引入显式水分子对接提高蛋白质配体复合物结构的预测精度

在蛋白质复合物界面一般都会存在着一定量的水分子,这些水分子通过空间占据和氢键方式影响蛋白质与配体的位置关系。应用现有的计算机方法研究蛋白质-配体对接时,一般不会显式地考虑水分子的作用。本文显式地将水分子引入蛋白质-配体对接过程,考虑水分子空间占据和氢键能量对复合物对接结构的影响,提出了一种包含水分子的蛋白质-配体对接算法。实验结果表明引入水分子使蛋白质-配体对接质量有明显提高。     

一种基于SVR的分辨近天然G蛋白耦联受体—配体构象的方法

蛋白质小分子对接的难点之一是从生成的大量候选结构中挑选出近天然构象。本文使用了一种基于SVR的方法来挑选RosettaLigand生成的GPCR—配体decoy构象中的近天然构象。首先,对已有数据训练得到一个SVR模型,预测decoy构象的LRMSD,然后依此挑选近天然构象。最终,比较了本文方法和RosettaLigand方法挑选出的近天然构象decoy的质量,结果优于RosettaLigand方法,结果表明了本文方法能够有效地挑选出近天然构象。     

移植BMSCs对乳腺炎大鼠血清中自由基和抗氧化酶水平变化影响的研究

目的：探讨乳房基底部移植大鼠骨髓间充质干细胞（BMSCs）对实验性乳腺炎大鼠血清中自由基和抗氧化酶水平变化的影响。方法：将70只SD雌性大鼠,其中的60只随机分为3组：对照组、抗生素组和移植BMSCs组,每组20只。通过乳头管灌注内毒素的方法建立实验性大鼠乳腺炎模型,对照组基底部注射生理盐水;抗生素组基底部注射抗生素（5000 U/侧）;移植BMSCs组乳房基底部移植BMSC 50μL（1×106个）,试验0 d时灌注内毒素,1 d时注射BMSCs、抗生素及生理盐水,-1、0、3、5、7 d分别采血样,制备血清,检测血清中丙二醛（MDA）、一氧化氮（NO）、超氧化物歧化酶（SOD）、谷胱甘肽氧化还原酶（GSH-Px）、过氧化氢酶（CAT）水平。结果：移植BMSC组能显著降低乳腺炎大鼠血清中7 d时MDA、NO水平（P〈0.05）,且MDA水平显著低于抗生素组（P〈0.05）;移植BMSCs组7 d时血清中GSH-Px水平和1、3、5 d时CAT水平显著高于对照组和抗生素组（P〈0.05）。结论：BMSC能显著降低乳腺炎大鼠血清中后期NO和MDA水平,提高血清中前期CAT和后期GSH-PX,从而提高机体清除自由基的能力。     

浅析生物技术药物发展现状以及应对策略

生物制药技术以提高人们生命质量,预防疾病为发展宗旨,符合医疗预防时代的要求,能够满足人们对于医药的需要,此行业的未来发展前景一片光明,因此被界定为21世纪的朝阳行业。文章从这个角度入手,探究生物技术药物的发展现状,并且提出生物技术药物发展策略,以供参考。     

基于pose共享的蛋白质-配体构象并行搜索算法

RosettaLigand使用多次启动对接协议的方式对蛋白质-配体复合物构象空间进行采样,在串行或并行的构象搜索实例之间并不共享采样信息。因此并行对接与串行对接相比仅仅是增加了对接的速度,并不能改善对接的性能。我们对Rosetta 3.4版中的RosettaLigand算法进行了修改,在并行的对接实例之间共享采样信息,以实现多个对接实例协同优化采样进程。在一个包含11个目标的测试集合上进行的测试表明,共享采样信息在大多数对接实验中显著地提高了近天然构象在候选结构集合中的比例,同时还降低了整个候选结构集合的平均能量。     

