系统发育分析中的最大简约法及其优化

随着生物技术的不断发展和系统发育学的深入研究, 在重构系统发育树时, 研究人员往往要面对更多的挑战和困难, 比如： (1)需要分析的样本数（物种数或个体数）不断增加; (2)需要分析的数据量迅速扩大。尤其在基因组测序技术的推动下, 基于分子信息的系统发育重建需要极大的计算量, 因此数学方法、 计算机技术以及其他辅助工具对于系统发育重建的效率和精确度起着至关重要的作用。最大简约法（maximum parsimony）是一种重要的系统发育重建方法, 提高其计算效率对系统发育学研究具有重要意义, 针对该算法的优化改进需要生物学家和计算机专家的共同努力。本文通过详细地阐述最大简约法的计算流程, 分析其参数选择对计算效率的影响, 帮助更多的计算机使用者, 在并不了解系统发育学基础的情况下, 更方便地针对实际的系统发育算法问题给出更好、 更快、 更精准的解决方案; 同时为系统发育研究工作者, 较为清晰地解释最大简约法的构树思想和计算逻辑, 推动针对最大简约法的不断改进与优化。     

彩色双功能超声在诊断肢体假性动脉瘤中应用价值(附16例分析)

目的评价彩色双功能超声在检查创伤性肢体假性动脉瘤中的诊断价值。方法利用高频线阵探头对16例(17个)肢体假性动脉瘤患者进行检查,并与血管造影进行对比分析。结果16例肢体假性动脉瘤首先经超声检查诊断,所有病例假性动脉瘤体内均有红蓝相间的“来和去”特征性彩色血流图像,6例行血管造影检查,结果与超声诊断完全相符。诊断符合率为100%。11例手术切除,其中10例与超声检查结果相符,1例合并桡动脉漏超声未能检出。超声诊断符合率为92%。结论彩色多普勒超声诊断创伤性肢体假性动脉瘤在临床上具有重要的诊断价值。     

基于CRISPR 2类Ⅴ型系统的检测技术开发与研究进展

核酸检测技术以其灵敏度高、特异性强的特点,广泛应用于病原体检测中,在公共卫生管理和临床治疗决策等场景中发挥重要作用。基于CRISPR 2类Ⅴ型系统的核酸检测技术,同时还具备检测方式简单、检测时间短的特点,具有良好的发展前景。该文简要介绍CRISPR 2类Ⅴ型系统的组成、结构、功能与作用机制,总结已开发的基于不同Ⅴ型Cas蛋白的众多检测平台以及这些检测平台的应用场景,并对其未来发展进行简要述评。     

利用ChIP-seq技术研究转录因子EDAG在全基因组的结合谱

为揭示红系分化相关基因（erythroid differentiation associated gene, EDAG）在造血中的作用机制,利用ChIP-seq分析EDAG的全基因组结合谱.首先从产妇脐带血分离CD34+细胞,EPO诱导CD34+细胞培养5 d.利用EDAG抗体进行染色体免疫共沉淀（chromatin immunoprecipitation, ChIP）实验、Western 印迹法检测EDAG抗体的富集情况.将富集到的DNA样品进行高通量测序,最后利用生物信息学分析测序结果.成功富集染色体DNA,经高通量测序和生物信息学分析,共得到1 292个EDAG 结合位点的Peaks数目,代表了975个结合的基因且错误发现率(false discovery rate, FDR)小于00001. EDAG Peaks主要分布在基因间区和内含子区.进一步利用Q-PCR对ChIP-Seq数据进行了验证,证实EDAG可结合在检测的靶基因调控区上.将EDAG结合的基因进行基因功能（gene ontology, GO)注释,表明EDAG参与了细胞周期、细胞生长、细胞分化、细胞凋亡及信号通路等多种生物学过程.综上,利用ChIP-seq技术在促红细胞生成素（EPO）诱导分化的CD34+细胞中鉴定了1 292个EDAG结合的peaks对应975个基因,并对该结果进行了随机验证,提示EDAG广泛参与了多种生物学过程.该研究为揭示EDAG的功能及作用机制提供了线索.     

敲低EDAG抑制乳头状甲状腺癌细胞的增殖

为研究EDAG在人乳头状甲状腺癌病人组织中的表达及在乳头状甲状腺癌细胞中的作用,利用免疫组化检测31例乳头状甲状腺癌癌组织及癌旁组织中EDAG蛋白的表达,并进行数据分析.包装EDAG敲低慢病毒颗粒,感染乳头状甲状腺癌细胞系K1,建立EDAG敲低稳定细胞株,检测EDAG敲低对细胞增殖、克隆形成、周期和凋亡的影响. 结果显示,EDAG蛋白在乳头状甲状腺癌癌组织中异常高表达,而在对应癌旁组织极低表达或不表达.建立稳定敲低EDAG的K1细胞株,敲低效果达到约96%,敲低EDAG后细胞增殖变缓,倍增时间由18.49±0.19 h变为19.47±0.11 h,且克隆形成能力下降,G0/G1期比例升高,无血清培养时凋亡增多.本文报道了EDAG在乳头状甲状腺癌病人中高表达,且敲低甲状腺癌细胞系K1中内源EDAG抑制细胞增殖,降低细胞克隆形成能力,G0/G1期增多,凋亡升高,提示EDAG异常高表达可能在甲状腺癌发生发展中具有重要作用.