高通量RNA甲基化测序数据处理与分析研究进展

随着高通量测序技术快速发展,Me RIP-seq(methylated RNA immunoprecipitation sequencing)测序技术开启了RNA表观遗传学研究新局面,能够在全基因组范围内描述RNA甲基化.从Me RIP-seq高通量数据中挖掘RNA甲基化模式,有助于揭示m RNA甲基化在调控基因表达、剪切等方面所发挥的潜在功能,有效指导癌症的干预治疗.本文从Me RIP-seq测序原理出发,较全面地综述Me RIP-seq数据处理和分析方法研究现状,并对其所面临的计算问题进行讨论和展望.     

肺癌数字化临床路径管理平台的构建和初步应用

目的:构建肺癌数字化临床路径并研究其在临床中应用优势。方法:收集2013年8月-2016月3月于哈医大四院胸外二科入院的肺癌手术患者,150名患者通过肺癌数字化临床路径管理系诊治(临床路径组),150人通过常规方式诊疗(对照组),比较两组最终的住院天数和住院总费用。结果:临床路径组的住院总天数、住院总费用均小于对照组(P0.05或0.01)。结论:数字化肺癌路径管理平台在临床病人管理中具有一定的优势。     

底座入土深度和面积对典型草原土壤呼吸测定结果的影响

生态学家对土壤呼吸开展了大量研究, 但很少评估“底座”对土壤呼吸测量结果的影响, 特别是底座入土深度和面积对土壤呼吸测定结果的影响。为此, 该研究在内蒙古典型草原设置了2个底座面积(15 cm × 15 cm和30 cm × 30 cm)和2个底座入土深度(2 cm和5 cm)处理, 采用气室法在植物生长季对土壤呼吸进行了测定, 分析评估了底座面积和入土深度对土壤呼吸测定结果的影响。结果显示: 与底座入土较浅和面积较小的处理相比, 底座入土较深和面积较大的处理, 土壤呼吸测定值分别降低了8.0%-9.7%和9.1%-10.8%; 这两个处理的底座内土壤温度显著升高, 土壤含水量显著下降, 地上净初级生产力显著降低。结构方程模型分析表明, 底座入土较深、面积较大的处理, 主要通过降低地上净初级生产力和土壤含水量, 增加土壤温度, 使土壤呼吸下降, 各因子共同解释了土壤呼吸变异的89%。研究发现, 在使用气室法测定土壤呼吸时, 底座入土深度和面积对土壤呼吸测定结果具有显著影响, 评估底座处理效应对准确测定土壤呼吸强度具有重要的意义。理论上, 适当降低底座入土深度和底座面积大小, 将有助于准确测定土壤呼吸。但在实践中, 由于土壤异质性的影响, 减少底座面积可能会增加新的测量误差, 只能考虑适当降低底座入土深度。     

后处理对心肌缺血再灌注致脑损伤中炎症因子及GFAP的影响

目的:探讨缺血后处理对心肌缺血再灌注致脑损伤中炎症因子及胶质纤维酸性蛋白的影响。方法:24只雄性SD大鼠随机分为3组(n=8),假手术组(Sham)、心肌缺血/再灌注组(IR)、后处理组(IPost)。结扎大鼠冠状动脉左前降支30 min,复流120 min建立大鼠心肌缺血/再灌注模型。后处理组于再灌注前进行缺血后处理,再灌注10 s,缺血10 s,共3次。断头处死大鼠取脑组织,光镜下观察病理学结果,Western blot检测炎性因子IL-6、IL-8、IL-10,免疫组化法检测GFAP。结果:与Sham组相比较,IR组脑组织炎症因子IL-6,IL-8表达增加,IL-10下降(P0.01),而后处理可以降低脑组织中IL-6,IL-8的表达,增加IL-10的表达(P0.01);与Sham组相比较,IR组脑组织GFAP表达增多(P0.05),而后处理可以显著增加脑组织中GFAP的表达(P0.01)。结论:心肌缺血后处理可以减少脑组织中炎症因子的表达,增加GFAP的表达,从而起到脑保护作用。     

不同俯卧位通气时间对中重度肺内/外源性ARDS患者的治疗效果

目的:探讨中重度肺内/外源性ARDS患者行不同时间俯卧位通气的治疗效果。方法:将中重度30例肺内/30例外源性ARDS患者分别行2h、4h俯卧位通气,观察患者APCHEII评分,氧合指数、胸片吸收情况、心率、平均动脉压、脱机拔管时间,出ICU时间。结果:四组患者APCHEII评分、心率、平均动脉压比较差异均无统计学意义(P0.05)。肺内源性ARDS患者行2 h、4 h俯卧位通气均能有效改善患者氧合指数,4 h组较2 h组氧合指数改善、胸片吸收情况更明显,4 h组在脱机时间、转出ICU时间均优于2 h组(P0.05);肺外源性ARDS患者行2 h、4 h俯卧位通气均能有效改善患者各项指标,但两组间无统计学差异(P0.05),且均优于肺内源性ARDS患者(P0.05)。结论:俯卧位通气可改善中重度肺内/外源性ARDS患者的病情,其对肺外源性ARDS患者效果更好,2 h俯卧位通气即能取得较好效果,而肺内源性ARDS患者需更长时间的俯卧位通气改善病情且预后较差。     

