基因表达聚类分析技术的现状与发展

随着多个生物基因组测序的完成、DNA芯片技术的广泛应用,基因表达数据分析已成为后基因组时代的研究热点.聚类分析能将功能相关的基因按表达谱的相似程度归纳成类,有助于对未知功能的基因进行研究,是目前基因表达分析研究的主要计算技术之一.已有多种聚类分析算法用于基因表达数据分析,各种算法因其着眼点、原理等方面的差异,而各有其优缺点.如何对各种聚类算法的有效性进行分析、并开发新型的、适合于基因表达数据分析的方法已是当务之急.     

VCAM-1、VEGF及茁2-MG在过敏性紫癜中含量 及其相关性*

目的：探讨紫癜性肾炎（APN）、过敏性紫癜（AP）和正常对照组血中血管细胞粘附分子-1（VCAM-1）、血管内皮生长因子（VEGF）和β2-微球蛋白（β2-MG）的含量变化,以及AP中VCAM-1、VEGF和β2-MG之间的相关性,以证实VCAM-1和VEGF参与了AP的部分发病机制。方法：采用ELISA法,检测APN组22例,AP组28例及健康儿童30名为正常对照组的血浆中VCAM-1和VEGF的含量。生化分析仪检测5-组儿童的血132-MG。比较APN组、AP组和正常对照组之间VCAM-1、VEGF和β2-MG的差异,及三者间的相关性分析。结果：血浆VCAM-l含量、VEGF含量和血中β2-MG含量均APN组〉AP组〉正常对照组,差异均有统计学意义（P〈0．01）;在APN和AP组中,血浆VCAM-1、VEGF和血β2-MG散点图呈线性趋势,均呈正相关。三者间相关性分析均r〉0（P〈0．01）。结论：儿童AP血浆VCAM-1、VEGF和血β2-MG含量升高,APN均比AP更高,且三者间均呈正相关。示三者均参与了AP的部分发病机制。     

过敏性紫癜血管内皮生长因子含量及其与肾损害指标的相关性

目的:探讨紫癜性肾炎(APN)、过敏性紫癜(AP)和正常对照组血中血管内皮生长因子(VEGF)和肾损害指标的含量变化,以及APN中VEGF和肾损害指标的相关性,以证实VEGF参与了AP的部分发病机理。方法:采用ELISA法检测APN组22例,AP组28例及健康儿童30名为正常对照组的血VEGF的含量。生化分析仪检测三组患儿的血清肌酐(Cr),β2微球蛋白(β2-MG)和双缩脲法检测24h尿蛋白定量。比较APN组、AP组和正常对照组之间VEGF和肾损害指标的差异,及APN组、AP组分别与肾损害指标血Cr、β2-MG和24h尿蛋白定量的相关性分析。结果:血浆VEGF含量APN组AP组正常对照组,差异有统计学意义(P0.01),APN组患儿血β2-MG、Cr和24小时尿蛋白量较AP组患儿显著增高(P0.01);AP组患儿血清β2-MG、Cr较对照组患儿显著增高,24小时尿蛋白量无明显差异;APN组患儿血浆VEGF的含量与血β2-MG、血Cr、24小时尿蛋白量呈正相关(r0,P0.01)。结论:儿童AP血浆VEGF含量,APN比无肾损害的AP更高,说明了血浆VEGF水平增高与肾损害的程度密切相关,VEGF参与了AP和APN血管炎的发生发展过程,并可与肾损害指标反映其病情程度。     

乳酸乳球菌KLDS4.0325的糖代谢过程及乳酸生物合成途径的比较

【目的】为了探究乳酸乳球菌乳酸亚种KLDS4.0325的碳水化合物利用能力和乳酸形成潜力。【方法】本文对该菌株进行了全基因组鸟枪法测序,并应用生物信息学方法对该菌株细胞外糖的转运、代谢及产酸途径涉及的一系列基因与其它9株参考菌株进行了比较分析。【结果】与参考菌株相比,该菌株基因组中具有较多涉及整个途径糖代谢途径的关键酶编码基因。【结论】该菌株在基因水平上表现出能够利用多种糖类物质来产乳酸的优良性状,是一株具有高产L-乳酸工业潜能的乳酸菌。     

