊的盲肠内容物,提取微生物总DNA,用细菌通用引物对细菌16S rRNA基因的高可变区进行PCR扩增,利用Illumina MiSeq平台对扩增子进行高通量测序,并用QIIME等软件对测序序列进行生物信息学分析。【结果】山羊盲肠微生物测序共获得813 496条有效序列与6 883个OTU,并且稀释曲线和Coverage指数反映此次测序结果比较全面的覆盖了山羊盲肠微生物群落。α多样性和β多样性分析表明,山羊个体之间盲肠微生物的多样性存在差异。在门水平,各样品的优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);属水平,核心菌群由梭菌属(Clostridium)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和6个未分类的细菌组成。PICRUSt基因预测表明,山羊盲肠微生物以代谢功能为主,主要包括:碳水化合物代谢、氨基酸代谢、能量代谢和脂质代谢等。【结论】山羊盲肠与瘤胃细菌的多样性存在显著差异,与粪便微生物组成相似;与单胃动物相比,两者盲肠微生物的组成既有共性,也存在差异。     

肠道微生物菌群分型的研究进展

人体肠道内存在着处于动态平衡中的复杂微生物群体,包含1000多种细菌和古生菌等共生微生物。它们广泛参与人体的营养、代谢和免疫等生理过程,是影响健康最重要的因素之一。同一个体不同胃肠道部位的微生物群落组成显著不同,而在不同个体的肠道微生物群落组成也存在很大差异。肠道微生物群落结构受到饮食习惯、药物干预以及生活环境等因素影响,形成了不同个体间菌群组成的差异。通过菌群测序分析和群体分型,可以将不同个体的肠道微生物群落组成分为拟杆菌、普氏菌和瘤胃球菌三种肠型。确定肠道微生物群落结构的分型,将复杂的肠道微生物系统模式化,有利于对大样本肠道微生物菌群进行分析,更好地指导相关疾病的诊断和治疗。本文综述了肠道微生物的分型和相关影响因素的进展。     

Metagenomic comparison of the rectal microbiota between rhesus macaques(Macaca mulatta) and cynomolgus macaques(Macaca fascicularis)

Rhesus macaques(Macaca mulatta) and cynomolgus macaques(Macaca fascicularis) are frequently used in establishing animal models for human diseases. To determine the differences in gut microbiota between these species, rectal swabs from 20 rhesus macaques and 21 cynomolgus macaques were collected, and the microbial composition was examined by deep sequencing of the 16 S rR NA gene. We found that the rectal microbiota of cynomolgus macaques exhibited significantly higher alpha diversity than that of rhesus macaques, although the observed number of operational taxonomic units(OTUs) was almost the same. The dominant taxa at both the phylum and genus levels were similar between the two species, although the relative abundances of these dominant taxa were significantly different between them. Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States(PICRUSt) showed significant differences in the functional components between the microbiota of the two species, in particular the lipopolysaccharide(LPS) synthesis proteins. The above data indicated significant differences in microbial composition and function between these two closely related macaque species, which should be taken into consideration in the future selection of these animals for disease models.     

不同饲料饲养家蚕其肠道微生态优势菌群类型的组成及差异性

为探讨鳞翅目昆虫的生长发育及抗病性与肠道微生态状况的关系,以不同的桑科植物柘叶与桑叶分别饲养家蚕,采用纯培养分离检测技术、16S rDNA序列测定和系统发育分析方法,对4、5龄家蚕肠道优势菌群的类型进行了鉴定和差异性分析。结果表明:柘叶与桑叶饲养家蚕共有的优势菌群有短波单胞杆菌属(Brevundimonas)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、肠杆菌属(Enterobacter)和葡萄球菌属(Staphylococcus)4个类群。从桑叶饲养家蚕肠道中检索到的优势菌群还有气单胞菌属(Aeromonas)、短杆菌属(Brevibacterium)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、埃希氏菌属(Escherichia)和克雷伯氏菌属(Klebsiella)5个类群,而从柘叶饲养家蚕肠道中检索到的优势菌群仅有假单胞菌属(Pseudomonas)和土壤杆菌属(Agrobacterium)2个类群。饲料的改变导致家蚕肠道微生态细菌种群组成的变化,从柘叶饲养家蚕肠道中分离出的优势菌群与桑叶饲养的家蚕相比,出现较大差异且不如桑叶饲养家蚕的菌群丰富。推测这种改变可能与柘叶饲养家蚕生长发育不良、容易患病具有相关性。     

