丙型肝炎病毒基因分型及core蛋白区的分子演化分析

目前有多种方法对丙型肝炎病毒进行基因分型,但尚无一个“金标准”．为确定丙型肝炎病毒基因分型的最佳区域,从GenBank中筛选出15条对各成熟肽区域有注释,来源于不同国家地区的丙型肝炎病毒全基因组序列,分别对5′UTR区、core区、E1区、E2区及NS5B区建系统进化树．结果发现,以5′UTR区建树基因分型不完全正确,而以core区、E1区、E2区及NS5B区建树,基因分型均完全正确,但同一基因型间的核苷酸演化距离存在差异．计算5条1a型序列的core区、E1区、E2区、NS5B区的核苷酸演化距离并和全基因组序列核苷酸演化距离比较,结果发现,NS5B蛋白区基因分型最能反映病毒株间的演化关系．同时分析各序列的core区的分子演化,为发明针对core区的新的PCR-RFLP基因分型方法提供新思路．     

用生物信息学方法确定丙型肝炎病毒基因分型的最佳区域

从Genbank中筛选出15条对各成熟肽区域有分别对5'UTR区,core区,E1区,E2区及NS5B区建系统进化树.结果发现以5'UTR区建树,基因分型不完全正确而以core区、E1区、E2区及NS5B区建树,基因分型均完全正确,但同一基因型间的核苷酸演化距离存在差异.计算5条1a型序列的core区、E1区、E2区、NS5B区的核苷酸演化距离并和全基因组序列核苷酸演化距离比较.结果发现NS5B蛋白区基因分型最能反映病毒株的演化关系.用生物信息学方法,比较丙型肝炎病毒的5个常用的基因分型区域,确定NS5B区为丙型肝炎病毒基因分型的最佳区域.     

基于序列分析的天蚕素A串连融合表达载体的构建

天蚕素A(Cecropin A,CA)是来源于惜古比天蚕(Hyalophoracecropia)的含有37个氨基酸的抗菌肽,在非极性环境中形成α螺旋型结构,具有抗菌活性强、抗菌谱广等特点。为降低天蚕素A对宿主的毒性及提高其表达丰度和稳定性,在序列分析的基础上设计了3条天蚕素A氨基酸序列,分别为CA19、CA36和CA210。根据大肠杆菌密码子的偏爱性分别合成相应的3对寡核苷酸链,并通过重叠PCR方法合成成熟肽CA。将含有CA19、CA36、CA210和CA1～5个拷贝基因的质粒转化大肠杆菌BL21(DE3)和BLR(DE3)PlysS,成功构建了串连融合表达载体,为下一步的抗菌活性及免疫表位的分析打下基础。