乳腺增生组织蛋白质组的凝胶内差异显示电泳分析 `

目的：建立具有高分辨率和稳定性的乳腺增生组织蛋白质组的双向电泳图谱,并对其进行差异蛋白质组分析。方法：取乳腺增生病患者增生部位及正常部位乳腺组织,匀浆提取乳腺组织总蛋白,分别用Cy3或Cy5标记,每一对Cy3和Cy5标记样品都与一个Cy2标记的内标等量混合,上样于同一胶中进行电泳分离,经不同光激发下扫描得到不同样品的蛋白质组图谱。所获得的图谱经DeCyder软件进行分析。结果：在乳腺增生病增生的组织中,有12个蛋白质表达水平显著增加,另外3个蛋白质表达水平显著下降。结论：利用DIGE技术可以作胶内时比分析,也可以根据内标消除胶与胶之间的差异,提高统计的可信度;分析所得的15个差异蛋白质可能与乳腺增生疾病的发生与发展有关。     

基于图形硬件加速的生物序列比对算法研究

生物序列比对是生物信息学的基础,是当今功能基因组学研究中最常用、最重要的研究方法之一。本文对各类序列比对算法优缺点进行分析,对图形硬件的优势进行挖掘。在此基础上,将各类序列比对算法中准确性最高的动态规划算法予以实现,并将其映射到图形硬件上,以实现算法加速。通过实例进行性能评测,结果表明该加速算法在保证比对准确性的同时,能较大地提高比对速度。