基于空间优先级的福州市中心城区绿色基础设施网络构建

在城市用地极为紧张、生态环境保护遇到严峻挑战之际,如何高效构建绿色基础设施(GI)网络并识别相对重要的景观生态要素显得尤为重要。本研究以福州市中心城区为例,基于形态学空间格局分析方法与景观连通性评价对GI网络中心进行识别及优先级划分,使用最小成本路径及重力模型等方法提取各级潜在廊道,并利用密度分析和盲区分析对GI节点进行提取及优先级划分,得到优化后的GI网络。结果表明: 福州市中心城区一级网络中心主要分布于南北两侧,中部网络中心面积小且分散,景观综合阻力呈现外围低、中间高的趋势,整体连通性较差;利用现状廊道及潜在廊道构建的GI廊道体系有效增强了网络中心之间的连通性;提取GI节点为物质能量流通提供“中转站”,可改善部分区域存在基质阻力过大、连接廊道过长等问题。GI要素的空间优先级划分,使得GI网络的构建更加科学,可为未来福州市市域GI网络规划期限与建设时序提供参考。     

黑河流域生态系统服务价值预测及权衡分析--以张掖市为例

土地利用变化将改变区域生态系统服务的稳定供给能力,进而对区域生态稳定和可持续发展构成威胁。中国西部地区快速城镇化背景下,扩张的经济发展需求对土地利用变化产生了重大影响。以丝绸之路经济带规划的重要节点城市张掖市为例,基于土地利用变化均衡分析(CGELUC)模型及土地利用动态模拟(DLS)模型,模拟了多情景下张掖市2010-2030年的土地利用变化时空分异特征,并通过生态系统服务价值(ESV)估算、空间自相关分析等方法分析并预测了ESV及其时空演变特征,集中分析了多情景下2030年张掖市ESV各项服务间的权衡与协同关系。结果表明:(1)2010-2030年张掖市土地利用格局变化显著,建设开发情景下城镇建设用地扩张最为剧烈,建设用地增长7.41%,耕地面积减少11.05%;生态保护情景下城镇扩张最为和缓,同时未利用地减少明显,面积降低1088km²,主要向林地、草地、水域等生态用地发生转化。(2)2010-2030年张掖市ESV在基准情景和生态保护情景下分别增长6.43、13.16亿元,建设开发情景则整体仅增加1.53亿元。(3)供给、调节、支持与文化4种单项ESV,基准和生态保护情景下均呈现显著上升趋势;建设开发情景下有3项呈现缓慢的增长趋势,且该情景下供给服务则始终呈现下降趋势。(4)各单项生态系统服务协同关系明显,东南-西北轴线南北两侧区域表现为协同关系,仅有少数区域表现为权衡关系,且供给-文化服务的权衡关系较为明显。本研究可为西部城镇化快速发展地区统筹经济发展与生态保护提供科学方案。     

基于碳排放约束的北京市社区生态效率评价

在“双碳目标”的背景下,社区作为生态文明建设的基本单元,其碳排放核算及生态效率评估尤为重要。基于家庭消费视角,采用碳排放系数法和消费者生活方式法核算社区居民碳排放,并运用超效率DEA模型评估社区生态效率,最后通过计量分析识别生态效率影响因素。研究结果显示：(1)社区居民人均碳排放的评估结果呈现出商品房社区(528.85kgCO₂/月)>单位社区(475.66kgCO₂/月)>传统社区(368.33kgCO₂/月)的关系;(2)生态效率的评估结果呈现出传统社区(111.04%)>商品房社区(108.78%)>单位社区(105.70%)的关系;(3)社区管理工作参与意愿、家庭光照条件会对社区生态效率产生积极影响;此外,年龄结构(中青年人口占比)对商品房社区的生态效率有消极影响,受教育程度的提升则会提高生态效率。进一步提出针对三类社区特点的转型发展策略,为全国不同类型社区生态转型和绿色低碳发展提供参考范式和决策支持。     

急性缺血性脑卒中患者入院时血浆BNP水平与梗死部位关系

目的:分析急性缺血性脑卒中患者入院时血浆脑钠肽(BNP)水平与缺血性脑卒中梗死部位的关系。方法:随机入选88例急性缺血性脑卒中患者,按梗死部位,将其分为前循环病灶组(66名)和后循环病灶组(22名)两组进行比较。测定入院时血浆脑钠肽(BNP)水平进行比较。两组脑卒中病人的危险因素血糖、糖化血红蛋白、血脂全套,肝肾功能分析对比,并将急性缺血性脑卒中患者梗死部位相关的多个变量采用单因素logistic回归分析。结果:前循环病灶组血浆脑利钠肽水平的中位数是225.90 pg/mL,四分位数间距为596.00 pg/mL;后循环病灶组的中位数是750.95 pg/mL,四分位数间距为907.00 pg/mL。后循环病灶组血浆脑利钠肽水平要显著高于前循环病灶组血浆脑利钠肽水平,两个部位间入院时的脑利钠肽水平有统计学差异(P=0.004)。通过入院时脑利钠肽水平与缺血性脑卒中梗死部位的关系的ROC曲线,得出截点299.50 pg/mL。入院时血浆脑利钠肽水平≥299.50 pg/mL可以作为后循环病灶组的预测指标,其敏感性72.72%,特异性62.12%。结论:急性缺血性脑卒中患者入院时血浆BNP水平可作为急性期区别前后循环脑梗死的预测因子。     

3D打印肺段模型在胸外科解剖教学中的应用

目的:探讨3D打印肺段模型在胸外科解剖教学中的应用效果。方法:60名医学新生随机分为3D打印组和三维重建图像组,每组30人。经相关知识介绍后,参加问卷调查并记录得分,包括理论知识、肺段鉴别、病灶鉴别,共14分。结果:3D打印肺段模型能清晰准确地显示出肺脏结构。3D打印组问卷调查得分显著高于三维重建图像组,差异具有统计学意义(P=0.031)。结论:3D打印肺段模型在医学生肺段解剖教学中的效果优于三维重建图像。