中国兽类分类与系统演化研究进展

中国兽类（即哺乳动物）种类繁多,对维持生态平衡发挥着重要的作用。自John R.Reeves于1829—1834年在我国广东开展兽类调查以来,近200年我国兽类分类及系统学研究取得了令世人瞩目的进步和发展。目前中国已知的兽类物种数已达686种,约占全世界兽类种数的10%,是世界上兽类物种多样性最丰富的国家之一。随着我国对生态环境保护的重视,生态环境日益改善,但全球气候变化、生境破碎化、人类活动增加及人兽共患重大疫情涌现等问题仍十分突出,兽类多样性调查及分类学研究的必要性越发明显。同时,兽类分类学这门古老而传统的学科也在不断引入各种新方法与技术,如整合分类学、标本数字化、模式标本测序、便携式测序技术及基于深度学习技术的物种识别鉴定等,分类学研究的成果及应用在近年得到了飞速发展。动物分类学作为传统的基础学科,是遗传学、生理学、生态学、医学、药学等现代生物学的基石。然而,由于学科特征和差异等原因,该学科近年来没有得到足够的重视,导致出现了学科萎缩和分类学人才后继无人的危机。因此,从国家层面对分类学、形态学等基础学科的人才培养、课题设置和资金投入等,予以特殊的政策支持,十分必要,也亟待解决。     

利安德水鼩在中国地理分布范围的讨论与修订

利安德水鼩很长时间被认为是喜马拉雅水鼩的亚种，但近年来的研究发现利安德水鼩是进化关系上与日本水鼩更加接近的独立物种。而喜马拉雅水鼩一直被认为是分布区横跨古北界和东洋界广域分布的物种，但基于Cyt b基因序列测定和系统进化关系的构建，我们确定最近在四川、浙江和湖南等地采集的水鼩标本均为利安德水鼩。基于基因序列和对馆藏标本的比对，我们修订喜马拉雅水鼩和利安德水鼩在中国的分布。四川、湖北、湖南、陕西、贵州、广西、福建、台湾、浙江等地区都是利安德水鼩的分布区，而喜马拉雅水鼩在中国确定的分布区仅在云南。这一分布格局很可能是由于在地形地貌的影响下产生隔离分化的结果。     

重访金佛山百年动物采集路

海拔2238米的金佛山是大娄山脉的最高峰,为一座傲然挺立在重庆南部的孤立桌山。这里不仅是我国南方喀斯特最发育的地区之一,且生物多样性极为丰富,其中原产种子植物有4768种,占全国总数的1/6强。早在清代晚期,便有外国采集者专程到     

中国兽类鼩鼱科一新纪录——高氏缺齿鼩

2011年12月5日在云南省个旧市蔓耗镇(N23°00‘43.0",E103°26‘18.9",海拔350m)采集到高氏缺齿鼩(Chodsigoa caovansunga Lunde,Musser and Son,2003)标本1号。该物种为中国新纪录并且是其在模式产地(越南河江省Mt.Tay Con LinhⅡ山)以外的首个分布纪录。该标本头体长、尾长及颅全长明显大于模式产地的标本,线粒体cyt-b序列(JX508288)与地模标本相似度为98.6%。采集地生境为沟谷雨林,干扰类型为香蕉种植。     

