孕烷X受体配体结合结构域蛋白晶体的X线衍射结构解析

目的:利用X线衍射技术解析孕烷X受体(PXR)配体结合结构域(LBD)蛋白晶体的3维结构。方法:对PXR蛋白LBD(130~434氨基酸残基)序列进行密码子优化并化学合成后克隆至pRSFDuet-1表达载体,再将载体导入大肠杆菌BL21(DE3),对PXR-LBD蛋白进行原核表达与分离纯化;采用晶体筛选试剂盒筛选蛋白结晶条件,采用悬滴法获得目标蛋白的晶体;对获得的蛋白晶体进行X线晶体衍射检测,并收集相关数据建立PXR-LBD的三维结构。结果:获得了PXR-LBD的高质量晶体并利用X线衍射解析了该蛋白质晶体的结构数据,使用Phenix.refine软件和COOT软件等对结构进行修正,最终获得了高分辨率的3维结构数据。结论:完成了孕烷X受体配体结合结构域蛋白晶体的X线衍射结构解析,为研究和开发PXR相关药物奠定了基础。     

新型肝脏肿瘤介入治疗后复发与转移预测方法的建立

目的:建立新型肝脏肿瘤射频消融治疗后复发与转移的预测方法。方法:介入治疗进展期肝细胞癌术后获得患者肿瘤组织标本,选取组织标本外围性状较好的部分,处理/加工成1~2 mm3的组织微块,接种于SCID鼠肝脏原位,在动物饲养过程中采用B超对肿瘤组织在肝脏的生长进行探查。待动物肝脏区域形成B超低回声的病灶时,收集动物获取肝脏组织,对其进行HE染色与Masson染色的病理学分析,观察小鼠肝脏原位肿瘤的界限与包膜完整性、侵润性生长、肿瘤血管生成与是否有转移、侵袭等组织学特征。结果:HE染色能够对肿瘤的性状进行初步判断,Masson染色能够对肿瘤细胞、微血管及纤维等结构进行分析,确定肿瘤组织的侵润性生长、肿瘤血管生成与血道转移情况,反映出临床标本中肝细胞癌细胞的生物学特性,为患者复发与转移的风险预测提供依据。结论:建立了肝脏肿瘤介入治疗后复发与转移预测方法,有望为患者预后预测提供参考。     

新型核酸适配体荧光纳米微粒用于人干扰素-γ的测定

目的:利用由两条核酸适配体与人干扰素-γ(Interferon-γ,IFN-γ)的高亲和力构建的三明治结构和磁性纳米颗粒的磁性分离技术,设计并制作了一种新型荧光纳米微粒,建立基于核酸适配体的新型荧光纳米微粒用于人IFN-γ的检测。方法:流式细胞术检测IFN-γ核酸适配体B1-4和T2对IFN-γ的结合特异性;将生物素修饰的B1-4固定于链霉亲和素包被的纳米磁珠上,连接B1-4的纳米磁珠可通过B1-4与IFN-γ的亲和性捕获IFN-γ,再利用另一条FAM修饰的IFN-γ核酸适配体T2形成(B1-4)-(IFN-γ)-(T2)三明治夹心结构,构建新型核酸适配体荧光纳米微粒;IFN-γ分别与核酸适配体荧光纳米微粒孵育不同时间以探索该检测系统中IFN-γ与磁珠的最佳孵育时间;流式细胞术检测磁珠12 h内荧光变化,探索时间对检测体系的影响;流式细胞术检测与不同浓度IFN-γ孵育的磁珠表面荧光强度,绘制IFN-γ检测标准曲线;检测血清对检测特异性的影响。结果:B1-4和T2对IFN-γ的结合特异性高;三明治夹心结构对IFN-γ检测特异性好,任意改变其中一因素则磁珠表面荧光信号显著下降,三明治夹心结构构建失败;此法对IFN-γ的响应线性浓度为0~50 ng/L,其线性方程为y=3.512x+1.060,敏感度为1 ng/L;12 h内测得的荧光信号稳定,并无明显衰减;血清对体系检测特异性无明显影响。结论:成功构建核酸适配体荧光纳米微粒用于人IFN-γ的测定。     

利用小干扰RNA降低新基因CCP22的表达水平

目的:构建针对新基因CCP22的小干扰RNA(siRNA),降低CCP22蛋白表达水平。方法:设计一条针对新基因CCP22的siRNA序列,克隆到siRNA表达载体pSilencer-2.1-U6-neo上,测序验证正确后,将此表达载体与重组Flag-CCP22的表达载体pcDNA3.0-FLAG-CCP22共转染HEK293T细胞系,或单独转染CCP22siRNA,用West-ern印迹检验构建的CCP22siRNA的效果。结果:构建了针对新基因CCP22的siRNA,Western印迹结果表明CCP22siRNA序列能有效降低外源和内源CCP22蛋白的表达水平。结论:构建的CCP22siRNA干扰效果好,为进一步研究CCP22的功能奠定了基础。     

含有补体控制蛋白结构域的蛋白质的结构和功能

补体控制蛋白(CCP)结构域分布广泛,含有CCP结构域的蛋白质在补体调节、机体排异和抵御微生物侵袭,甚至肿瘤发生发展等方面具有重要的功能。现在发现的含CCP结构域的蛋白质大约有100多种。我们综述了CCP结构域的基本特征,简要介绍了有代表性的含CCP结构域的蛋白质的功能。     

