RFLP诊断方法的改进

RFLP(限制性片段长度多态)技术应用于遗传病的诊断始于1981年。在十年时间里,这一基因诊断技术和分析方法不断得到发展和改进。随着越来越多的致病基因和连锁DNA多态片段的分离和克隆,该技术在分析缺陷基因性质,携带者检出和产前诊断等方面将发挥重要作用.然而,RFLP技术复杂,耗费时间和费用较大,使其向临床推广应用面临很大局限性。因此,基因诊断的方法简化和技术改进大有必要。1985年首创的多聚酶链     

山东省假性肥大型肌营养不良的RFLP分析 Ⅰ．可疑携带者的基因型确定

本文选用10个DMD基因内部和桥探针,对山东省9个地区的21个DMD／BMD家系的173名成员进行RFLP分析,其中可疑携带者55人,多数家系应用1－3个探针,有基因重组家庭选用4－5个探针,便可完成多态分析,RFLP分析可以确定85．45％的可疑携带者（≥95％可信限）,即13人确定为携带者,30人排除携带者,另有4人风险大幅提高,通过这些探针的群体多态检测和不同家庭结构和类型的应用分析,我们提出了在中国人群中DMD／SMD基因诊断的基本程序。     

人类群体遗传结构的协方差阵主成分分析方法

目的:探讨基因频率矩阵的中心化(或均值化)协方差阵主成分分析方法在人类群体遗传结构研究中的适用性和合理性。方法:从基因频率矩阵的结构特征入手,分析中心化、均值化协方差阵主成分分析与标准化相关阵主成分分析在特征根、特征向量以及降维效果等方面的差异,并通过实例比较不同方法在解释群体遗传结构特征上合理性。结果:中心化(或均值化)协方差阵的主成分不仅反映了基因变异程度的“方差信息量权”,而且反映了基因间相互影响程度的“相关信息量权”;标准化相关阵的主成分反映的仅是“相关信息量权”,不包括“方差信息量权”。通过比较中国26个汉族人群HLA-A基因座中心化协方差阵和标准化相关阵2种主成分分析结果,证实中心化协方差阵主成分分析方法在特征根与特征向量、保留主成分的个数和对主成分的群体遗传学解释的合理性等方面均优于标准化相关阵主成分分析方法。结论:在对群体遗传结构进行主成分分析时,应使用中心化(或均值化)变换消除基因频率矩阵中量级的影响,然后在用其协方差阵提取主成分。     

人类群体遗传空间结构对应分析中的“蹄型效应”及其遗传学解释

探讨了人类群体遗传结构对应分析中“蹄型效应”的产生机制及其遗传学解释。从分析基因频率矩阵的结构特点入手,以实例验证和比较了对应分析中散点图的结构特征。发现当基因频率矩阵的结构不同时,其对应分析中散点图的分布模式不同;当基因频率矩阵中存在稀有基因时,其对应分析的散点图则呈现明显的“蹄型效应”。“蹄型效应”经常会歪曲潜在遗传结构的真实形态,其产生主要是因为对应分析中的c2距离不相似测度高估了稀有基因的作用。在人类群体遗传结构对应分析中,当出现“蹄型效应”效应时,需认真分析基因频率矩阵的结构,寻找“蹄型效应”产生原因并给出合理的遗传学解释,以免做出错误结论。     

SMARCA1基因组结构鉴定及其在Smith-Fineman-Myers综合征家系中的突变分析

为探讨SMARCA1基因在中国山东SFMS家系患者发生中的作用,采用计算机杂交结合DNA序列分析方法,首先确定了SMARCA1基因的基因组结构,发现该基因的基因组DNA全长超过71．7kb,含有24个外显子和23个内含子,所有外显子和内含子接头皆遵循GT-AG法则,基因组结构的阐明,为进行基因突变检测和分析其生物学功能奠定了基础。在以上分析的基础上,通过PCR扩增结合测序分析,对在山东省发现的1个SFMS家系患者的SMARCA1基因的全部外显子和外显子内含子接头序列进行了基因突变检测,未检测到导致疾病的突变,提示中国山东SFMS家系患者不是由于SMARCA1基因编码区域内基因突变所致。     

XNP基因内多态基因座筛选及其多态性分析

从XNP基因内部筛选多态性较强的多态基因座,为连锁分析和间接诊断奠定基因,通过核酸同源性分析获得含有XNP基因的基因组克隆,并通过对比分析cDNA与基因组DNA的对应关系确定基因的非外显子序列,利用BCMSearch Launcher程序从中筛选短串联重复序列,采用PCR扩增技术和聚丙烯酰胺凝胶电泳方法,对所筛选出的短串联重复序列进行多态性分析,结果从XNP基因内筛选出5个短串联重复序列,多态性分析表明,其中的2个短串联重复序列（XNPSTR1和XNPSTR4）具有多态性,在100名无血缘关系的女性中,分别观察到4和11个等位基因,杂合度分别为47%和70%,XNPSTR1位于XNP基因的3′端,XNPSTR4位于第10内含子,结论是：从XNP基因内筛选出两个多态位点,可用于XNP基因的连锁分析和间接基因诊断。     

Smith—Fineman—Myers综合征与GRIA3基因的连锁和突变分析

探讨GRIA3基因与中国山东Smith-Fineman-Myers综合征的连锁关系,并分析SFMS患者GRIA3基因突变。采用PCR结合变性聚丙烯酰胺凝胶电泳方法,分析GRIA3基因内多态位点与致病基因之间的连锁关系。采用PCR扩增结合PCR产物直接测序方法检测GRIA3基因开放性阅读框架区域基因突变。GRIA3基因内多态位点分析表明,GRIA3基因与中国山东SFMS家系致病基因紧密连锁,但在该基因开放性阅读框架区域内并未检测到导致疾病的基因突变。中国山东SFMS家系患者不是由于GRIA3基因编码区域基因突变所致。     

等位基因多态性群体遗传结构的多元非线性分析方法

长期以来,对于多维基因多态性数据的多元统计分析,如计算遗传距离时昕用的聚类分析、分析群体遗传结构时所用的主成分分析、因子分析和典型相关分析等,一直应用为无约束条件数据而设计的经典多元线性分析方法,并没有注意基因多态性数据的“闭合效应”所带来的问题。从分析基因多态性数据的分布和结构特征入手,文中指出了基因多态性分布具有“闭合数据”的特点,分析了由于“闭合效应”的影响,经典多元线性方法用于群体遗传结构分析昕面临的困难。根据成分数据统计分析的理论和方法,提出了基因多态性群体遗传结构的多元非线性分析基本方法。并以主成分分析为例,通过实例比较和分析了经典线性主成分分析和“对数比”非线性主成分分析的结果,证明“对数比”非线性主成分分析方法是研究基因多态性群体遗传结构的良好方法,具有特异、灵敏等优点,其结果符合群体遗传学规律。