一种基于Z-Curve映射下DNA序列信噪比的快速算法研究

DNA序列信号频谱3-周期特性被认为是用来区分编码区和非编码区的一个重要特征.针对信噪比计算量大的问题,给出基于Z-Curve映射下快速计算信噪比的方法,该方法有效避开计算离散傅立叶变换(DFT),从序列本身直接得到信噪比.实验结果表明,快速算法计算效率是DFT方法的百倍之上,极大减小基因的信噪比计算时间.     

新城疫现毒F和HN蛋白的氨基酸序列对其毒力的影响

新城疫病毒 (Ｎｅｗｃａｓｔｌｅｄｉｓｅａｓｅｖｉｒｕｓ ,ＮＤＶ)属副粘病毒科副粘病毒属 ,为不分节的负极性单股ＲＮＡ病毒 ,有囊膜。它虽只有一个血清型 ,但不同毒株的致病力差异较大 ,有强毒株、中毒株和弱毒株之分。业已证明 ,ＮＤＶ不存在先天性控制病毒致病性基因 ,不同的毒株都含有相同的基因组和结构蛋白质组分。1 .ＮＤＶ的结构蛋白质及其功能ＮＤＶ由囊膜和核衣壳组成。其基因组由 1 5 0 0 0个碱基组成 ,分子量为 5 .5× 1 0 6 。ＮＤＶ含有 6种特异性结构蛋白质 ,即Ｌ、ＮＰ、Ｐ、ＨＮ、Ｆ和Ｍ蛋白。Ｌ、ＮＰ和Ｐ三种蛋白质称…     

乙型肝炎表面抗原S—蛋白糖化位点序列的人工变异及其哺乳动物细胞表…

利用末端重叠ＰＣＲ法和定点突变技术，获得了去除Ｎ－连接多糖结构的乙肝表面抗原Ｓ突变基因，将乙肝表面抗原Ｓ－蛋白中结合Ｎ－连多糖结构序列Ａｓｎ－Ｘ－Ｔｈｒ中的第１４８苏氨酸的密码子ＡＣＴ，改变为编码甘氨酸的密码子ＧＧＴ。构建了该突变基因的表达载体并在ＣＨＯ细胞中表达，筛选到两株表达水平较高的细胞系。对其中的一株细胞系Ｃ４１的表达产物做了初步纯化和鉴定，纯化样品经ＳＤＳ－ＰＡＧＥ电泳分析，只含有２３ｋ     

采用AMV和M-MLV逆转录酶的直接DNA序列测定方法

最近发表在《Focus》杂志上的几篇文章,论述了几种改进测定含dG·dC或dA·dT同聚物区M13模板序列的方法。包括以AMV(禽类髓细胞瘤病毒)逆转录酶代替DNA聚合酶Ⅰ大片段(Klenow fragment),以及仍用Klenow片段但提高测序反应温度等。     

ISAAA信息

<正>古大麦病毒RNA序列揭示了十字军东征路径英国华威大学已成功完成从750年历史大麦颗粒提取的大麦条纹病毒(BSMV)的RNA序列绘制工作。这个大麦颗粒是在现代埃及尼罗河区域附近发现的。这个远古的RNA序列之前从未进行测序,原因是RNA较DNA降解速度更快。然而,在极端干燥环境下,例如Qasr Ibrim或Lower Nubia等大麦发现地,RNA得以完整保存。     

ITS/CHS1靶位序列分析结合SRAP分子标记技术鉴定Nannizzia incurvata临床分离株

以转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）和几丁质合成酶1（chitinase synthase 1,CHS1）为鉴定靶位,结合种系进化分析将2007年至2016年分离自头癣或面癣患儿的12株石膏样小孢子菌复合体成员（现被归入Nannizzia菌属）鉴定到种水平,其中5株为Nannizzia gypsea（Microsporum gypseum）,另7株为Nannizzia incurvata（Microsporum incurvatum）。在此基础上,通过序列相关扩增多态性（SRAP）分子标记进一步证实二者在DNA多位点存在扩增多态性。本研究证实在我国湖北地区存在Nannizzia incurvata,为我国开展Nannizzia菌属的分子流行病学研究提供了实验室依据和支持。     

灵芝蛛网病病原菌及其生物学特性

为明确吉林省蛟河市灵芝Ganoderma lingzhi栽培主产区发生的疑似灵芝蛛网病的病原菌,作者通过罹病灵芝子实体病原物的分离纯化、致病性测定、形态学和分子生物学鉴定以及病原菌的生物学特性研究,证明引起吉林省蛟河市灵芝蛛网病的病原菌为嗜菌枝葡霉Cladobotryum mycophilum。该菌营养体最适生长条件为温度25℃、pH 5、蔗糖作碳源、酵母浸粉作氮源,光照对菌丝体生长有一定的抑制作用,完全黑暗最适宜生长。本文研究结果为进一步研究该病害的发生规律和防治措施提供了理论参考。     

甘南高山林线岷江冷杉—杜鹃种群结构与动态

高山林线是一种典型的生态交错带,是对气候反映最敏感的地区之一。甘肃南部高山林线区域主要以原始岷江冷杉种群和杜鹃种群为优势种,通过对岷江冷杉和杜鹃种群建立静态生命表,绘制存活曲线描述其结构特征,利用种群数量动态预测时间序列分析定量研究未来的发展趋势。结果显示:(1)岷江冷杉种群幼苗比较丰富,能很好的维持种群个体的自疏死亡,存活曲线呈Deevey-Ⅲ型;杜鹃种群幼苗缺乏,存活曲线趋向于Deevey-Ⅰ型;死亡曲线和危险率曲线都随着龄级的增加而增加,杜鹃种群的死亡率在各个龄级一直大于岷江冷杉种群,危险率在Ⅱ龄级以后杜鹃种群也始终大于岷江冷杉种群。(2)岷江冷杉种群结构动态变化指数Vpi大于修正后的种群结构动态变化指数V′pi且大于0,而杜鹃种群结构动态变化指数Vpi小于修正后的种群结构动态变化指数V′pi且小于0,则岷江冷杉种群属于增长型,杜鹃种群属于衰退型,岷江冷杉、杜鹃随机干扰极大值分别为0.027、0.011,说明二者对外界干扰均比较敏感。(3)杜鹃种群时间序列预测为前期幼苗比较缺乏,中期稳定,后期衰退的动态特征,而岷江冷杉种群表现出各龄级时间变化较小,幼苗个体数较多,种群为稳定增长型,岷江冷杉更能适应甘肃南部高山林线区域当前环境。