| cDNA(EST)文库的高通量生物信息学分析体系的构建与应用 |
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| 引用本文： | 张新宇,孙文越,程书钧,高燕宁.cDNA(EST)文库的高通量生物信息学分析体系的构建与应用[J].生物信息学,2003,1(1):6-10. |
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| 作者姓名： | 张新宇 孙文越 程书钧 高燕宁 |
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| 作者单位： | 中国协和医科大学中国医学科学院肿瘤研究所肿瘤医院,北京,100021 |
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| 基金项目： | 国家重点基础研究发展规划项目(G1998051207)，国家科技攻关计划项目(2002BA711A06)，国家自然科学基金(30070836) |
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| 摘 要： | 应用生物信息学方法,构建了一套针对cDNA或EST文库的高通量、自动化分析体系,CLASP(cDNA Library Analysis SystemPrimary)。CLASP基于Linux操作系统,主要由Perl程序构成。它以cDNA文库(ESTs)序列为分析对象,具有自动查找序列同源基因并进行染色体定位(包括细胞遗传学定位和SIS定位)、EST自动延伸等功能;并对不同来源序列进行聚类分析。应用该体系对3对肺癌相关抑制性消减杂交(SSH)cDNA文库进行了分析。结果在所有3对文库的2083条EST中有1492条找到了同源基因,其中1365条得到染色体定位。对所余591条未知基因的EST进行了电子延伸,其中有214条EST得到不同程度的延伸。对上述cDNA文库中已知基因的EST以及电子延伸后的EST再分别进行聚类分析,而后综合两个聚类分析的结果,由此可发现不同文库间的共同与差异表达基因,可用于特定性状相关的基因功能预测。
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| 关 键 词： | cDNA文库 EST 高通量 分析体系 生物信息学 |
| 文章编号： | 1672-5565(2003)-01-0006-05 |
| 修稿时间： | 2003年10月9日 |
Construction and Application of High-throughput Data Analysis System for cDNA library |
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| Zhang Xin - yu,Sun Wen - yue,Cheng Shu - jun,Gao Yan - ning.Construction and Application of High-throughput Data Analysis System for cDNA library[J].China Journal of Bioinformation,2003,1(1):6-10. |
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| Authors: | Zhang Xin - yu Sun Wen - yue Cheng Shu - jun Gao Yan - ning |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | cDNA library EST high - throughput bioinformatics analysis system |
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