从蛇腹中逃生的人

——1948年江苏溧阳“被巨蟒吞下腹中后破腹而出的捕蛇人——史金保”的自述四十余年前,我正是一个二十几岁的棒小伙,一个秋天的清晨     

上海市某三甲医院幽门螺杆菌耐药性和毒力与其生物膜形成能力的相关性研究

为探讨复旦大学附属华东医院(以下简称本院)分离培养的幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H. pylori)的耐药性、毒力和感染特征与其生物膜形成能力的相关性,收集2014年12月-2015年6月于本院消化内镜中心的胃活检组织标本及相应临床病例资料,分离培养获得幽门螺杆菌,分析菌株的耐药性、毒力基因型、临床病例特征。结果显示,从胃活检组织样本中共分离培养28株幽门螺杆菌,对左氧氟沙星(levofloxacin,LEV)、甲硝唑(metronidazole,MTZ)和克拉霉素(clarithromycin,CLA)的耐药率分别为32%、75%和11%,未发现阿莫西林(amoxicillin,AMX)耐药。单一药物耐药17株(17/28,61%),双重耐药10株(10/28,36%)。毒力基因cagA、oipA和vacAs1检出率为100%,未检出vacAs2。基因型vacAs1m1占39%(11/28),vacAs1m2占61%(17/28);iceA1占54%(15/28),iceA2占21%(6/28),iceA1A2占25%(7/28);dupA^＋占36%(10/28)。28株菌株均能形成生物膜,但能力不尽相同。单因素及独立样本t检验分析显示,45～59岁、iceA1^＋dupA^－基因型和甲硝唑敏感菌株形成生物膜的能力较强。结果提示,本院分离的幽门螺杆菌对甲硝唑耐药率最高,双重耐药不容忽视。菌株主要毒力基因型为cagA、oipA、vacAs1m2。幽门螺杆菌的生物膜形成能力与患者年龄有关,45～59岁组较强;携带毒力基因iceA1的菌株生物膜形成能力强;dupA基因型及甲硝唑耐药与菌株生物膜形成呈负相关。     

外环境压力对福氏志贺菌荚膜异多糖酸合成调节子转录的影响

荚膜异多糖酸合成调节子(regulator of colanic acid capsule synthesis,Rcs)对大肠埃希菌适应外环境压力具有重要调控功能,但其在志贺菌中的功能尚未见报道。为探索外环境压力对福氏志贺菌Rcs编码基因rcs转录水平的影响,本研究采用核苷酸序列比对及蛋白结构域预测等生物信息学方法分析福氏志贺菌的Rcs编码基因簇rcsBDC,利用实时定量聚合酶链反应(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR),对该菌不同生长时期的rcsB、rcsD、rcsC基因转录水平进行分析,并检测在不同pH值培养基、渗透压条件下的基因转录水平。结果显示,福氏志贺菌rcsBDC在培养5～6 h(对数中期)时转录水平较高,8～10 h(稳定期)时转录水平较低(P<0.001);10 h时,rcsB和rcsD在酸性、渗透压条件下的转录水平均显著高于正常条件下的转录水平(P<0.05)。结果提示,外环境刺激可提高福氏志贺菌在稳定期的rcsB和rcsD转录水平,为志贺菌适应胃肠道酸性、渗透压环境的机制研究提供了一定理论基础。     

表皮葡萄球菌 YycG单克隆抗体抗生物膜活性的研究

YycFG双组分信号转导系统调控葡萄球菌细胞壁合成、代谢及生物膜形成,PAS是组氨酸激酶YycG的胞外信号感应区域。本研究针对胞外PAS区域制备抗YycG‐PAS单克隆抗体（YycG‐PAS MAb ）。免疫鉴定结果表明,YycG‐PAS MAb可与重组YycG‐PAS蛋白和表皮葡萄球菌菌体 YycG蛋白结合,属于IgG2a亚型,效价为log 215。YycG‐PAS MAb（80μg／ml）与表皮葡萄球菌 RP62A菌株共培养24 h ,对细菌生物膜形成的抑制率达46．5％,与 mIgG （80μg／mL ）组相比有显著差异（ P＜0．05）。YycG‐PAS MAb （80μg／ml）与低浓度万古霉素（1μg／ml）联用可增强对24 h细菌生物膜的抑制作用,抑制率由57．6％提高至93．0％（P＜0．01）。YycG‐PAS MAb对浮游状态表皮葡萄球菌的生长及存活无显著影响。本研究为YycG‐PAS MAb在抗生物膜感染中的潜在应用价值奠定了一定基础。     

