| 西红花MADS-box基因家族的生物信息学分析 |
| |
| 引用本文： | 张一菡,李卿,张磊,谭何新,陈祥慧.西红花MADS-box基因家族的生物信息学分析[J].基因组学与应用生物学,2019,38(7):3140-3154. |
| |
| 作者姓名： | 张一菡 李卿 张磊 谭何新 陈祥慧 |
| |
| 作者单位： | 第二军医大学长海医院药学部,上海,200433;第二军医大学药学院药用植物学教研室,上海,200433;第二军医大学长征医院药材科,上海,200003;第二军医大学药学院药用植物学教研室,上海,200433 |
| |
| 基金项目： | 上海市科委项目;上海市青年科技启明星计划;国家自然科学基金;国家自然科学基金;中国人民解放军第二军医大学优秀硕士研究生苗子培育基金 |
| |
| 摘 要： | 西红花是中国传统中药材,以花柱入药,被誉为"植物黄金"。MADS-box转录因子家族在显花植物的花器官形成和分化过程中发挥重要作用,其有极大的可能影响西红花花器官的形成进而影响花柱发育。本研究采用生物信息学方法,对来自西红花转录组数据库中的17条MADS-box转录因子的核苷酸进行解读,及对其编码的氨基酸序列的组成成分、理化性质、信号肽、导肽、跨膜结构域、亚细胞定位、亲疏水性、蛋白质的二级、三级结构及功能域进行预测分析,并将西红花和其他植物的MADS-box蛋白进行同源比对,同时构建了西红花和模式植物拟南芥MADS-box蛋白家族的系统进化树。结果表明,西红花MADS-box基因的开放阅读框在630~750 bp左右,分子量在24~29 kD之间,理论等电点(pI)均大于7,介于8.69~9.54之间,表现为碱性疏水蛋白,既不含有信号肽也没有跨膜结构,二级结构主要原件为α-螺旋和无规则卷曲,含有一个MADS-MEF结构域和K-box结构域。氨基酸同源性比对结果表明西红花和石刁柏的MADS-box蛋白同源性较高。与拟南芥的进化树分析结果显示,西红花MADS-box蛋白可聚为两大类,分属于MIKC和Mβ亚家族。本工作可为今后进一步深入研究西红花MADS-box蛋白的生物学功能提供可靠的参考依据。
|
| 关 键 词： | 西红花 MADS-BOX 生物信息学 系统进化树 |
Bioinformatics Analysis of MADS-box Gene Family in Crocus sativus |
| |
| Zhang Yihan,Li Qing,Zhang Lei,Tan Hexin,Chen Xianghui.Bioinformatics Analysis of MADS-box Gene Family in Crocus sativus[J].Genomics and Applied Biology,2019,38(7):3140-3154. |
| |
| Authors: | Zhang Yihan Li Qing Zhang Lei Tan Hexin Chen Xianghui |
| |
| Institution: | (Department of Pharmacy,Changhai Hospital,Second Military University,Shanghai,200433;Department of Pharmaceutical Botany,School of Pharmacy,Second Military Medical University,Shanghai,200433;Department of Pharmacy,Changzheng Hospital,Second Military Medical University,Shanghai,200003) |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Crocus sativus MADS-box Bioinformatics methods Phylogenetic analysis |
| 本文献已被 CNKI 维普 万方数据 等数据库收录！ |
|
