乌龟线粒体全基因组序列和结构分析

龟鳖类同其它类群脊椎动物的系统进化关系一直存在争论。为进一步从分子水平上探讨这一问题,本文参照近源物种的线粒体基因组,设计了16对特异引物,采用PCR产物直接测序法测得了乌龟线粒体基因组全序列。结果表明:乌龟线粒体基因组序列全长16576bp,包括2个rRNA基因、22个tRNA基因、13个蛋白质编码基因和1个非编码控制区。乌龟线粒体基因组结构和基因排列顺序与其它龟鳖类相同,在“WANCY区”包含一个“stemloop”结构,ND3基因174位点存在一个额外插入的腺苷酸(A)。本文通过比较分析结构基因在主要脊椎动物类群中的排列顺序,探讨了龟鳖类与其它主要脊椎动物类群的系统进化关系     

中华鳖线粒体基因组序列分析

参照近源物种线粒体基因组序列,设计17对特异引物,采用PCR产物直接测序法测得中华鳖线粒体基因组全序列.初步分析其基因组特点和各基因的定位,用pDRAW32软件预测12种限制性酶对其的酶切图谱.结果表明,中华鳖线粒体基因组全长17364bp,核苷酸组成为35.23%A、27.26%T、25.73%C、11.78%G,包括13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因、22个tRNA基因和1个非编码控制区.基于线粒体基因组编码的13个蛋白质的氨基酸序列,用NJ法和MP法构建系统进化树,分析6种龟鳖类动物之间的亲缘关系,与传统的系统分类基本一致,初步确定淡水龟科与海龟科的亲缘关系比与龟科的亲缘关系要近.     

淡水龟科具闭壳结构龟类分类及系统进化研究进展

闭壳龟类是淡水龟科(Bataguridae)中一群具有"闭壳"结构的水栖或半水栖龟类的总称,即腹甲的腹盾和胸盾之间以可动的铰链韧带相连,使背甲和腹甲可以全部或部分闭合,它们是盒龟属(Cistoclemmys)、闭壳龟属(Cuo-ra)、锯缘龟属(Pyxidea)、齿缘龟属(Cyclemys)和果龟属(Notochelys),前4个属的龟类在中国均有分布。近几十年来,由于食用、传统中医药开发和宠物贸易的兴起,导致许多闭壳龟类野生物种数量急剧减少,并且当前许多亚洲闭壳龟的分类工作过多的依赖于市场购买的物种样本,这就使我们对闭壳龟属及种的归属划分变的较困难,因此对闭壳龟类物种种的界限的划分及属间系统发育关系的研究仍然是一个艰巨的挑战。通过对淡水龟科具有闭壳结构龟类的形态学研究,细胞遗传学研究以及分子系统学研究等进行了综述,以期为闭壳龟类的相关保护研究提供参考。     

基于线粒体Cyt b基因的全长序列探讨闭壳龟类的系统进化

采用PCR技术对淡水龟科具闭壳结构的黄缘盒龟、黄额盒龟、金头闭壳龟、潘氏闭壳龟、锯缘龟和白腹摄龟的线粒体Cytb基因的全长序列进行了PCR扩增和序列测定,并结合GenBank中16种淡水龟科物种的同源序列,进行了序列变异和系统发生分析。经C lustalX1.8软件对位排列后共有1154个位点,其中可变位点413个,简约信息位点301个;A＋T的平均含量（56.5%）高于G＋C（43.5%）。在氨基酸密码子中,第一位富含A,第二位富含T,第三位富含C;碱基转换/颠换率为5.97,碱基替换多发生在密码子第三位。以中华鳖和马来鳖为外群,通过最大简约法,最大似然法和贝叶斯法重建了分子系统树,均具有一致的拓扑结构,结果表明：金头闭壳龟和潘氏闭壳龟最先聚成一支,再和三线闭壳龟聚成一组,说明形态上相似的三种闭壳龟亲缘关系最近;闭壳龟属、盒龟属和单种锯缘龟属聚成一个单系的闭壳龟群,建议合并为闭壳龟属;齿缘龟属和果龟属聚为一支,它们与新的闭壳龟属关系较远,揭示闭壳结构的形成不是由一个共同祖先分化而来;乌龟属、花龟属和拟水龟属三属为并系起源,建议三属可以合并为一属。     

赤子爱胜蚓5个Dmrt基因的序列分析

本文采用简并PCR技术,扩增了赤子爱胜蚓Dmrt基因的DM结构域,经序列分析,获得了Dmrt基因家族的5个成员EfDmrt2、EfDmrt3、EfDmrt4a、EfDmrt4b、EfDmrt4c.与其他动物相关的Dmrt基因进行聚类分析,结果表明,不同进化地位动物的Dmrt基因DM域编码序列存在高度的同源性,显示Dmrt基因在系统进化上高度保守,序列上的相似性可能暗示它们在功能上的保守性.