SARS-CoV(BJ01)基因预测及功能推测

通过对有关SARS—Cov文献的调研,指出了有关基因预测和功能研究的不足。为制备有效的药物和疫苗,对SARS—CoV(BJ01)重新进行了基因预测和功能推测。比较12种基因预测方法对冠状病毒属中已知基因的预测优劣,选用Heuristic models、Gene Identification、ZCURVE—CoV和ORF FINDER4种较好的方法来预测基因,然后运用AT—Gpr分析第一起始密码子的可能性及是否符合Kozak规则,同时搜索转录调控序列,以提高基因预测的准确性。共预测出34个ORF,排除NCBI及有关文献中完全相同或有微弱差别的13个,得到21个大于50个氨基酸的可能新基因。对于预测出的蛋白质,运用ProtParam分析它们的物理化学特征,用SignaIP分析蛋白是否有信号肽,用BLAST、FASTA分析是否有相似序列,用TMPred、TMHMM、PFAM和HMMTOP分析结构域或模体,以提高基因功能推测的可靠性。根据4种基因预测方法使用情况、与其他冠状病毒属已知基因匹配分值、匹配预期值、已知基因与预测基因长度差别,将21个可能的新基因按出现可能性分为4类。同时对结果进行了讨论。     

山西关帝山神尾沟植物群落多样性研究

ＴＷＩＮＳＰＡ将山西关帝山神尾沟８９个群落样方划分为２３组,即２３个群系。ＤＣＡ结果表明,第一轴、第二轴及排序图对角线分别反映各植物群落所在环境的温度、温度和海拔梯度变化。ＤＣＡ二维排序图分布格局表明,活土最度、枯枝落叶层厚度与海拔之间有极明显的正相关性。不同中样地指数散点图表明：群落多样笥和均匀度指数随海同呈下降趋势,丰富度指数基本保护不变。     

浊点萃取法结合超声波提取连翘叶中叶绿素

本实验以连翘叶为材料,首次对浊点萃取法结合超声波提取叶绿素进行了研究。首先采用单因素考察及正交试验筛选,以665 nm处的吸光度值作为考察指标,得叶绿素最佳提取条件是:Triton X-114浓度为4%,超声时间为11 min,料液比为1∶10;其次对该提取方法与传统提取方法进行比较,得叶绿素的提取率比传统有机溶剂提取法提高了9.92%,与超声波提取法相比,提取率提高了11.58%。本研究为叶绿素的提取提供了一种新的方法,该方法提取温度低(室温)、提取过程不使用挥发或有毒溶剂,具有经济、安全、高效、简便、省时、环保等优点,且适用于任何绿色植物茎和叶中叶绿素的提取。     

晋西吕梁山严村流域撂荒地植物群落演替中的物种多样性变化

用DCA排序研究了黄土丘陵区撂荒地上植物群落演替的趋势和方向,用6种多样性指数分析了物种丰富度、均匀度和综合多样性在演替过程中的变化。随着演替的进展,物种丰富性显著增高,均匀性逐渐降低,综合多样性逐渐升高。     

SARS-Cov及其他冠状病毒基因组比较分析

摘要：对病毒种内和种间基因组的比较分析能获得很多关于病毒起源与演化的信息。对17株SARS-CoV的种内基因组变异分析发现共有137个变异位点,估算出SARS-CoV的突变率为8.04×10-3核苷酸替换/位点/年。变异位点在基因组上的分布不均匀,变异位点最多的是基因组中编码S1蛋白的区域,而在编码依赖于RNA的RNA聚合酶区域中几乎没有变异位点。核苷酸和氨基酸替换的偏性预示变异可能不仅仅是由随机漂变产生。对冠状病毒种间基因组结构比较分析发现,SARS-CoV的基因组结构与IBV很相似;而保守基因系统发育分析表明,SARS-CoV属于冠状病毒的一个新分支,并且与血清型第二组冠状病毒进化关系较近。对其他某些分子特征的分析发现,在不同的方面SARS-CoV和不同组冠状病毒有不同的相似点。进一步对基因组非保守开放阅读框(ORF)的基序(motif)和跨膜区分析发现,各组冠状病毒基因组中位于基因S-E间的非保守ORF可能是同源的,但不是绝对必要的;而IBV和SARS-CoV的基因组中位于基因M-N间ORF可能不是同源的。综合分析SARS-CoV与3组血清型冠状病毒进化关系、宿主分布,以及SARS-CoV和IBV的s2m的进化关系,可以推测SARS-CoV有可能来自禽类。 Abstract:The genome comparison of inter-species and intra-species can give us much information about the origin and evolution of viruses.There are 137 mutation sites in the 17 genomes of SARS-CoV,and the mutation rate is about 8.04×10-3 substitution/site/year.The distribution of the segregating sites is not steady,the most variable region appears in S1 protein,and the nucleotide sequence of RNA-dependent RNA polymerase has very few mutation sites.The substitution bias of nucleotide acids and amino acids indicates the non-random drift products.The comparison of genome structures of SARS-CoV and other coronaviruses shows that SARS-CoV and IBV share the same genome structure.Phylogenetic analyses of conserved genes of coronaviruses indicate that SARS-CoV is a new branch of coronaviruses and appears more close to the group II coronaviruses.Interestingly,SARS-CoV shares some different features with different groups of coronaviruses.Additional analyses show that the first ORFs between S and E genes of some coronaviruses are transmembrane proteins and share the common motif,indicating the possible common ancestor.From the host distribution of different groups of coronaviruses and the phylogeny of s2m,we can deduce that avian is the probable natural host of SARS-CoV.