基于双聚类挖掘癌症共享的基因功能模块

基因多效性是癌症遗传机制中的普遍现象, 但罕见系统性的分析。文章提出采用双聚类挖掘基因功能模块的新思路探索癌症的共享分子机制和不同癌症间的关系。获取20种癌症的基因表达数据, 应用改良t检验和倍数法筛选出至少在两种癌症中差异表达的基因, 得到10417×20的数据矩阵; 采用双聚类方法获得22个癌症共享的基因簇; 进一步富集分析得到17个基因功能模块(Bonferroni校正后P<0.05), 主要参与有丝分裂染色单体分离的调控、细胞分化、免疫和炎症反应、胶原纤维组织等生物过程; 主要执行ATP结合和微管活动、MHCⅡ类受体活性、肽链内切酶抑制活性等分子功能; 活动区域主要在细胞骨架、染色体、MHCⅡ蛋白质复合体、中间丝蛋白、胶原纤维等。基于模块构建癌症相关网络, 显示胃癌、卵巢腺癌、宫颈鳞癌和间皮瘤等之间相关程度较高, 而两种血液系统癌症(急性髓细胞性白血病与多发性骨髓瘤)分子机制与其他癌症存在较大差异。可见癌症共享的基因功能模块与多种生物机制有关, 癌症之间相似性可能与组织起源、共同的致癌机制等有关。文章提出的基因多效性分析方法有助于解释人类复杂性疾病的共享分子机制。     

TSA对非小细胞肺癌A549细胞放疗增敏性的研究

目的:探讨组蛋白去乙酰化酶抑制剂(HDIs)trichostatinA(TSA)对非小细胞肺癌(NSCLC)A549细胞放疗敏感性的影响.方法:以5Gy γ-射线照射细胞,或同时以TSA处理细胞.采用MTT法检测细胞存活率,Armexin V-PI染色检测细胞凋亡,流式细胞仪检测caspase-3活性.结果:SGy γ-射线可轻度降低细胞存活率,仅有少量细胞发生凋亡,但同时以TSA和γ-射线处理细胞,细胞存活率明显下降,凋亡细胞显著增多,且明显提高活化的caspase-3水平.结论:TSA通过促进caspase-3激活增强A549细胞对γ-射线的敏感性.     

曲古霉素A诱导人膀胱癌细胞周期阻滞和凋亡的研究

目的:探讨组蛋白去乙酰化酶抑制剂曲古霉素A(TSA)对人膀胱癌T24细胞周期和凋亡的影响。方法:以不同剂量TSA(0.1μM,0.3μM和1μM)处理T24细胞。采用MTT法检测细胞存活率,AnnexinV-PI染色检测细胞凋亡,流式细胞仪检测caspase-3活性,Western blot法检测P21蛋白表达。结果:TSA剂量依赖性降低膀胱癌细胞存活率,促进细胞凋亡,表现为AnnexinV阳性细胞明显增多,同时活化的caspase-3水平增高。TSA还可通过诱导膀胱癌细胞周期阻滞于G2/M期抑制细胞生长,且呈剂量依赖性。结论:TSA通过促进caspase-3激活诱导膀胱癌细胞凋亡,同时诱导细胞阻滞于G2/M期。     

基于线粒体基因组的白甲鱼属分子系统发育学研究（英文）

从基本形态上分类,白甲鱼属(Onychostoma)隶属鲤形目(Cypriniformes)、鲤科(Cyprinidae)、鲃亚科(Barbinae),其中包含19个种。然而,白甲鱼属内的分子系统发育学关系并不是很清楚。基于整个线粒体基因组序列,以斑马鱼(Danio rerio)和倒刺鲃(Spinibarbus denticulatus)为外类群,分析了8种白甲鱼属的分子系统发育学关系。结果表明,白甲鱼属内的8个物种不是1个单类群,其中包括3个分支:多鳞白甲鱼(Onychostoma macrolepis)、小口白甲鱼(Onychostoma lini)、粗须白甲鱼(Onychostoma barbatum)和台湾白甲鱼(Onychostoma barbatulum)为一个分支,南方白甲鱼(Onychostoma gerlachi)和白甲鱼(Onychostoma simum)一个分支,稀有白甲鱼(Onychostoma rara)和高身白甲鱼(Onychostoma alticorpus)为一个分支。研究结果和传统的形态学分类学结果大致一样,均分为3个分支。研究使用线粒体全基因组进行白甲鱼属系统发育学研究,为白甲鱼属的系统发育学填补相关方面空白。