PDF1.2基因在转草酸氧化酶基因甘蓝型油菜中的表达

采用RT-PCR方法检测茉莉酸（JA）／乙烯（ET）依赖性信号途径中关键基因PDF1。2在转草酸氧化酶基因（OXO）油菜株系与未转化对照中的表达差异。结果表明,在转基因油菜不同株系中PDF1．2都有不同程度的上调表达,预示着转OXO油菜对菌核病的抗性增强可能与激活JA／ET依赖性信号途径有关。     

油料作物EST资源的生物信息学分析

利用生物信息学方法,收集整理GenBank数据库中截至2008年5月收录的油料作物油菜、花生、芝麻、大豆、向日葵、蓖麻、亚麻、棕榈等八种油料作物的表达序列标签(EST)序列信息,共获得1,185,911条EST序列,使用Crosmatch、RepeatMask-er、Phrap、CAP3、EMBOSS、Blast、EST-pipeline、ORF finder、Interproscan、blast2go、IdentiCS等软件,基于Linux操作系统,进行了综合及分类分析。共获得289,892条UniEST序列,通过以上对EST序列信息的基因注释信息,筛选出与油脂代谢相关的基因信息,并以此为基础构建了油料作物油脂代谢途径比较结构图。本研究为油料作物油脂代谢相关基因数据库的构建和不同油料作物油脂代谢异同的比较打下基础。     

白菜和甘蓝基因组转座子表达及其对基因调控的潜在影响

转座子或转座元件是大多数真核生物基因组的主要组成成分。甘蓝(Brassica oleracea)基因组比白菜(B. rapa)大主要是转座子的扩增差异造成的。然而, 这两个芸薹属近缘物种转座子表达水平以及对基因的调控和功能的影响目前还不清楚。文章对白菜和甘蓝叶、根、茎3个器官的转录组数据进行了初步分析。结果显示, 转座子的表达量很低, 转录组reads中有1%来自转座子的转录本; 转座子的表达存在器官差异, 且不同类别和家族的转座子表达量相差很大, 相同类别和同一家族的转座子在白菜和甘蓝基因组中的表达活性也不相同。进一步鉴定到转录读出的LTR反转座子, 其与下游基因距离小于2 kb的有41个, 小于100 bp的有9个, 这些LTR的转录读出很可能通过正义或反义的转录本激活或干扰下游基因的表达。同时, 具有转录读出的intact LTR比solo LTR具有更强的读出活性。通过深入分析转座子的插入位点发现, 白菜基因组中转座子插入基因内部的频率比甘蓝基因组中的高; 与反转座子相比, DNA转座子更偏向于插入或保留在基因的内含子当中。这些结果为认识转座子对其他蛋白编码基因的影响提供了基础。     

水杨酸途径中的防御基因在转草酸氧化酶基因油菜中的表达

采用RT-PCR方法检测对水杨酸依赖的信号途径中PR-1、GLU和CHI3个防御基因在转OXO基因与非转基因的油菜中表达差异的结果表明,在转基因油菜株系中这3个基因都有不同程度的上调表达,暗示转OXO基因的油菜抗菌核病的能力增强可能与对水杨酸依赖的信号途径受诱导有关。     

中华猕猴桃基因组可变剪接事件鉴定及分析

可变剪接使一个基因能产生多种m RNA成熟体,极大地增加蛋白多样性.采用中华猕猴桃基因组数据做参考数据,利用中华猕猴桃叶片和果实3个不同发育时期(未成熟、半成熟和成熟期)的转录组数据,从中华猕猴桃基因组(39040个基因)中共鉴定出11651个基因(占总基因数的29%)对应的32180个可变剪接事件.在可变剪接不同类型中,内含子保留类型的发生频率最高,占50%以上;3′可变位点类型频率约为5′端可变类型的2倍.GO富集分析结果表明,可变剪接的基因主要富集于酶调控及核苷酸结合相关功能的GO类别中,而组织特有可变剪接基因功能富集热点与组织的重要功能关联,叶片多为肌动蛋白及微管相关;未成熟果实与双组分信号系统相关;半成熟果实多与磷脂合成过程相关;成熟果实多与信号传递过程相关.另外,55.6%的维生素合成相关基因发生可变剪接事件,显著高于基因组水平的29.6%,暗示着可变剪接参与维生素合成相关基因代谢过程中的重要作用.通过对中华猕猴桃全基因组可变剪接的分析,为解析中华猕猴桃基因组及进一步开展相关分子育种工作提供依据.     

菌核菌生长和产生草酸的营养和环境条件研究

本研究探讨了培养基种类、酸碱度、温度对菌核菌(Sclerotinia sclerotiorum)菌丝生长(MG)和草酸累积(OA)的影响及MG和OA之间的动态变化过程。正交试验中,碳源为:琥珀酸钠-葡萄糖、蔗糖-马铃薯汁液和蔗糖的三种培养基中,OA量依次递减且差异显著。MG和OA成负相关关系。培养基的pH值是影响OA的一个主要因子,本试验中pH6最适合菌丝产草酸,而pH5最适合菌丝生长。23℃下OA和MG大于26℃下OA和MG。OA和MG的动态变化过程试验表明,不同培养基的草酸累积速率和最终