基于线粒体COI基因序列探讨泥蚶的遗传分化

采用PCR技术对我国沿海地区7个泥蚶群体的线粒体COI基因部分序列进行了测定和遗传分析。在来自7个群体的38个泥蚶样本均得到660 bp的COI基因片段序列,共103个多态位点,组成17种单倍型;数据分析表明：7个群体形成了二大类群：福建以北(包括福建)的5个群体（江苏盐城、浙江奉化、浙江乐清养殖和自然群体、福建福鼎）形成一个类群,类群内的遗传距离为0.0016;福建以南的类群（广东湛江、海南海口）形成一个类群,遗传距离为0.0006;二个类群之间的遗传距离为0.1529,表现为高度的分化。因此我国沿海泥蚶已分化形成福建以南和以北二大类群,二大类群之间的遗传分化已达到亚种水平。     

盐度胁迫对幼体大海马基因转录表达的影响

为探究大海马(Hippocampus kuda Bleeker)幼体在高盐、低盐胁迫条件下的基因表达水平的变化规律, 对实验条件下的大海马幼体的肝脏样品进行了转录组测序。对照组(CK, 25‰)、高盐(HS-test, 31‰)和低盐 (LS-test, 17‰)胁迫组共获得71794个单基因簇(Unigenes), N50为1780 bp, 平均长度为820.71 bp。高盐胁迫组与对照组比较, 共获得2740个差异表达基因 (DEGs), 其中495个DEGs上调, 2245个DEGs下调; 与对照组相比, 低盐胁迫组共获得3715个DEGs, 其中1854个DEGs上调, 1861个DEGs下调。高/低盐胁迫组DEGs经 KEGG 数据库富集发现, 高/低盐度胁迫均能导致大海马幼体体内氨基酸代谢、免疫代谢、能量和脂肪酸代谢相关基因受到影响。其中, 低盐胁迫时能量代谢和氨基酸代谢的相关基因显著上调, 高盐胁迫时脂肪酸代谢的相关基因显著下调, 而高/低盐胁迫时免疫代谢的相关基因都显著上调。从经过盐度胁迫的大海马幼体的肝脏转录组中分别筛选到免疫相关基因Gst、Hsp70、Hsp90、Sod、Bcl-2、Gadd45α、Tcrβ、Tap2和Traf3, 脂肪酸代谢相关基因Fadsd6、Fas、Sqle、Cyp51、Elovl6和Slc27a6, 能量代谢相关基因Vlcad、Pdha1、Mdh1、Idh3b、G6pd和Sdhd, 及一些氨基酸代谢相关基因Gldc、Atp6v1e1、Sms、Fadh、Asl、Ass1和Glud1等, 可作为大海马幼体响应环境盐度变化应激的候选基因。研究结果为盐度胁迫下大海马幼体的稳态调控机制的研究奠定了一定基础, 有助于在养殖实践中预防极端的盐度改变对大海马幼体所造成的影响。     

短小芽孢杆菌肉碱转运系统opuC基因的克隆与序列分析

以前期获得的ω-1-羟基脂肪酸高产突变菌株短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus)M-F641的总DNA为模板,利用Primer Premier 5.0软件设计4对引物,对决定长链脂肪酸无效降解途径中肉碱转运的OpuC转运系统的基因进行克隆,成功获得了opuCA、opuCB、opuCC和opuCD的基因序列,并利用MEGA 3.1、DNAStar等软件进行序列分析.研究内容将为进一步利用短小芽孢杆菌长链脂肪酸高效转化生产ω-1-羟基脂肪酸菌株奠定基础.     

鲹科鱼类线粒体DNA控制区结构及系统发育关系

采用PCR技术获得了9种鲹科鱼类的线粒体DNA控制区全序列,并结合从GenBank中下载的3种鲹科鱼类的相应序列采用ClustalW排序后,对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域,指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列(CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3),并给出了它们的一般形式,同时在康氏似鲹控制区的5′和3′两端发现重复序列。以尖吻鲈作为外类群,应用邻接法构建的分子系统树表明:鲹科鱼类分为鲹亚科、鰤亚科、鲳鲹亚科和鰆鲹亚科4个亚科,各自形成单系群;鲹亚科与鰤亚科形成姐妹群,鲳鲹亚科再与他们聚在一起,鰆鲹亚科处于鲹科鱼类的基部,与前面3个亚科聚在一起。     

