基于12S rRNA基因序列探讨崇安地蜥的分类地位

为探讨崇安地蜥Platyplacous sylvaticus的分类地位,测定了崇安地蜥线粒体12S rRNA基因全序列,并从GenBank中下载了东亚产10种草蜥、3种地蜥的同源序列进行分析,采用Mega V2.1软件的NJ法和ME法、PAUP4.0软件的MP法构建分子系统树.结果表明:崇安地蜥线粒体12S rRNA基因全序列(952 bp)中T、C、A、G碱基含量分别为23.1%、22.9%、35.9%、18.1%;与其它同源序列比对后有978 bp,发现321个位点出现变异,占总位点数32.8%,其中199个简约信息位点,为总变异位点的62%;转换/颠换之比平均为2.16.构建的分子系统树中,NJ树和ME树完全一致,与MP树略有差异.3种构树法中崇安地蜥与南台草蜥Takydromus sauteri、峨眉地蜥P.intermedius、先岛地蜥P.dorsalis均聚为一支,崇安地蜥与先岛地蜥亲缘关系最近.本实验结果支持将地蜥属并入草蜥属和取消地蜥亚属的观点.     

大绿蛙Sox基因和Dmrt基因的PCR-SSCP分析

Sox基因家族与Dmrt基因家族在胚胎发育及性别分化中起着重要作用。本文采用PCR方法,扩增了大绿蛙Sox基因和Dmn基因的保守区,分别获得长约220bp和150bp的片段;SSCP分析结果显示大绿蛙Sox基因、Dmrt基因雌雄个体片段无差异,与人的有较大差异。本研究为探讨大绿蛙的性别决定机制及Sox基因与Dmrt基因的进化提供了分子资料。     

硝酸镧在小鼠肝中的积累及遗传毒理研究

通过在饮水中加入硝酸镧使小鼠摄入稀土,1个月后采用ICP-MS法测试了镧在小鼠肝中的积累,研究了硝酸镧对骨髓细胞微核率的影响,并采用体外试验研究了硝酸镧对小鼠基因组DNA的切割作用,探讨了稀土元素镧的遗传毒理.结果表明,1 000、500、300和50 μg·ml^-1处理组小鼠肝中镧含量分别达1.46、0.558、0.529和0.083 μg·g^-1,与对照组0.028 μg·g^-1的含量相比,各处理组小鼠肝中镧的含量皆有升高且与喂饮硝酸镧溶液的浓度成正比（r＝0.980）.1 000、500和300 μg·ml^-1处理组微核率与对照组之间的t检验结果表明各组微核率显著上升（P<0.05）,且亦与喂饮硝酸镧溶液的浓度成正比（r＝0.853）.体外试验显示,硝酸镧可切断DNA链,说明稀土元素镧可在生物体内积累,其在细胞内可使DNA断裂而导致遗传物质受损.     

稀土元素的生物安全性探讨

采用微核检测、单细胞凝胶电泳、同工酶等技术研究了稀土元素遗传毒理效应的有关结果。大量试验表明,稀土元素断裂DNA的能力,因而在一定浓度范围内,稀土元素确有致突变性。稀土元素在土壤中可专性吸附、不可降解,在动植物和人体皆有累积效应,因此稀土元素的生物安全性值得深入探讨。     

基于12S rRNA基因序列探讨凹耳蛙(无尾目,蛙科)的分类地位

为探讨凹耳蛙Rana tormotus的分类地位,测定了凹耳蛙线粒体12S rRNA基因序列,并从GenBank中下载了蛙科33种蛙的同源序列进行分析,用BI法、NJ法和MP法构建分子系统树.结果表明:3种树拓扑结构基本一致,都显示凹耳蛙与长吻胡湍蛙Huia nasica亲缘关系最近,凹耳蛙与长吻胡湍蛙相聚后再与臭蛙Odorrana组成单系群,而与湍蛙Amolops亲缘关系较远.据此,支持将该蛙从湍蛙属划出,并建议归入臭蛙属.     

高原低氧适应动物新疆灰旱獭右心室重构的组织学改变

目的探讨新疆灰旱獭高原低氧适应性改变致右心室重构组织学改变。方法应用免疫组化技术检测新疆灰旱獭右心室缝隙连接蛋白43(CX43)蛋白表达,同时应用HE染色和Masson染色观察心室肌结构和纤维化程度变化。结果心肌细胞肥大,胶原纤维增多,右心室肥厚指数、体重指数明显增高。CX43蛋白表达减少和(或)分布的改变。结论高原低氧致新疆灰旱獭右心室结构重构,可作为研究高原低氧适应性机制的理想动物模型。     

基于SwissPdbViewer和MATLAB对东北虎Sox蛋白三级结构建模及分析

SOX蛋白具有一个与DNA特异结合的高保守HMG-box结构域。为研究东北虎SOX蛋白三级结构的分子机理,利用MATLAB的Bioinformatics工具从GenBank中下载东北虎SOX蛋白序列信息,以三级结构已知的SOX2为模板,联合SwissPdbViewer与MATLAB,采用同源建模方法对SOX蛋白HMG-box进行建模、预测;利用MATLAB的Visualization Tool分析预测结果的三维结构。结果显示PtSox蛋白的HMG-box由3个α-螺旋和2个loop区构成;热稳定性分析表明PtSox蛋白loop区的热力学结构不稳定;表面静电分布显示出PtSox蛋白C-端的中间有一个可能与其它小分子或蛋白质的相互作用位点的N/C腔,上述空间结构可能与其活性与功能的调控有关。     

大绿蛙Sox基因和Dmrt基因的序列分析

Sox基因家族与Dmrt基因家族在胚胎发育及性别分化中起着重要作用。采用PCR方法,扩增了大绿蛙Sox基因和Dmrt基因的保守区,分别获得长约220 bp和140 bp的片段。序列分析表明,大绿蛙雌雄个体之间Sox基因、Dmrt基因序列没有差异,与人和其它动物的Sox基因、Dmrt基因有非常高的相似性,显示了Sox基因及Dmrt基因在系统进化上的高度保守性。本研究为探讨大绿蛙的性别决定机制及Sox基因与Dmrt基因的进化提供了分子资料。     

一种新的基因注释语义相似度计算方法

基因本体(GO)数据库为基因提供了统一的注释,有效地解决了不同数据库描述相同基因的不一致问题。但是,根据基因注释如何比较基因的功能相似性,这个问题仍然没有得到有效解决。本文提出一种新的基因注释语义相似度计算方法,这种方法在本质上是基于基因的生物学特性,其特点在于结点的语义相似度与结点所在集合无关,只与结点在GO图的位置有关,语义相似度可被重复利用。它既考虑了基因所映射的GO结点深度,又考虑了两GO结点之间所有路径对结点语义相似度的影响。文中以酵母菌的异亮氨酸降解代谢通路和谷氨酸合成代谢通路为实验,实验结果表明这种算法能准确地计算基因注释语义相似度。