烟叶陈化过程可培养微生物的生态功能

【背景】烟叶陈化涉及多方面因素的相互作用。【目的】研究烟叶表面可培养微生物群落结构、功能和化学成分之间的联系。【方法】以储存于贵阳库、坛厂库、茅台库的烟叶为研究对象,分别对不同陈化时间的烟叶样品进行微生物分离,采用rDNA条形码技术对微生物优势菌株进行物种鉴定,利用FAPROTAX和FUNGuild数据库分别对细菌和真菌进行功能注释,并结合主要化学成分进行相关分析。【结果】243个烟叶样品中共分离到189株优势细菌菌株和229株优势真菌菌株,其中细菌以芽孢杆菌属(Bacillus)为优势种群,真菌以曲霉属(Aspergillus)和青霉属(Penicillium)为优势种群。随着陈化时间的延长,优势种群和优势功能类群比例逐渐降低,主要化学成分与微生物群落变化呈显著相关关系。【结论】微生物功能群通过结构变化推动烟叶陈化进程,同时陈化过程中主要化学成分的变化影响了微生物群落的组成与功能。     

不同生长性能苏姜猪保育猪肠道菌群差异分析

【背景】苏姜猪是优质瘦肉型新品种猪,断奶仔猪受到多方面应激影响会出现生长性能差异。【目的】研究不同生长性能的苏姜猪保育猪肠道菌群结构的异同。【方法】试验选取了同日龄、体重相近、健康情况良好的的保育仔猪100头,在相同的饲养条件下饲养42 d,试验结束选取体重较轻的为弱仔猪,3头弱仔猪体重为18.43±2.37 kg;体重较大的为健康仔猪,3头健康仔猪体重为27.37±1.36 kg。屠宰后,采集其空肠和盲肠内容物,提取微生物基因组DNA进行高通量测序分析其菌群结构。【结果】苏姜猪仔猪空肠和盲肠在菌群丰度、多样性上有极显著的差异(P<0.01)。苏姜猪仔猪空肠菌群优势菌群为变形菌门(Proteobacteria)假单胞菌属(Pseudomonas)的非致病性菌株,占比超过90%。苏姜猪仔猪盲肠优势菌门依次为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)。门水平组成结构存在差异,弱仔猪厚壁菌门丰度低于健康仔猪、变形菌门丰度高于健康仔猪。苏姜猪盲肠中普雷沃氏菌属(Prevotella)、疣微菌科UCG-005 (Ruminococcaceae_UCG-005)、拟普雷沃菌属(Alloprevotella)等与纤维消化有关的菌属丰度较高。弱仔猪与健康仔猪盲肠菌群在属水平结构存在显著差异(P<0.05),弱仔猪盲肠中普雷沃氏菌-9 (Prevotella_9)、埃希菌-志贺菌属(Escherichia-shigella)、疣微菌科UCG-005 (Ruminococcaceae_UCG-005)、Norank_f_普雷沃氏菌(norank_f_ Prevotellaceae)高于健康仔猪,健康仔猪盲肠中乳酸杆菌属(Lactobacillus)、普雷沃氏菌-2 (Prevotella_2)、土孢杆菌属(Terrisporobacter)、狭义梭菌属1 (Clostridium_sensu_stricto_1)高于弱仔猪。其中乳酸杆菌属和土孢杆菌属与仔猪健康相关,埃希菌-志贺菌属与疾病相关。【结论】不同生长性能仔猪肠道菌群构成存在显著差异,研究结果为进一步研究苏姜猪肠道菌群的功能提供依据。     

Influence of Phytase Transgenic Corn on the Intestinal Microflora and the Fate of Transgenic DNA and Protein in Digesta and Tissues of Broilers

An experiment was conducted to investigate the effect of phytase transgenic corn (PTC) on intestinal microflora, and the fate of transgenic DNA and protein in the digesta and tissues of broilers. A total of 160 1-day-old Arbor Acres commercial male broilers were randomly assigned to 20 cages (8 chicks per cage) with 10 cages (replicates) for each treatment. Birds were fed with a diet containing either PTC (54.0% during 1–21 days and 61.0% during 22–42 days) or non-transgenic isogenic control corn (CC) for a duration of 42 days. There were no significant differences (P>0.05) between birds fed with the PTC diets and those fed with the CC diets in the quantities of aerobic bacteria, anaerobic bacteria, colibacillus and lactobacilli, or microbial diversities in the contents of ileum and cecum. Transgenic phyA2 DNA was not detected, but phyA2 protein was detected in the digesta of duodenum and jejunum of broilers fed with the PTC diets. Both transgenic phyA2 DNA and protein fragments were not found in the digesta of the ileum and rectum, heart, liver, kidney, and breast or thigh muscles of broilers fed with the PTC diets. It was concluded that PTC had no adverse effect on the quantity and diversity of gut microorganisms; Transgenic phyA2 DNA or protein was rapidly degraded in the intestinal tract and was not transferred to the tissues of broilers.