"温度对淀粉酶活性的影响"实验的改进

人民教育出版社 2 0 0 0年 6月出版的新高中教材《生物·第一册》(实验修订本·必修 )里 ,编写了“探索影响淀粉酶活性的条件”的实验 ,目的在于 :1)初步学会探索影响酶活性条件的方法 ;2 )探索淀粉酶在不同温度和 p H下催化淀粉水解的情况。通过该实验的学习可以让学生了解酶作为生物催化剂 ,其活性的发挥需要适宜的条件。其基本流程略。在经过近 2年的试行收到了良好的效果 ,同时从各地从事生物学教学的中学教师的反馈信息中了解到 ,“温度对淀粉酶活性的影响”实验在实际教学过程中 ,或多或少的遇到一些问题和令人遗憾之处 :首先是材料…     

维氏气单胞菌tmRNA突变体构建及其用于反式翻译底物的鉴定

SmpB-tmRNA介导的反式翻译,是细菌中普遍存在的一种主要核糖体拯救机制,对细菌的生存和增殖都具有重要影响。为了探明反式翻译系统在人-鱼共患病原菌维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)中的作用机制,本研究基于维氏气单胞菌tmRNA的二级结构预测,将tmRNA标记肽的后5个氨基酸残基的密码子以及1个终止密码子突变为组氨酸密码子,从而构建tmRNA突变体。生长曲线测定结果表明,该tmRNA突变体能够回补tmRNA缺失导致的细菌生长缺陷;同时,免疫印迹实验确证该突变体能够成功地将反式翻译拯救的蛋白底物标记上组氨酸标签,表明其能够行使tmRNA的正常功能。本研究构建的tmRNA突变体为后续分离和纯化tmRNA-SmpB介导的反式翻译底物,进而研究反式翻译系统在细菌中的作用机制提供了理论基础。     

维氏气单胞菌hfq基因敲除菌株的构建及鉴定

RNA分子伴侣蛋白Hfq是细菌中普遍存在的全局调控因子,对于细菌的生长增殖、毒性和逆境耐受等都有重要影响。维氏气单胞菌(Aeromonas veronii)是一种新型人—鱼共患条件致病菌,会在水产养殖中造成巨大危害。本研究从维氏气单胞菌基因组DNA中扩增hfq基因上、下游序列,连接到pRE112质粒中,构建敲除质粒pRE112-Δhfq,通过接合转移将敲除质粒从大肠杆菌感受态转入维氏气单胞菌后,基于同源重组原理,利用蔗糖压力筛选得到hfq基因敲除的维氏气单胞菌突变株C4-Δhfq。生长曲线分析表明,hfq基因敲除显著延缓维氏气单胞菌的生长速率,同时,回补hfq使细菌恢复生长。本研究获得的hfq基因敲除菌株,可为进一步研究维氏气单胞菌中Hfq调控因子的功能及其调控机制提供一定帮助。     

海南近海水域产碱性蛋白酶菌株的分离筛选及发酵条件优化

【背景】微生物蛋白酶在工业生物技术上具有广阔的应用前景。在微生物蛋白酶中,碱性蛋白酶占全球酶总产量的50%以上,获取产碱性蛋白酶的新微生物资源意义重要。【目的】在海南近海贝类养殖基地海泥中筛选获得高产碱性蛋白酶的菌株,对其生长特性进行探究并优化菌株产酶条件,获得新的蛋白酶生产资源。【方法】以酪素培养基为筛选培养基,采用形态学结合系统发育分析鉴定菌株,通过响应面实验优化菌株的产酶条件。【结果】筛选获得一株高产碱性蛋白酶的菌株F3,鉴定为粘质沙雷氏菌（Serratia marcescens）。菌株在最优产酶条件下发酵酶活达到（339.36±4.30） U/mL。【结论】筛选获得的菌株粘质沙雷氏菌F3有较好的产碱性蛋白酶的能力。     

大肠杆菌基因组中重叠基因注释的机器学习优化方法

细菌基因组上存在着大量的重叠基因,这不但缩减基因组尺寸,增加对遗传信息的有效利用,而且参与转录及转录后水平的调控。目前重叠基因的形成原因尚不清楚,缺少预测重叠基因是否存在的特征信息,不利于对 重叠基因的注释。本研究通过机器学习中的卷积神经网络算法对基因相关区域进行扫描,发现基因编码区前54 bp的区域可以作为判定重叠基因的标记信息,并采用支持向量机算法确证以上预测结果的准确性。通过对卷积神经网络模型的训练与优化,成功构建卷积神经网络模型,并用于大肠杆菌基因组中重叠基因的注释,对重叠基因的研究有重要意义。已训练好的模型和使用方法已经发布于GitHub,具体内容参看以下网址：https://github.com/breadpot/Convolutional_Neural_Network_Bacteria_overlapping_genes_prediction。