启动子替代构建糙皮侧耳漆酶高产菌株

POXC是糙皮侧耳合成最多的一种漆酶。应用启动子替代技术,用构巢曲霉的甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因（gpd）启动子替代POXC基因的启动子,构建了超量表达POXC糙皮侧耳转化子。转化子中POXC基因表达量比出发菌株提高了0.72–3倍。在PDA平板培养、PD摇瓶培养和棉籽壳试管培养条件下,转化子漆酶活力显著提高,比出发菌株提高了1.5倍以上。用棉籽壳栽培,转化子菇产量比出发菌株提高了16.2%,培养料中木质素含量比出发菌株减少21%。结果表明,应用高效启动子替代能够显著提高糙皮侧耳漆酶基因的表达量、漆酶活力及其木质纤维素降解能力。     

紫花苜蓿UV-B光受体基因MsUVR8的克隆及功能研究北大核心CSCD

该研究采用RACE扩增技术克隆了一个紫花苜蓿UV-B光受体基因(MsUVR8),在生物信息学分析基础上,采用农杆菌介导法获得了该基因过表达愈伤组织,并对UV-B辐射处理后MsUVR8过表达愈伤组织及其野生型中的类黄酮、黄酮醇、花青素、过氧化氢(H_(2)O_(2))、超氧阴离子(O_(2)^(-·))含量以及UV-B信号通路相关基因的表达进行检测分析,以探讨MsUVR8基因的生物学功能,为揭示植物响应UV-B胁迫的分子机制奠定理论基础。结果表明:(1)成功克隆获得紫花苜蓿MsUVR8基因CDS序列834 bp,且MsUVR8与蒺藜苜蓿MtUVR8基因序列相似度高达95%以上;MsUVR8蛋白形成了不完整的β-折叠结构,系统发育分析显示其与鹰嘴豆属于同一分支。(2)对MsUVR8过表达系检测发现,紫花苜蓿MsUVR8过表达愈伤组织(UVR8-OE)中类黄酮含量较野生型愈伤组织(WT)明显升高,而且经UV-B辐射后的UVR8-OE类黄酮物质含量较WT进一步显著升高。(3)DPBA荧光标记实验发现,UV-B辐射大大促进了细胞中黄酮醇的合成,且UV-B辐射后的UVR8-OE中黄酮醇含量最高。(4)DAB和NBT染色显示,UV-B处理后WT中活性氧(H_(2)O_(2)和O_(2)^(-·))的积累增加,而在UV-B辐射处理与未处理的UVR8-OE中H_(2)O_(2)和O_(2)^(-·)的积累无明显差异,表明MsUVR8可增强植物组织细胞的抗氧化性能,并可降低UV-B胁迫引起的氧化损伤。(5)UV-B辐照后,WT中PAL、CHS和FLS表达被激活而显著提高,UVR8-OE中的4种基因表达均达到最大,且较其他3个处理组均显著增强。研究认为,紫花苜蓿MsUVR8被UV-B激活后,促进了类黄酮合成相关基因的表达,并激活了类黄酮合成关键酶的活性,从而提高了类黄酮物质的合成效率,增强了UV-B胁迫条件下植物愈伤组织的抗氧化能力。     

苹果MAX1基因的克隆和表达及启动子分析

MAX1(MORE AXILLARY GROWTH1)是独脚金内酯(Strigolactones,SLs)合成途径中的关键基因,为了研究MAX1在苹果分枝调控中的功能,以苹果‘长富2号’(Malus domestica‘Nagafu 2’)腋芽为材料,采用PCR方法,克隆MdMAX1基因,进行生物信息学和表达水平分析;采用瞬时表达转化烟草,进行GUS染色,分析MdMAX1启动子活性。结果表明:(1)成功克隆得到苹果MAX1,其开放阅读框(ORF)1620 bp,编码539个氨基酸;系统进化和基序分析表明,MdMAX1和已知的A1型MAX1相似。(2)qRT-PCR分析表明,MAX1基因在‘长富2号’嫁接苗茎中高表达,并在腋芽本身有表达;RNA-seq分析表明,细胞分裂素(6-BA)处理苹果腋芽96 h后MAX1基因的表达水平显著降低。(3)成功克隆获得‘长富2号’MAX1启动子序列片段(1500 bp),顺式作用元件预测显示MdMAX1启动子序列中存在光响应元件,GUS活性分析表明光照处理能够减弱MAX1启动子的活性。该研究为进一步研究苹果MAX1参与SLs合成、调控苹果分枝的功能奠定了基础。     

