烟草T-phylloplanin基因编码蛋白结构与功能的生物信息分析

利用美国国家生物技术信息中心(NCBI)网站所提供的相关信息,分析T-phylloplanin基因编码蛋白。该基因全长861hp,有一个完整的330hp的开放读框,编码110个氨基酸。该基因编码蛋白分子量为11.31kD,理论等电点为7.74。其氨基酸残基的不同区域分布有多N-糖基化位点、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点和N-肉豆蔻酰化位点,还有一个跨膜信号肽。T-phylloplanin基因编码蛋白与烟草叶片短柄腺毛分泌的抗性蛋白具有高度的同源性(93%),显示它在烟草抗性系统研究中有潜在价值。     

烟草烟酰胺酶基因的克隆及序列分析

烟酰胺酶是烟草中烟碱合成途径中的关键酶之一.在植物中,通过烟酰胺酶的催化作用,烟酰胺转化成烟酸,烟酸是合成烟碱的一个重要底物.从烤烟品种南江3号(Nicotiana tobacum cv.Nanjiang-3)均一化全长cDNA文库中克隆获得烟草烟酰胺酶基因cDNA全长序列(命名为T-nic1),GenBank中的登录号为HQ448853,该基因全长为841 bp.利用ORF finder和ProtParam软件分析显示,它包含一个完整的开放读码框,编码一个含有162个氨基酸、等电点为4.94、分子量为18.2 kD的小分子量蛋白.Blast搜索结果及进化分析结果表明,该基因编码的蛋白与毛果芍药、拟南芥中的烟酰胺酶序列具有较高的同源性,其氨基酸序列一致性分别为71%、67%.     

烤烟SNARE蛋白基因T-NTGP2全长cDNA克隆与生物信息学分析

从烤烟品种南江3号(Nicotiana tobacum cv.Nanjiang-3)均一化cDNA文库中克隆获得一个SNARE蛋白同源性较高的cDNA全长序列,命名为T-NTGP2,GenBank中的登录号为HO663897.利用ORF finder和ProtParam软件分析显示,它包含一个长度为597 bp的完整开放读码框,编码一个含有199个氨基酸、等电点为6.96、分子量为22.59 kD的蛋白.Blast搜索结果及进化分析结果表明,烤烟T-NTGP2基因编码的蛋白与烤烟、杨树和蓖麻的Ykt6蛋白具有较高的同源性,其一致性分别为99％、91％和91％.该基因编码的蛋白具有一个典型的VAMP基元,同源分析表明该蛋白属于SNAREs中特殊longins中的Ykt6蛋白.     

烤烟品种南江3号均一化全长cDNA文库构建

目的:为了获得功能基因的信息,构建烤烟品种南江3号的均一化cDNA文库.方法:用RNeasy Plant Mini Kit提取烤烟南江3号叶片和花的RNA,用反转录酶逆转录合成第一链eDNA.以LD-PCR扩增获得的双链cDNA为模板,采用基于双链特异性核酸酶(Duplex-Specific Nuclease,DSN)的均一化cDNA文库技术,构建南江3号盛花期的均一化cDNA文库.结果:构建了南江3号盛花期的均一化cDNA文库,文库重组率大为97.47%,库容量约为1.26×10<'6>,插入片段平均长度大于1.2kb.从文库中随机48个克隆进行PCR检测,挑取20个克隆进行测序,序列通过BLAST比对结果显示文库可能包含大量基因和ESTs序列.结论:该文库为研究南江3号的基因功能和资源提供材料来源.     

烟草ESTs资源的SSR信息分析

烟草ESTs数量迅速增加为开发新的SSR标记提供了宝贵的资源.经过软件分析,对242 683条烟草ESTs序列剔除冗余序列,在211 728条非冗余烟草ESTs序列中,共检索出9 339个SSR,SSR之间的距离约为14.21 kb,检出率为4.41%,包括216种重复基元.其中三核苷酸重复类型的SSR占主导地位,占总SSR的50.34%,其次为二核苷酸和单核苷酸,分别为23.00%,16.48%,其余重复类型所占比例均不足5%.在所有重复基元中,A/T重复为主要类型,占所有重复14.68%,其次为AT/TA、AG/TC、AAG/TTC,分别为10.49%、9.48%、6.85%.随机设计10对EST-SSR引物,对6个品种烟草进行扩增,10对EST-SSR引物均能扩增出产物,其中1对引物在6个品种有多态性.本研究为烟草EST-SSR标记的建立和进一步应用奠定了基础.