水稻中介导基因沉默相关microRNA的SNP分析

miRNA是重要的调节因子,在植物的生长发育和抗逆等过程中扮演不可替代的角色。和miRNA介导的基因沉默相关的单核苷酸多态性(SNP)可能和植物生长发育和农艺性状密切相关。为进一步了解在miRNA和其靶基因上的进化压力以及SNP如何通过影响miRNA和靶基因对的互补模式从而影响miRNA相关的性状,我们利用3000份水稻基因组数据分析了编码miRNA的基因进行全基因组SNP,发现premiRNA上SNP的密度比基因间隔区低平均4%,比外显子区域低平均8%。对比成熟的保守miRNA和非保守miRNA发现,两者各位点上SNP分布的趋势并不相同,暗示了两者各位点上的进化压力存在差异;通过比较成熟的保守miRNA和其相应的靶基因结合位点,则发现它们之间SNP分布有相关性,说明miRNA和相应靶基因结合位点存在共同进化。另外,我们找到了两个靶基因OsARF13和Os MADS27的miRNA结合位点上携带有两个可能对miRNA介导的调节产生重要影响的SNP。该项研究从全基因组水平揭示miRNA和靶基因存在SNP,可能加深甚我们对miRNA介导的基因沉默机理的理解。