NRSE 与 NRSF 及其对神经元特异性基因表达的调控作用

神经限制性沉默元件 (NRSE) 是一段长度为 21~23 bp 的保守 DNA 序列,存在于许多神经元特异表达基因的转录调控区中,神经限制性沉默因子 (NRSF) 能特异性结合到 NRSE dsDNA 上,并通过其 N 端和 C 端阻遏结构域分别连接共阻遏蛋白 Sin3A/B 和 CoREST , Sin3A 招募 HDAC 对组蛋白进行去乙酰基化修饰, CoREST 则作为平台蛋白招募特异的“沉默组件”,以此维持基因沉默 . 最近的研究显示, NRSE dsRNA 能在转录水平与 NRSF 蛋白直接作用,而不是作为 siRNA 或 miRNA 在转录后水平启动神经元特异性基因的表达 .     

白花鬼针草入侵对植物群落结构及物种多样性的影响

【目的】阐明白花鬼针草入侵对植物群落组成及物种多样性的影响。【方法】调查广东茂名有白花鬼针草入侵(试验样方)和无白花鬼针草生长(对照样方)的植物群落中植物的种类、盖度、高度和密度,计算不同植物重要值及物种多样性指数,通过皮尔逊相关系数及拟合曲线展现白花鬼针草种群特征与其重要值及物种多样性的关系。【结果】白花鬼针草入侵后植物群落的组成和结构显著改变,由对照样方的104种减少到试验样方的63种,双穗雀稗、白花蛇舌草、香膏萼距花等物种消失,胜红蓟、阔叶丰花草、假臭草等恶性杂草的重要值降低,而马唐、薇甘菊、空心莲子草等物种重要值升高。白花鬼针草入侵降低了物种多样性,试验样方的Patrick丰富度指数(R)、Simpson多样性指数(D)和Shannon-Wiener多样性指数(H)均低于对照样方;白花鬼针草的重要值与以上多样性指数(H、D)和丰富度指数(R)呈显著负相关(P<0.001)。【结论】白花鬼针草入侵减少了物种多样性,并形成单一优势种群群落,对植物群落产生了负效应,对生态环境造成了极大的威胁。     

表皮葡萄球菌PhoU同源物(SERP0316)的抗体制备及免疫鉴定

表皮葡萄球菌可在植入性医疗材料表面形成生物膜,对多种抗生素耐受,而持留菌的形成是导致细菌生物膜耐药的原因之一。研究发现,大肠埃希菌中PhoU可影响持留菌的形成,与细菌对多种抗生素及压力条件的耐受相关,但表皮葡萄球菌中PhoU的功能仍不清楚。生物信息学分析显示,在表皮葡萄球菌中存在2个phoU同源基因,其中serp0956位于pst操纵子中,命名为phoU1;另一个编码功能未知蛋白的phoU基因同源物(serp0316)命名为phoU2。前期研究显示,敲除phoU1并不影响表皮葡萄球菌生长、生物膜形成等生物学特性,为此本研究对PhoU2进行了初步探讨。利用实时荧光定量反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测phoU2基因在表皮葡萄球菌SE1457不同生长时期的转录水平,发现其在细菌生长不同时间点持续表达,其中对数期(6h)表达量相对较高。为进一步研究表皮葡萄球菌中PhoU2的表达情况,对PhoU2蛋白进行原核表达和纯化,并用纯化的重组PhoU2蛋白免疫小鼠制备PhoU2多克隆抗体。在此基础上,利用蛋白免疫印迹法检测PhoU2在SE1457菌株不同生长时间点的表达水平,结果显示PhoU2在细菌生长对数期和平台期均有表达。另外,在不同的表皮葡萄球菌临床分离株中均检测到PhoU2蛋白表达,表明PhoU2具有一定的保守性。以上研究提示,PhoU2可能作为PhoU的功能同源物发挥一定的作用,为进一步研究表皮葡萄球菌PhoU2的生物学功能及其在生物膜和持留菌形成中的作用奠定了基础。