从细胞色素b基因序列探讨笛鲷属的分子系统发生关系

测定了9种中国南海的笛鲷属鱼类的细胞色素b基因的部分序列,结合来自GenBank中1种分布于菲律宾和9种分布于美国大西洋的笛鲷属鱼类的相应同源序列,用邻接法和最大简约法构建分子系统树。结果显示:红鳍笛鲷(Lutjanuserythropterus)与红笛鲷(L.sanguineus)之间的同源序列碱基差异百分率只有0.32%,支持二者是同种异名的观点;中国南海的笛鲷属鱼类间的平均碱基差异要高于美国大西洋笛鲷属鱼类。在MP和NJ树中,美国大西洋笛鲷表现为亲缘关系较近,来源于中国南海的笛鲷鱼类相对集中在树的基部,分歧较大。这与所研究的笛鲷地理分布和地理隔离基本相一致,同时也说明中国南海笛鲷分化较早并且分歧较大。     

从细胞色素b部分序列探讨石斑鱼属的分子系统发育关系

石斑鱼的分类在学术界尚存在很多争议。本文采用PCR技术,测定了分布于中国的点带石斑鱼(Epinepheluscoioiaes)、青石斑鱼(E.awoara)、六带石斑鱼(E.sexfasciatus)、褐石斑鱼(E.brunneus),长棘石斑鱼(E.longispinis),吻斑石斑鱼(E.spilotoceps),巨石斑鱼(E.tauvina)以及石斑鱼亚科侧牙鲈属的侧牙鲈(Variola louti)的线粒体细胞色素b基因402bp的序列,结合GenBank提供的7种中国无记录的石斑鱼:青铜石斑鱼(E.aeneus)、海丰石斑鱼(E.haifensis)、犬牙石斑鱼(E.caninus)、东大西洋石斑鱼(E.marginatus)、白斑石斑鱼(E.multinotatus)、德氏石斑鱼(E.drummondhayi)、淡点石斑鱼(E.labriformis),把这14种石斑鱼作为内群,对他们的序列组成和结构特点进行了分析;并以同为科(Serranidae)、石斑鱼亚科(Epinephelinae)的侧牙鲈属(Variola)的侧牙鲈作外群,分别用MP法、NJ法对内、外群构建了分子系统树,结果表明:(1)14种石斑鱼402bp的mtDNA Cytb部分序列的碱基组成上,A+T的含量为53.6%高于G+C含量(46.4%),序列中转换颠换比为4.78,没有突变饱和;(2)青石斑鱼与六带石斑鱼、点带石斑鱼与巨石斑鱼、长棘石斑鱼与吻斑石斑鱼分别聚在一起,与形态分类结果一致;(3)系统树中,大西洋与太平洋种类各枝交替汇合,表明石斑鱼的Cytb序列有严格的保守性,也可能是协同进化的结果;(4)揭示在良种选配或遗传管理时,避免居于同枝的石斑鱼混交,将大西洋种类与太平洋种类杂交可能是遗传改良的一种途径。       

PCR-SSCP技术在微生物群落多态性分析中的应用进展

PCR-SSCP技术是新近发展起来的一种分子生物学分析技术,因具有快速、简便、灵 敏和适于大样本筛查的特点,能有效检出碱基置换、缺失、插入等基因变异,因而有广泛和 潜在的应用价值.该文较系统地介绍了PCR-SSCP方法的发展过程、技术优势及其在环境生态 、食品微生物等领域中微生物群落多态性检测的应用进展,并对其发展前景作了展望.     

鲹科鱼类线粒体DNA控制区结构及系统发育关系

采用PCR技术获得了9种鲹科鱼类的线粒体DNA控制区全序列,并结合从GenBank中下载的3种鲹科鱼类的相应序列采用Clustal W排序后,对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域,指出了终止相关序列的主体是TACAT与其反向互补序列ATGTA以及一系列保守序列（CSB-F、CSB-E、CSB-D和CSB-1、CSB-2、CSB-3）,并给出了它们的一般形式,同时在康氏似鲹控制区的5′和3′两端发现重复序列。以尖吻鲈作为外类群,应用邻接法构建的分子系统树表明：鲹科鱼类分为鲹亚科、鰤亚科、鲳鲹亚科和鰆鲹亚科4个亚科,各自形成单系群;鲹亚科与鰤亚科形成姐妹群,鲳鲹亚科再与他们聚在一起,鰆鲹亚科处于鲹科鱼类的基部,与前面3个亚科聚在一起。     

基于细胞色素b序列的鲹科分子系统发育

测定了中国鲹科8属9种鱼的细胞色素b基因的全序列(1141bp),结合来自GenBank中分布于美国、安哥拉、希腊以及巴拿马的鲹科4属14种鱼的相应同源序列生成供系统发育分析的序列矩阵,用最大简约法和邻接法构建分子系统树。结果显示:(1)支持科下设四个亚科(鲹亚科,亚科,鲳鲹亚科,鰆鲹科)阶元的分类系统;(2)亚科属下不宜设亚属分类阶元;(3)及达副叶鲹与丽叶鲹亲缘关系较近,应同属于副叶鲹属;(4)我国传统的鱼类检索系统将狮鼻鲳鲹误鉴定为卵形鲳鲹,建议予以修正。