蛋白质结构成对比较的新方法

介绍一种蛋白质三维结构的快速比较方法.此方法毋需初始联配,而能自动寻找和智能迭代.利用本程序对珠蛋白、丝氨酸蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶、钙结合蛋白和溶菌酶作了系统的结构比较,取得了满意的结果.本文也讨论了衡量联配结果好坏的要素问题.     

基于结构比较的蛋白质模建系统及其评估：Ⅲ．灵敏的蛋白质结构评估方法

本文按二级结构、疏水性和侧链氢键把蛋白质的局部结构环境划分为６４类,按环境依赖的残基替代频数表构成残基与环境的兼容性分数表,可用来评估一个蛋白质的整体折叠正确与否和检测蛋白质折叠的局部错误。与著名的商品软件Ｐｒｏｆｉｌｅ－３Ｄ相比,此方法不仅能对整体折叠作出合理判断,而且对局部错误的检测更为灵敏。它已成为我们的蛋白质结构模建系统ＰＭＯＤＥＬＩＮＧ的重要模块。     

基于结构比较的蛋白质模建系统及其评估：Ⅲ.灵敏的蛋…

本文按二级结构、疏水性和侧链氢链把蛋白质的局部结构环境划分为６４类,按环境依赖的残基替代频数表构成残基与环境的兼容性分数表,可用来评估一个蛋白质的整体折叠正确与否和检测蛋白质折叠的局部错误。     

基于结构比较的蛋白质模建系统及其评估

对蛋白质三维结构的同源模建的所有关键模块作了详细研究后,现已整合成蛋白质结构模建的软件系统ＰＭＯＤＥＬＬＩＮＧ。它分主链模建和侧链安装两部分,共七个模块组成。经１１族同源蛋白的模建实验的回顾性检表明,与目前流行的商品软件相比,具有操作自动化,模建精度高和运行时间少的优点。文中还对蝮蛇蛇毒磷酯酶,细胞因子受体ＣＤ４０的配体ｇｐ３９,小鼠巨细胞蛋白酶和人白介素１３等至今未知结构的蛋白作了预测性模建。     

一种快速和优质的蛋白质结构刚体叠加方法

统计了１１０族同源蛋白质的多重结构联配结果,得到了局部环境依赖的氨基酸相似分数表。按此表可实施快速和优质的蛋白质结构刚性叠加,用于蛋白质工程。跟目前最好的遗传算法比较,此法可达到相同的品质（尽可能多的拓扑等价残基对和尽可能小的均方根距离）,但ＣＰＵ时间降了１个到２个数量级,对大蛋白更为明显。     

蛋白质MOTIF（纹基）的搜索及库的构建

蛋白质ＭＯＴＩＦ识别方法是研究和预测蛋白质结构和功能的一种工具。本文用理化性质矩阵描述蛋白质的特征保守多肽,构建了一个包含两千多个ＭＯＴＩＦ的库。并编制了快速而灵敏的ＯＴＩＦ搜索软件。文中特别以３种重要而难辨别的ＭＯＴＩＦ作为例证。此３种ＭＯＴＩＦ是：在ＭＲＮＡ剪接和翻译中起关键作用的ＲＮＰＭＯＴＩＦ,用于研究甘油激酶缺损和非胰岛素糖尿病等人类遗传病机制的糖激酶ＭＯＴＩＦ,以及许多直核组织中媒介序