主成分分析法在壳斗科植物化石鉴定中的应用*

壳斗科化石是北半球新生代地层的优势分子,然而由于其属种众多,叶片属种间特异性不明显,该科叶片化石的鉴定是古植物学研究的难点之一。面对化石标本不完整的性状特征信息,如何剔除冗余特征,重点考虑具有鉴定意义的标本特征,就显得非常必要。本研究通过调研多种降维算法,考虑到植物特征编码及赋值的数值特性,选用主成分分析法,以壳斗科青冈亚属植物叶片为例,对可能在化石叶片上观察到的22个性状特征(变量)进行降维处理,挑选出对于壳斗科化石叶片分类鉴定起主要作用的10个性状特征,并将其应用于化石鉴定进行验证。结果表明,仅考虑经过主成分分析法压缩挑选的10个主要性状特征,仍然能够实现壳斗科化石植物的准确鉴定。主成分分析法应用于壳斗科性状特征的降维处理效果良好,剔除冗余特征对标本鉴定结果没有影响。     

RASSF1A对食管癌细胞增殖影响的研究

目的:观察外源性RASSF1A基因对食管癌细胞的增殖作用并探讨机制.方法:将包含RASSF1A基因的质粒转染食管癌细胞EC9706,建立稳定转染细胞克隆,Western blot检测RASSF1A基因表达,通过细胞生长曲线检测细胞生长活性和增殖能力、流式细胞仪检测对细胞周期的影响、裸鼠移植瘤实验检测转染细胞的体内成瘤特性.结果:稳定表达RASSF1A基因的EC9706细胞中RASSF1A蛋白表达增加;细胞生长速度明显减慢;细胞周期中G1/G0期比例明显增加,S期比例减少;EC9706细胞的裸鼠致瘤能力被抑制.结论:RASSF1A基因能显著抑制食管癌细胞在体内外的生长,其机制可能与该基因诱导凋亡、抑制增殖作用有关.     

基于高通量测序技术对染色体外环状DNA研究的最新进展

染色体外环状DNA (extrachromosomal circular DNA, eccDNA)是一种真核生物染色体外的闭合环状DNA结构，长度和染色体起源具有较高异质性。ecc DNA这一名称目前主要指大小在数百kb以内的小分子染色体外环状DNA，包括micro DNA、小多分散环状DNA (small polydispersed circular DNA, spcDNA)以及其他未分类的小分子eccDNA等。高通量测序技术(high-throughput sequencing, HTS)是一种可以同时对百万条DNA分子进行序列测定的技术，又名新一代测序技术(next generation sequencing, NGS)，具有高通量、高灵敏度、高准确度等优势。近年来高通量测序结合生物信息学分析技术不仅在揭示eccDNA染色体起源、分子结构、发生机制和潜在功能以及循环系统中的eccDNA分子特征研究等方面发挥了重要作用，而且推动了eccDNA在甲基化等表观遗传学方面的研究。生物信息学软件的发展和eccDNA分析算法的开发也对其研究提供了重要帮助。血浆以及尿液等液体活检常用体液样本中...