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| 日本沼虾ITS1序列分析及SNPs位点的筛选 | |
| 引用本文： | 张洪伟,傅洪拓,吴滟,龚永生,王庆,夏德全.日本沼虾ITS1序列分析及SNPs位点的筛选[J].水生生物学报,2010,34(1):72. |
| 作者姓名： | 张洪伟 傅洪拓 吴滟 龚永生 王庆 夏德全 |
| 作者单位： | 1. 南京农业大学无锡渔业学院,无锡,214081 2. 南京农业大学无锡渔业学院,无锡,214081;中国水产科学研究院淡水渔业研究中心,农业部水生动物遗传育种和养殖生物学重点开放实验室,无锡,214081 3. 中国水产科学研究院淡水渔业研究中心,农业部水生动物遗传育种和养殖生物学重点开放实验室,无锡,214081 |
| 基金项目： | 国家"十一五"科技支撑计划，农业部农业科技跨越计划，江苏省高技术研究项目 |
| 摘 要： | 研究采用直接测序法,分析日本沼虾(Macrobrachium nipponense)rDNA基因内转录间隔区ITS1的DNA序列,以筛选日本沼虾SNPs位点。共分析了32个太湖水域野生日本沼虾样本,结果表明,日本沼虾ITS1序列平均长度为1749.8bp,是迄今已报道的最长的ITS1序列,A、G、T和C的平均含量分别为29.9%、28.3%、27.7%、14.0%,G+C的含量平均为42.3%。通过序列比对,共筛选出22个SNPs位点,SNPs位点出现频率为0.0126,其中9个为C/T转换(占40.91%),4个为A/G转换(占18.18%),2个为A/T颠换(占9.09%),5个为T/G颠换(占22.73%),1个为A/C颠换(占4.55%),1个A/T或C颠换(占4.55%)。日本沼虾ITS1序列的22个SNP位点中,21个位点为2个等位基因,1个位点出现了3个等位基因,为复等位基因位点。日本沼虾ITS1序列中还发现3个具有多态性的微卫星位点、1个高度变异区以及大量的缺失、插入。研究首次对日本沼虾ITS1序列进行了分析,并发现了大量的SNP位点,为日本沼虾遗传育种研究提供了新的分子标记。 |
| 关 键 词： | 青蛤 幼贝 稚见 温度 盐度 孵化 存活 生长 变态 日本沼虾 rDNA 内转录间隔区 ITS 单核苷酸多态性 SNP |
SEQUENCING OF ITS1 AND IDENTIFICATION OF SNPS LOCI IN MACROBRACHIUM NIPPONENSE |
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| ZHANG Hong-Wei,FU Hong-Tuo,WU Yan,GONG Yong-Sheng,WANG Qing,XIA De-Quan.SEQUENCING OF ITS1 AND IDENTIFICATION OF SNPS LOCI IN MACROBRACHIUM NIPPONENSE[J].Acta Hydrobiologica Sinica,2010,34(1):72. | |
| Authors: | ZHANG Hong-Wei FU Hong-Tuo WU Yan GONG Yong-Sheng WANG Qing XIA De-Quan |
| Institution: | ZHANG Hong-Wei1,FU Hong-Tuo1,2,WU Yan2,GONG Yong-Sheng2,WANG Qing1 , XIA De-Quan1,2(1.College of Fisheries,Nanjing Agricultural University,Wuxi 214081,2.Key Open Laboratory for Genetic Breeding of Aquatic Animals , Aquaculture Biology,Ministry of Agriculture,Freshwater Fisheries Research Center,Chinese Academy of Fishery Sciences,Wuxi 214081) |
| Abstract: | Macrobrachium nipponense is one of the most important freshwater prawns for aquaculture in China,especially in the southern regions of the country.But in recent years,M.nipponense farming has seriously declined due to diseases and small body size.Investigation of genetic background and genetic selection may help this situation for M.nipponense,and development of genetic marker is the basis.Single nucleotide polymorphisms(SNPs) is a type of genetic marker based on single DNA base differences between individu... |
| Keywords: | rDNA ITS SNP Macrobrachium nipponense Single nucleotide polymorphisms SNP ITS rDNA |
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