SELDI-TOF-MS技术寻找肿瘤转移相关的标志蛋白研究进展

由于SELDI-TOF-MS技术简便、快速、灵敏度高、重复性好等优点,目前大量应用于肿瘤相关的研究,不但为肿瘤早期诊断相关标志蛋白的寻找提供了有效的手段,而且它在寻找肿瘤转移相关的标志蛋白中的作用越来越受到人们的关注。因为对于肿瘤转移相关标志蛋白的检测有利于人们更清楚地认识肿瘤转移的机制,更重要的是为临床医生提供对病人情况的更全面的判断,制定更适合病人自身的个体化的治疗方案。本文对国内外发表的利用SELDI-TOF-MS技术寻找在大肠癌、胃癌、肺癌、乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌、肝细胞肝癌、头颈部癌等转移相关标志蛋白的研究文献作一综述。     

用基因芯片筛选高转移卵巢癌细胞系转移相关基因

用标准化的Affymetrix公司生产U133A基因芯片技术研究高(H)转移卵巢癌细胞株(HO-8910PM)和正常卵巢上皮(C)基因表达谱差异,筛选与卵巢癌转移相关的基因及其在染色体的定位和功能。结果发现高转移卵巢癌细胞株和正常卵巢上皮比较表达差异8倍以上共有1,237个基因,其中表达上调(信号比的对数值SLR≥3)有597个,表达下调(SLR≤-3)有640个。从表达差异的基因在染色体定位分析,发现除1个基因未知其定位外,其余所有差异表达基因散在分布在各条染色体上,但以1号染色体最多,有115个(9.3%)。其次是2号染色体有94个(7.6%),第三是12号染色体有88个(7.1%)。第四是11号染色体有76个(6.1%)。第五是X染色体有71个(5.7%)。第6是17号染色体有69个(5.6%)。而差异表达的基因发生在染色体短臂(q)上有805个(占65.1%),在13,14,15,21和22号仅发现在q上有差异表达基因。从表达差异的基因分子功能分类看,属于酶和酶调控子基因最多(306个,占24.7%),其次是核酸结合基因(144个,占11.6%)。第三类是信号传导基因(137个,占11.1%)。第四类是蛋白结合基因(116个,占9.4%)。以上4大类共占基因总数56.8%。还有功能未知的基因有207个,占16.7%。结论:高转移卵巢癌细胞株差异表达基因散在分布在各条染色体上,但以1、2、12、11、17和X染色体差异表达基因居多,肿瘤的转移是多基因共同作用的结果。4大类(酶和酶调控子活性、核酸结合活性、信号传导活性、蛋白结合活性)差异表达基因是我们今后研究卵巢癌转移相关的重要基因。     

高低转移卵巢癌细胞株差异表达基因在染色体定位及其功能

用基因芯片技术研究高（H）、低（L）转移卵巢癌细胞株（HO-8910PM和HO-8910）和正常卵巢上皮（C）基因表达谱差异,筛选与卵巢癌转移相关的基因,并利用生物信息学方法对检测结果进行差异基因在染色体定位和功能分析。结果：高、低转移卵巢癌细胞株比较表达差异2倍以上共有409个基因,其中表达上调（信号比的对数值[SLR]≥1）有271个,表达下调（SLR≤-1）有138个。从表达差异的基因在染色体定位分析,发现除1个基因未知其定位外,其余所有差异表达基因散在分布于各条染色体上,但以1号染色体最多有43个（占10．7％）。其次是6号染色体有39个（占9．6％）,第三是2号染色体有29个（占7．1％）。第四是17号染色体有28个（占6．9％）。第五是3号染色体有25个（占6．2％）。第6是5号和11号染色体各有24个（各占5．9％）。而差异表达的基因发生在染色体短臂（q）的有264个（占64．7％）,在13,14,15,21和22号仅发现在q都有异常表达。从表达差异基因的分子功能分类看,属于酶和酶调控子基因为最多（104个,占25．4％）,其次是信号传导基因（43个,占10．5％）。第3类是核酸结合基因（42个,占10．3％）。第4类是蛋白结合基因（34个,占8．3％）。以上4大类共占基因总数54．5％。还有功能未知的基因有76个,占18．6％。高、低转移卵巢癌细胞株差异表达基因散在分布在各条染色体上,但以1、6、2、17、3、5和11号染色体差异表达基因居多。肿瘤的转移是多基因共同作用的结果。4大类（酶和酶调控子、信号传导、核酸结合和蛋白结合）相关基因异常是我们今后研究卵巢癌转移的重要基因。     

胃癌差异表达基因在染色体上的定位及其功能分析

利用标准化的Affymetrix公司生产的U133A基因芯片检测胃癌（T）与切缘正常胃黏膜（C）基因表达谱差异,并利用生物信息学方法对检测结果进行差异基因在染色体定位和功能分析。结果表明：胃癌与正常胃黏膜比较差异8倍以上共有270个基因,其中表达上调[信号比的对数值（SLR）≥3]有157个,表达下调（SLR≤-3）有113个。从表达差异的基因在染色体定位分析,发现除4个基因未知其定位外,其余所有差异表达基因散在分布和各条染色体上,但以1号染色体为最多,有26个（占9．8％）,其次是11和19号染色体上分别有24个（各占9．1％）。而差异表达的基因发生在染色体短臂（q）上有173个（占65％）。从表达差异的基因功能分类看,属于酶和酶调控子基因最多（67个,24．8占％）,其次是信号传导基因（43个,占15．9％）,第3类是核酸结合基因（17个,占6．3％）,第4类是转运子基因（15个,占5．5％）,第5类是蛋白结合基因（12个,占4．4％）,还有功能未知的基因有50个,占18．5％。以上5大类共占基因总数56．9％。胃癌差异表达基因散在分布在各条染色体上,但以1、11、19号染色体差异表达基因居多。这5大类（酶和酶调控子、信号传导、核酸结合、转运子、蛋白结合）相关基因异常是今后研究胃癌的重要基因。