家畜基因组选择研究进展

近年来,随着基因芯片技术的发展与育种技术的进步,动植物的基因组选择成为研究热点。在家畜育种中,基因组选择凭借其准确性高、世代间隔短和育种成本低等优势被应用于各种经济动物的种畜选择中。本文详细介绍了基因分型技术和基因组育种值估计方法(最小二乘法、RR-BLUP法、GBLUP法、ssGBLUP法、贝叶斯A法、贝叶斯B法等),并对这些育种方法选用的标记范围、准确性以及计算速度进行了比较,总结了我国和其他国家基因组选择在种畜选择中的应用情况及存在的问题,展望了目前国内外在基因组选择上的最新研究动态及进展,以期为其他育种工作者进一步了解基因组选择提供参考。     

Wnt通路中的部分基因在绒山羊胚胎皮肤毛囊中的表达分析

已知绒山羊毛囊的发育受Wnt等信号通路控制,但Wnt通路相关基因在绒山羊胚胎毛囊启动和生长发育过程中的表达及作用机制尚不清楚。本文采用RNA-Seq技术对45 d,55 d和65 d的绒山羊胚胎体侧皮肤进行了转录组测序,鉴定Wnt通路相关基因的表达。 RNA- Seq技术结合blast搜索,将转录组有效测序数据与云南黑山羊参考基因组序列(http://goat. kiz.ac. cn/GGD/download.htm)比对,获得了已知的Wnt通路（pathway hsa04310）中的123个相关基因（86.0%）。进而采用实时荧光定量PCR技术检测,验证了差异表达的Sfrp4、Wnt3、Wnt10a（上调）和Apc2（下调）基因在绒山羊胚胎不同时期皮肤中的表达量,初步探索了绒山羊毛囊在胚胎期启动、发育过程中,Wnt通路部分基因的表达模式,为进一步研究Wnt通路部分基因在绒山羊胚胎毛囊启动、发育过程中的作用机制提供了有意义的线索。     

山羊基因组研究进展

山羊基因组是山羊品种资源保护和利用的研究依据,对培育和改良山羊品种具有重要意义。目前,随着山羊参考基因组的不断完善,在山羊起源、进化和适应性等方面的研究取得了诸多重要成果。本文详细综述了山羊基因组研究进展,主要包括山羊基因组结构、山羊基因组图谱(遗传图谱、物理图谱和比较图谱)、山羊高通量测序和山羊SNP芯片的开发及利用,以期为开展山羊基因组选择(genome selection, GS)奠定理论基础。     

山羊基因组与遗传变异图谱研究进展

高通量测序技术和生物信息学的发展极大的促进了山羊分子生物学研究。山羊参考基因组的不断完善以及基因组重测序技术的应用,在全基因组水平上发现了大量的遗传变异信息(SNP、Indel和CNV),丰富了山羊分子群体遗传学研究利用的分子标记。综述了山羊参考基因组组装和全基因组变异图谱的构建及其在山羊上的研究进展,以期为进一步利用分子遗传标记进行山羊的各种性状的遗传基础研究和遗传资源保护利用提供科学依据和参考。     

皮肤毛囊发育的转录组研究进展

近年来,转录组测序技术在动物重要经济性状受复杂基因网络的调控研究领域取得了显著的成果。作为哺乳动物皮肤的衍生物,毛囊是唯一具有高度自我更新能力、独特的可再生器官,毛囊细胞经增殖分化最终形成毛发。已有的研究表明,诸多生长因子及其受体作为体内分泌协调基因的重要因素,对毛发的生长发育起着重要的调控作用。文章综述了近年来转录组测序技术在人、小鼠及羊等生物的皮肤毛囊发育和再生过程中基因调控方式的研究进展,旨在为今后人工干扰绒毛周期生长发育和分子育种提供理论依据,同时也为皮肤毛囊相关疾病的临床治疗提供新思路。     

Real-time PCR法检测日粮中添加小黑麦干酒糟对肉牛瘤胃Prevotella属菌数量的影响

通过在肉牛日粮中添加不同比例的小黑麦干酒糟及其可溶物(TDDGS),运用Real-time PCR方法检测在添加TDDGS后对3种瘤胃普雷沃菌(Prevotella ruminicola、Prevotella brevis和Prevotella bryantii)数量的影响。结果表明,TDDGS组(20%、25%和30%TDDGS)与对照组(CG)相比,瘤胃中P.ruminicola和P.brevis菌数量均有升高,且在20%TDDGS组的数量分别显著升高47倍(P0.05)和794倍(P0.05),而P.bryantii菌数量却有所降低,并且在20%TDDGS组的数量显著降低5倍(P0.05);另一方面,TDDGS组间相比,除了P.ruminicola菌数量在20%和30%TDDGS组间存在显著差异,其余TDDGS组间的3种菌数量差异均不显著。结论是在肉牛日粮中添加20%TDDGS对3种瘤胃普雷沃菌数量都产生了显著影响,3种菌在TDDGS组间的数量变化差异不明显。     

全基因组测序在重要家畜上的研究进展

全基因组测序研究主要包括通过不同测序技术和组装比对方法,获得某物种的全基因组序列图谱,及在此基础上构建物种全基因组遗传变异图谱进行个体或群体遗传多样性、选择信号或起源进化等方面的研究。利用单核苷酸多态性(SNP)、插入和缺失(Indel)和拷贝数变异(CNV)等遗传变异作为分子标记,全基因组测序研究已经在家畜起源进化、驯化、适应性机制、重要经济性状候选基因、群体历史动态等方面取得了许多重要的研究成果。本文主要对近几年全基因组测序在常见家畜(猪、马、牛、羊等及其近缘物种)的取得的重要研究成果进行了综述,并讨论了全基因组测序的优势、缺点及在生产中意义。此外,对基因组测序研究的未来发展进行了归纳及展望,以期为今后家畜重要经济性状的功能基因定位和物种起源、驯化研究提供参考。     

MicroRNA对皮肤毛囊发育的调控机制

MicroRNA是参与转录后水平表达调控的重要因子, 在病理上成为药物作用的潜在靶点, 在生理上成为表型调控的潜在位点。目前, 对于microRNA的功能已有一定了解, 但其在皮肤毛囊发育中的作用机制还不完全清楚。近年来, 高通量测序技术为microRNA的鉴定提供了更准确、快速的途径, 研究发现一些microRNA能够影响皮肤毛囊细胞的分化和增殖, 其相关靶基因在调控毛囊周期性生长的过程中充当重要角色。文章综述了近年来microRNA在皮肤毛囊生长发育调控机制研究领域所取得的成果, 以期为后续开展绒山羊毛囊生长相关microRNA作用机制研究提供借鉴。