家蚕不同茧色品种中cbp基因的结构和表达分析

类胡萝卜素结合蛋白(CBP)是唯一已被确认与家蚕黄色茧形成儡切相关的主要蛋白质。文章选择12个有色茧和白茧蚕品种, 调查了cbp基因结构、转录产物mRNA类型和丝腺类胡萝卜素紫外可见光吸收特征与其茧色的关系。结果表明: 黄色茧蚕品种含有2种或3种cbp基因结构, 同时转录具有CBP功能性的完整 mRNA和缺少第2外显子的mRNA; 绿茧品种间cbp基因结构存在差异, 转录缺少第2外显子的mRNA; 白茧蚕品种cbp基因只有1种结构, 转录缺少第2外显子的mRNA。文章在黄茧品种中新发现的cbp基因第1内含子序列可能具有茧色品种特异性, 家蚕黄茧品种丝腺的紫外可见吸收光谱特征显著区别于绿茧和白茧品种, cbp基因的结构和表达特征与家蚕茧色密切相关。     

家蚕LongSAGE文库鉴定及延长标签的改进GLGI方法

结合标签的基因序列延伸(GLGI)是随着基因表达序列标签(SAGE)应运而生的一种鉴定新标签的技术。为了克服该技术操作繁琐、成本高的弊端,根据已经构建的家蚕限性茧色品种的2个LongSAGE文库,选择30个差异表达的标签(tag)进行GLGI延伸。尝试了几个简化,(1)用totalRNA代替mRNA进行dsDNA的合成;(2)调整磁珠吸附DNA的顺序;(3)在PCR反应中用普通的DNA聚合酶代替高保真酶(Pfu)。结果显示,30个标签有27个获得有效扩增,扩增序列真实包括了SAGE标签的17bp序列,3个标签的结果符合NCBI的家蚕数据库已有注释,13个未注释标签经过延长后得到了注释,11个标签序列为待确定的新基因序列。这种简化能够作为家蚕SAGE文库其他tag和新基因研究的有效简化操作体系。与传统的方法相比,可减少成本30%以上,缩短操作时间20%。