不同区域典型树木的空间分布格局及关联性

以温带长白山(CBS)、暖温带关帝山(GDS)、亚热带黑石顶(HSD)样地监测数据为基础,采用成对相关函数g(r)分析了3个样地共有的3科(松科、壳斗科、蔷薇科)树木的空间分布格局及其关联性.结果表明:不同样地3科树木分布数量及结构特征存在差异.松科在GDS分布数量较多,呈双峰型径级结构,在CBS和HSD分布数量少,径级结构近似正态分布;壳斗科在CBS和GDS分布数量少,分别呈双峰型和偏正态径级结构,在HSD分布数量多,呈倒"J"型径级分布;蔷薇科在GDS分布数量多,呈"L"型径级分布,在CBS和HSD分布相对较少,径级结构分别呈倒"J"型和"L"型分布.3科树木空间分布格局在不同样地表现也不同,松科的大径级个体在CBS和GDS小尺度上呈均匀分布,在HSD呈聚集分布,中、小径级在3个样地均呈聚集分布;壳斗科在CBS以大径级个体为主,呈近似随机分布,在GDS和HSD以中、小径级为主,呈聚集性分布格局;蔷薇科在3个样地均为聚集分布.3科树木的聚集程度均随尺度增加而降低.大径级的壳斗科个体在CBS和HSD与松科呈不相关或小尺度负相关关系,中、小径级的壳斗科在CBS和GDS与松科呈负相关关系,但在HSD与松科表现为正相关;松科与蔷薇科在3个样地均表现为负相关;中、小径级的壳斗科与蔷薇科在CBS和GDS呈正相关关系,但在HSD呈负相关关系.总之,3科树木空间分布格局及关联性随径级、尺度而变化且在不同样地内有不同表现.     

基于Image J软件的裸鼠肝脏原位肿瘤图像定量分析方法

目的:采用门静脉注射肝细胞癌细胞的方法,能够在裸鼠肝脏形成多发与弥散的肿瘤病灶,进而模拟进展期肝细胞癌的转移与侵袭性生长。本研究旨在建立基于图像分析软件Image J的裸鼠肝脏原位肿瘤图像定量分析方法。方法:培养高侵袭性的人肝细胞癌细胞系MHCC97-H,通过肝门静脉注射的方法,将MHCC97-H细胞接种于裸鼠肝脏,经2~4周生长,MHCC97-H细胞能够在裸鼠肝脏形成多发与弥散的肿瘤病灶;收集动物获得肝脏脏器进行拍照,对所得图片进行分析;用Image J软件对图像进行定量分析,分别确定整体肝脏脏器的面积与肿瘤病灶的面积,二者之比即可反映出肝细胞癌在裸鼠肝脏形成肿瘤病灶占肝脏脏器的面积比例;在此基础上,对接种有肝细胞癌细胞的裸鼠,行灌胃给药,给予2 mg/kg剂量的分子靶向药物索拉非尼进行治疗,分别确定对照组与治疗组肝脏形成的肿瘤病灶并进行定量分析,可依据此计算索拉非尼治疗对肿瘤病灶的抑制率。结果:MHCC97-H细胞接种能够在裸鼠肝脏形成多发与弥散的肿瘤病灶,用Image J软件可准确圈出肝脏脏器上的肿瘤病灶,确定病灶占肝脏脏器的面积比例。利用本研究的方法能够定量分析索拉非尼对MHCC97-H细胞形成多发、弥散病灶的抑制作用。结论:建立了基于图像分析软件Image J的裸鼠肝脏原位肿瘤图像定量分析方法,对抗肿瘤药物活性评价相关研究具有重要意义。     

利用长距离PCR扩增国内肠道病毒流行株基因组方法的建立和评价

目的:通过调查近年来我国肠道病毒EV-71型和柯萨奇病毒A16型流行株的全基因组序列,建立一种能够获得我国肠道病毒序列的通用扩增方法,为今后的手足口病流行病学分析、致病机理研究等打下基础。方法:收集我国近5年各地报道的肠道病毒流行株全基因组序列作为参考序列进行比对分析,在保守区设计通用引物,利用3'RACE、长距离PCR扩增及简并引物扩增肠道病毒全基因组序列,采用IonTorrentPGM二代测序仪对扩增产物进行深度测序,以对扩增方法进行验证和评价。结果:通过比对肠道病毒流行株序列设计了通用扩增引物,经二代测序实验获得了肠道病毒全基因组序列;以系列比例模拟混合病毒感染,该扩增方法能够同时获得2株肠道病毒的全基因组序列;能够完整地揭示肠道病毒重组情况。结论:建立了针对我国近年来肠道病毒流行株的通用全基因组扩增方法,在病毒培养液中肠道病毒的提取与扩增中显示了较高的灵敏度,能够反映混合病毒感染、重组病毒的情况。     

小鼠海帕西啶1和2的氨基酸对比分析

海帕西啶是一种含有25个氨基酸的多肽类激素,在铁代谢过程中处于重要的地位。通过比对小鼠海帕西啶1和2发现,8位的异亮氨酸和25位的苏氨酸在哺乳动物中高度保守,因此认为这两种氨基酸可能对于海帕西啶的铁代谢功能发挥着重要的作用。