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重建生物进化树一直以来都是进化生物学家的梦想。大量物种全基因组的测序使得我们可以从全基因组水平上构建进化树,来研究各个物种之间的进化关系。本文采用2种统计方法和3种距离计算方法,在全基因组水平上建立基于蛋白质结构的进化树。选取93个物种的全基因组作为分析对象,涵盖了3个超界:真核生物,细菌和古细菌。而结果也正确地将这些物种分为三个大类,每个大分支内部的物种聚类情况也基本和这些物种的形态学分类相吻合。并将这些方法的聚类结果与物种分类的结果相比较,得出丰度的统计方法和基于两向量夹角的距离计算方法这种组合在构建进化树上比其他组合更好。 相似文献
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蛋白质空间结构研究是分子生物学、细胞生物学、生物化学以及药物设计等领域的重要课题.折叠类型反映了蛋白质核心结构的拓扑模式,对折叠类型的识别是蛋白质序列与结构关系研究的重要内容.选取LIFCA数据库中样本量较大的53种折叠类型,应用功能域组分方法进行折叠识别.将Astral 1.65中序列一致性小于95%的样本作为检验集,全库检验结果中平均敏感性为96.42%,特异性为99.91%,马修相关系数(MCC)为0.91,各项统计结果表明:功能域组分方法可以很好地应用在蛋白质折叠识别中,LIFCA相对简单的分类规则可以很好地集中蛋白质的大部分功能特性,反映了结构与功能的对应关系. 相似文献
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