云南番木瓜环斑病毒的发生及遗传多样性

【目的】明确云南省番木瓜环斑病毒(Papaya ringspot virus,PRSV)发生情况,并对其进行遗传多样性分析。【方法】利用RT-PCR技术,于2011-2012年对采自云南省昆明市、楚雄州、保山市、德宏州、西双版纳州、临沧市、玉溪市、红河州、文山州等地的24个番木瓜、南瓜和罗汉果疑似病样进行扩增、测序,对样品中获得的940 bp PRSV部分cp基因及3′端非编码区的序列应用分子生物学软件MEGA 5进行系统发育分析。【结果】从17个样品中检测到了PRSV,检出率为70.8%,表明该病毒在云南的发生较为普遍。云南PRSV不同分离物间的核苷酸序列变异较大,与其他已报道的PRSV分离物之间的基因组3′端核苷酸序列一致性为81.7%-100%。基于PRSV的CP部分氨基酸序列及基因组3′端核苷酸的系统进化分析结果表明,来自亚洲、北美洲、南美洲和大洋洲的PRSV分离物可以分为2个组,其中第Ⅰ组均为来自中国的分离物,包括了大部分的PRSV云南分离物,第Ⅰ组内分离物间的差异较第Ⅱ组大;第Ⅱ组的分离物来源较为复杂,亚洲、北美洲、南美洲和大洋洲均有分布。基于PRSV CP部分氨基酸序列构建的系统进化树中,各分离物之间没有明显的地理和寄主相关性,而基于PRSV基因组3′端核苷酸序列构建的系统进化树中,除中国大陆分离物和印度分离物外,其他地区的PRSV在进化上与其地理来源有明显的相关性。【结论】PRSV在云南的昆明市、楚雄州、保山市、德宏州、西双版纳州、临沧市、玉溪市、红河州和文山州等地都有不同程度发生,且为害寄主植物涉及番木瓜、南瓜及罗汉果,PRSV侵染罗汉果为云南首次发现。云南PRSV分离物的分子变异很大,但是关于PRSV的分子变异是否与其地理分布及症状表现有关,以及P型和W型的分子区分特征还有待进一步研究。     

云南甘薯病毒的检测及主要病毒的多样性分析

[目的]明确云南甘薯病毒的种类,并对主要病毒进行遗传多样性分析.[方法]利用PCR/RT-PCR技术,对采自云南16个县、市的279个甘薯样品进行扩增、测序,对所得序列应用分子生物学软件MEGA 5进行系统发育分析.[结果]除普洱和祥云的样品中未检测到任何病毒外,其余14个县、市的123个甘薯样品中共检测到甘薯褪绿斑病毒(SPCFV)、甘薯羽状斑驳病毒(SPFMV)、甘薯卷叶病毒(SPLCV)、甘薯C病毒(SPVC)、甘薯G病毒(SPVG)和甘薯病毒2号(SPV2)等6种病毒.其中SPVG的检出率最高,达39.1％,为云南甘薯病毒的优势种,SPFMV和SPVC的检出率分别为26.9％和24.7％,而SPLCV检出率最低,仅为0.4％.在所检测的样品中未发现甘薯褪绿矮化病毒(SPCSV)和甘薯轻斑驳病毒(SPMMV).云南甘薯病毒多数为2-5种病毒复合侵染,占总样品数的31.9％,其中2-3种病毒复合侵染现象最为常见,单一病毒侵染占总样品数的12.2％.检出率比较低的SPCFV、SPLCV和SPV2未发现单独侵染现象.[结论]云南甘薯上发生的SPFMV分离物存在EA株系和O株系,未发现RC株系,另有两个分离物同EA、O、RC之间的亲缘关系均较远,有可能是一个新的株系;SPVC和SPVG分离物均可分为3个不同的组,大部分SPVG云南分离物属于Ⅰ组.