相似性比对预测蛋白质亚细胞区间

【目的】对蛋白质所属的亚细胞区间进行预测,为进一步研究蛋白质的生物学功能提供基础。【方法】以蛋白质序列的氨基酸组成、二肽、伪氨基酸组成作为序列特征,用BLAST比对改进K最近邻分类算法(K-nearest neighbor,KNN)实现蛋白序列所属亚细胞区间预测。【结果】在Jackknife检验下,数据集CH317三种特征的成功率分别为91.5%、91.5%和89.3%,数据集ZD98成功率分别为93.9%、92.9%和89.8%。【结论】BLAST比对改进KNN算法是预测蛋白质亚细胞区间的一种有效方法。