CTNNBIP1和ICMT基因共表达在膀胱尿路上皮癌中作用和功能分析

为了研究CTNNBIP1和ICMT基因共表达在膀胱尿路上皮癌中的作用及对患者预后的诊断价值,本研究选取癌症基因组图谱(TCGA)数据库中412例膀胱尿路上皮癌数据资料,利用cBioPortal数据库对膀胱尿路上皮癌CTNNBIP1基因、ICMT基因及其共表达基因作生存分析,将Pearson和Spearman相关系数均大于0.3的基因定义为中等程度以上共表达相关的基因。通过String数据库获取这些基因共表达的互作关系组。采用DAVID数据库、GO数据库、KEGG数据库分别对其进行信号通路和功能分析,生物学过程聚类分析,信号通路聚类分析。结果显示:TCGA数据库中的膀胱尿路上皮癌患者CTNNBIP1和ICMT存在共表达(Pearson相关系数=0.46和Spearman相关系数=0.47)。String数据库显示基因共表达有38组具有互作关系。KEGG数据库显示CTNNBIP1-ICMT基因共表达所富集的信号通路集中在细胞周期(p<0.05)。DAVID数据库分析其功能主要为调节细胞生长和有丝分裂、负性调控Wnt信号通路、蛋白激酶结合等。生存分析证实CTNNBIPI1和ICMT基因共表达与患者总生存率显著相关(p=0.002 72),CTNNBIPI1和ICMT共表达阳性患者的预后最差。由此得出结论:CTNNBIP1和ICMT在膀胱尿路上皮癌中存在共表达,对CTNNBIP1-ICMT基因共表达网络和生物信息学分析,可找到其在膀胱尿路上皮癌中的作用及信号通路,为深入研究膀胱尿路上皮癌的发病机制提供了理论基础,可提高膀胱尿路上皮癌患者的预后。     

基于生态位模型预测野生油茶的潜在分布

油茶(Camellia oleifera)是我国第一大木本油料作物, 野生油茶是油茶育种的宝贵遗传资源。本研究从中国数字植物标本馆(CVH, http://www.cvh.org.cn/)获得可靠的野生油茶分布点数据, 结合气象和土壤数据, 分别应用最大熵(MaxEnt)模型和规则集遗传算法(GARP)模型构建了野生油茶的生态位模型, 预测了野生油茶的潜在分布区, 并分析了影响野生油茶分布的主要环境变量。根据生态位模型预测的分布概率值, 对野生油茶的潜在分布区划分适生等级, 并与主要油茶产地的实际分布数据进行比较, 以验证适生等级划分的可靠性。结果表明, 两种模型的预测结果均能较好地反映油茶的分布情况。GARP模型预测的潜在分布区更广, 而MaxEnt模型的预测结果更精确。两种模型的预测结果均显示, 野生油茶的潜在分布区大部分位于中国, 但在中南半岛也有部分分布。MaxEnt模型预测的野生油茶在中国的潜在分布区与我国亚热带常绿阔叶林的分布区基本吻合, 高适生区主要可以分为3大区域: (1)东北-西南走向的武夷山脉及附近的群山区域; (2)东西走向的南岭山脉及附近的群山区域; (3)东北-西南走向的武陵山脉及附近的群山区域。MaxEnt模型分析显示, 影响野生油茶分布的主要环境变量是昼夜温差月均值、最干季降水量与最暖季降水量。油茶生长面积较大的地区绝大部分都位于MaxEnt模型预测的中、高适生区, 说明适生等级的划分较可靠。实地考察显示, 生态位模型的预测结果对于寻找野生油茶资源具有较高的参考价值。此外, 本研究也充分显示, 利用中国数字植物标本馆的植物分布数据, 结合相应的环境数据构建生态位模型, 有助于了解作物野生近缘种的地理分布。     

广西蕨类植物新记录(Ⅱ)

该文报道了广西蕨类植物新记录7种,即蕨萁(Botrychium virginianum)、澜沧凤了蕨(Coniogramme serrulata)、筱英凤尾蕨(Pteris xiaoyingae)、卵果双盖蕨(Diplazium ovatum)、厚叶实蕨(Bolbitis hainanensis)、河口实蕨(B.hekouensis)和粗齿鳞毛蕨(Dryopteris juxtaposita),并列出了这些种的标本引证和地理分布。     

广西兰科植物新记录

该文报道了广西兰科植物6个新记录物种,即日本对叶兰[Neottia japonica(Blume)Szlachetko]、吉氏羊耳蒜(Liparis tsii H.Z.TianA.Q.Hu)、小羊耳蒜(L.fargesii Finet)、条裂鸢尾兰(Oberonia jenkinsiana Lindley)、果香兰(Cymbidium suavissimum C.Curtis)和大花斑叶兰[Goodyera biflora(Lindley)J.D.Hooker],分别描述了每个物种的分类学特征,提供了相关的引证标本及地理分布信息,并附有彩色照片以供识别。