距离约束的HMC采样算法在蛋白质结构预测中的运用

蛋白质结构预测中,采样是指在构象空间中生成具有最小自由能的状态。传统的采样方法是对自由度直接赋值。这种方法在处理较少的残基时能取得好的效果。但是对于包含100个残基以上的蛋白质结构,由于构象空间的急剧增长,难以得到理想的结构。本文引入深度学习中的HMC(Hybrid Monte Carlo)采样方法,以概率分布为依据对蛋白质的自由度进行采样,能够对包含100、200甚至更多个残基的蛋白质结构进行采样。并且,在采样的过程中加入残基间的距离约束,使得一个结构中,相对于Rosetta的ab initio最多有75%(平均40%)的残基对得到优化,满足距离约束。     

Eritoran对大鼠肾脏缺血再灌注损伤的保护作用

目的:观察eritoran对大鼠肾脏缺血再灌注损伤模型的.方法:建立SD大鼠缺血再灌注模型,给予eritoran治疗而对照组给予生理盐水治疗,观察各组的肾功能情况、肾组织光镜病理,并采用核糖核酸酶保护测定检测肾组织炎症因子/趋化因子的表达.结果:与模型组相比,eritoran预处理可显著改善大鼠的肾功能,减轻缺血再灌注引起的肾小管损伤,减轻肾组织病变,减少肾组织单核细胞浸润并下调多种炎症因子的表达(TNF-α,IL-6,IL-1β和MCP-1).结论:本研究证实通过eritoran抑制Toll样受体4,可减轻大鼠肾脏缺血再灌注损伤中的炎症反应,减轻肾脏缺血再灌注损伤,eritoran可望成为肾脏I/R损伤的新治疗手段.     

植物冷驯化相关信号机制

植物经过非致死温度的处理可以获得更强的抗冷能力叫做冷驯化,主要包括寒驯化和冻驯化 .在冷驯化过程中,质膜首先感受冷信号,调节胞质中IP3的含量,诱导胞质Ca2+浓度的升高,从而激活CBF基因的表达.至今已经克隆了大量的冷调控基因,组成了复杂的信号传导网络,其中ICE1-CBF-COR通路在植物的冷驯化过程中起到重要的作用.ICE1基因编码一个MYB类型的碱性螺旋 环-螺旋（bHLH）转录因子,在上游调节CBF和 其它转录因子的表达,提高抗冷性. HOS1蛋白通过泛素化介导的蛋白降解负调控ICE1,另外,CBF还通过转录的自我调控保持恰当的表达水平.基因的分析研究证明,RNA修饰和核质转运在植物的抗冷过程中也具有重要作用.在不依赖于CBF的途径中,转录因子HOS9和HOS10在调节抗冷有关基因的表达和提高抗冷能力方面具有至关重要的作用.     

一个识别蛋白质折叠模式的SVM分类器

蛋白质折叠模式识别是一种分析蛋白质结构的重要方法。以序列相似性较低的蛋白质为训练集,提取蛋白质序列信息频数及疏水性等信息作为折叠类型特征,从SCOP数据库中已分类蛋白质构建1 393种折叠模式的数据集,采用SVM预测蛋白质1 393种折叠模式。封闭测试准确率达99.612 2%,基于SCOP的开放测试准确率达79.632 9%。基于另一个权威测试集的开放测试折叠准确率达64.705 9%,SCOP类准确率达76.470 6%,可以有效地对蛋白质折叠模式进行预测,从而为蛋白质从头预测提供参考。     

多目标遗传算法的含假结RNA二级结构预测

假结是RNA中一种重要的结构,由于建模的困难导致它更难被预测。通过碱基之间的配对概率来预测含假结RNA二级结构的Prob Knot算法具有很高的精度,但该算法仅用了配对概率作为预测依据,导致阴性配对大量出现,因此精度中的特异性较低。实验结合Prob Knot算法中碱基配对概率模型,通过使用多目标遗传算法,从而提高预测含假结RNA二级结构的特异性,以此促进总体精度的提高。实验过程中,首先计算出每个碱基成为单链的概率,作为新增的预测依据,然后使用遗传算法对RNA二级结构进行交叉、变异和迭代,最后得到Pareto最优解,进一步得出最高的最大期望精度。实验结果表明,在使用的RNA案例中,采用该方法比现有方法精度平均提高约4%。