湖北海棠5A基因进化与表达分析

以水杨酸(SA)诱导的湖北海棠双链cDNA为模板,克隆湖北海棠5A基因并对其序列进行比对分析,用邻位法构建进化树;以根、茎、叶等器官的单链cDNA为模板、以半定量及NCBI数据库相关EST分析研究其5A基因的表达特性,以探讨湖北海棠真核生物蛋白翻译起始因子5A基因序列、表达及进化的相关信息.结果表明:(1)湖北海棠5A基因编码框长度为477个核苷酸,编码159个氨基酸,其序列与部分已报道的双子叶植物一致性达91％,与单子叶植物、细菌、古细菌、藻类一致性分别为96％、55％、70％、63％.(2)蛋白的三级结构显示湖北海棠5A蛋白与拟南芥5A蛋白也十分相似;基因进化分析显示湖北海棠5A基因沿着细菌、古细菌、藻类的进化路径,最后与月季聚在同一分枝中.(3)基因表达分析表明,湖北海棠5A基因不仅在根、茎、叶、花、果实、种子等器官中表达,而且在不同的发育时期和各种胁迫条件下表达,具有组成性表达的特点.     

16份石榴RAPD扩增产物的两种电泳方法检测及其序列特征

本实验以16个石榴品种为实验材料,筛选出10个重复性及多态性均较好的引物进行RAPD分析。分别采用琼脂糖凝胶以及聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳检测方法对PCR扩增结果进行检测并对其结果进行比较,结果显示,两种电泳方式均能得到较为清晰的扩增条带,且两种电泳方式获得的条带总数及多态性条带数均有所不同,琼脂糖凝胶电泳方法共检测出76条带,其中有43条为多态性谱带,多态性比率为56.4%;而在PAGE电泳方法共检测出123条谱带,多态性谱带数为87条,多态性比率为70.95%。PAGE电泳方法检测出的条带数约为琼脂糖凝胶电泳方法检测出条带数的1.5倍。基于两种电泳方法所得RAPD标记的多态性位点,利用NYSYS软件计算遗传相似系数,并构建遗传关系聚类图,分析结果显示,石榴遗传多样性丰富,两种电泳方法所得聚类结果大致相同,可以利用RAPD分子标记及两种电泳检测方法对不同数量的石榴进行分子水平的品种鉴定和遗传多样性的分析。同时通过对来自几个引物随机挑选的17个片段进行克隆,测序结果显示17个片段都是对应引物的RAPD扩增产物,其中有3条是编码蛋白的基因片段,表明了RAPD不仅扩增基因组上的非编码蛋白序列,同时也可以扩增编码蛋白的基因片段,这为更好地认识RAPD技术的实质以及促进石榴产业的发展提供了理论依据。     

磁珠富集法分离小黄李基因组微卫星DNA片段

将微卫星探针5′端生物素化后与链亲和素磁珠特异结合,用磁珠和探针的结合物与两端连接已知序列人工接头的中国李品种小黄李(Prunus salicinacv.Xiaohuangli)基因组DNA酶切片段杂交,以此杂交片段为模板用人工接头序列为引物进行PCR扩增,根据PCR产物测序结果设计引物作为微卫星DNA的标记引物.结果在随机挑选的36个克隆进行菌落PCR检测时,从31个阳性克隆中挑选18个克隆进行测序后获得了12条特异序列,设计的8对SSR引物均在5个中国李受试品种上获得了预期的扩增产物,其中4对引物在受试品种上表现出多态性.     

拟南芥叶绿体DNA全序列微卫星分布规律的分析

为进一步以拟南芥为模板,开发果树通用的叶绿体微卫星或称简单序列重复（chloroplast simple sequence repeat, cpSSR）引物,对拟南芥叶绿体DNA全序列cpSSR进行了统计分析.结果表明,拟南芥cpSSR以单碱基重复为主,占总数的78.6%,二碱基重复占总数的19%,三碱基重复占2.4%,三碱基以上重复为零.在单碱基重复中,又以A和T重复为主,占98.5%.二碱基重复全部为AT重复.单碱基重复中的纯粹重复41个,占总数的62.1%.间断重复数为23个,占总数的34.8%.复合重复数仅为2个.