心电向量图对慢性肺源性心脏病右心室肥厚与扩张的诊断研究

目的:探讨心电向量图(VCG)对慢性肺源性心脏病早期右心室肥厚与扩张的诊断价值。方法:选择我院2015年1月-2016年1月门诊及住院慢性肺源性心脏病患者100例,所有患者进行心电向量图和常规心电图(ECG)检查,比较两种方法对慢性肺心病右心室肥厚与扩张的检出率,以及和超声心动图诊断的符合率,另外对比两种检测方法的检测差异,并进行统计分析。结果:与超声结果对比,ECG的检出率为43.00%(73/100)明显低于VCG的91.00%(91/100),且差异具有统计学意义(X2=36.326,P=0.000);VCG在诊断慢性肺源性心脏病右心室肥厚与扩张方面的敏感性明显高于ECG(P0.05),而两种检测方法的特异度、假阳性预测值及假阴性预测值之间的差异无统计学意义(P0.05)。结论:以超声心动图为标准,VCG对于慢性肺源性心脏病早期右心室肥厚与扩张的检出率较高,且具有较高的敏感性,值得在临床上广泛推广应用。     

儿童过敏性紫癜早期肾损伤中VCAM-1的临床意义

目的：探讨血管细胞粘附分子-1（VCAM-1）的检测在儿童过敏性紫癜（AP）早期肾损伤中的临床意义。方法：选择明确诊断为AP 患儿85 例,均为早期无肾损害的AP病儿。根据第七版诸福棠实用儿科学有关章节的诊断标准和随访结果,进一步将研究对象分为有肾损害AP 为APN 组,无肾损害AP为AP 组,于同时间、同群体中选择健康儿童35 名为对照组。应用ELISA 法分别检测三组患儿早期无肾损害时血VCAM-1 的含量,分析血VCAM-1在儿童过敏性紫癜早期肾损伤中的临床意义。结果：APN 组血VCAM-1 水平均高于AP组和正常对照组;AP 组亦高于正常对照组,差异均有统计学意义（P〈0.01）。结论：对早期无肾损害的AP病儿,检测血浆VCAM-1 对AP发生APN 的预后诊断有重要的临床意义。     

一株从中国新疆地区的酸马奶中分离出的新菌株,乳酸乳球菌乳酸亚种KLDS4.0325的全基因组序列(英文)

【目的】为了阐明乳酸乳球菌乳酸亚种KLDS4.0325的生理及代谢机制,并对其重要功能基因进行挖掘,我们对菌株KLDS4.0325的全基因组序列进行测定和基因组图谱的绘制,并利用生物软件和数据库完成对序列的注释及相关功能性分析。【方法】在菌株序列完成测序、组装和注释后,根据序列信息进行全基因组图谱的绘制,并对菌株的蛋白质水解系统、氨基酸来源的风味形成途径和B-族维生素合成途径进行了比较基因组分析,并对细菌素合成基因组和冷应激蛋白基因进行了预测。【结果】菌株KLDS4.0325基因组全长2589250 bp,G+C含量为35.4%,共预测出2662个开放阅读框,其中1310个具有潜在的生物学功能。菌株可以有效的对细胞外蛋白质进行有效的水解,具有潜在的降低苦味肽以及产生一系列能够抑制血管紧张素转化酶活性的活性肽。在转氨途径方面,菌株KLDS4.0325具有较为完成的酶系统,可以催化相关氨基酸转化为风味物质。在菌株KLDS4.0325的基因组中,我们发现了较多编码糖转运、代谢以及L-乳酸合成的基因。关于叶酸和核黄素合成途径的编码基因在菌株KLDS4.0325的基因组中也较为完整。此外,我们在菌株KLDS4.0325的基因组中预测出了一个关于乳球菌素的基因簇和两个冷应激蛋白Csp D和csp E的编码基因。【结论】这些编码菌株显著特性基因的存在为菌株KLDS4.0325能够进行工业发酵提供了理论基础,并为其进一步研究提供了方向。