鼹科长吻鼩鼹和库氏长吻鼹的首次转录组分析

现生的鼹科动物分布于欧亚大陆和北美大陆,包括54种已知物种。鼹科动物有丰富的生态类型,是研究适应性进化的较好模型。本研究通过二代测序的方法分别获得了长吻鼩鼹和库氏长吻鼹两个物种心脏和肺脏以及脾脏和肺脏的转录组数据。这两个物种分别代表了分布于中国西南部、缅甸北部的没有特化的原始类群鼩鼹亚科以及高度适应地下生活的鼹亚科鼹族。我们首次报道了库氏长吻鼹在中国的分布。通过从头拼接,分别获得长吻鼩鼹和库氏长吻鼹197 092个和225 956个转录本,以及125 427个和94 023个unigene。通过与GenBank中的基因组注释文件比对,得到鼹科物种同源基因家族8 376个,及鼹科鼩鼱科同源基因家族8 114个。差异表达基因中各组织的高表达基因中均找到10个以上组织特异性基因。然而BUSCO分析确定完整单拷贝基因在两个物种中分别为43.0%和56.6%,提示死后mRNA迅速降解并影响转录组拼接。比较两个物种肺部基因的表达差异发现库氏长吻鼹335个相对高表达的基因,其中包括HMGB1、HSPD1、SF3B1、COL3A1、SUMO1和JUNB等,有报道上述基因可能与低氧或高海拔适应有关。     

广西崇左更新世长臂猿化石新材料（英文）

近年,在对广西崇左地区第四纪洞穴堆积调查的过程中,从年代贯穿更新世的8个地点采集到了33颗长臂猿游离牙齿化石。记述了这些新发现的长臂化石,并初步确定了其分类位置。形态和测量的对比表明,这些牙齿不超过现生长臂猿种内变异的范围,且都可以归入一个种内。它们与冠长臂猿属(Nomascus)共有的特征组合表明,这些化石可以归入该属。这些特征包括:上臼齿相对宽,舌侧齿带及唇侧齿带痕迹保留率高;M3长度几乎与M1相等;下臼齿狭窄,并保留唇侧齿带退化痕迹。崇左地区的化石长臂猿的臼齿平均比冠长臂猿属中现生种类稍显大。但是崇左地区的游离牙齿化石材料提供的证据并不足以支持将其归入该属中的某一具体种类。与中国南方更新世其他同时代的大型猿类猩猩(Pongo)和巨猿(Gigantopithecus)不同,长臂猿的牙齿大小并没有随时间发生变化。尽管冠长臂猿属在现今的崇左地区并没有分布,但是在历史时期该属曾经广泛分布于中国南方地区。     

白尾鼹(鼹科: 哺乳纲)下颌骨几何形态测量分析及地理分化研究

白尾鼹属为东洋界单型属,主要分布于中国西南山地、印度阿萨姆地区、孟加拉国、缅甸北部和老挝等地。由于白尾鼹分布区范围内地形、气候和生境十分复杂,很可能导致物种的地理分化。为此我们查看了分布区之内18 个地区的49 号标本的下颌骨,并基于几何形态测量的方法进行分析比较。结果显示所有的标本按照地理分布可分为3 组(滇东北、横断山南段以及印度)。3 组标本间的形态差异主要表现在水平枝上,其中下臼齿齿列的长度、下颌骨水平枝下缘的弯曲度以及水平枝中部高度差异最为明显,而上升枝对3 个地理居群的区分能力较弱。其中滇东北标本的下颌骨最为平直,下臼齿列长度最短;而横断山居群的下颌骨弯曲度最大,下臼齿列最长。根据以上结果,我们推测3 个下颌骨形态有明显差异的地理居群可能代表了3 个不同的地理亚种或是不同的种。但这仍需要结合上颌骨的形态差异和遗传结构分析加以证实。     

DNA条形码技术在小型兽类鉴定中的探索:以甘肃莲花山为例

为验证DNA条形码技术在小型兽类物种鉴定中的可行性,我们使用传统的形态学方法和DNA条形码技术对甘肃莲花山国家级自然保护区采集的77号小型兽类标本进行鉴定.共鉴定出物种13种,分别属于3目7科.其中小纹背鼩鼱(Sorex bedfordiae)、藏鼩鼱(S.thibetanus)、甘肃鼹(Scapanulus oweni)黑线姬鼠(Apodemus agrarius)、社鼠(Niviventer confucianus)、斯氏鼢鼠(Eospalax smithi)、高原鼠兔(Ochotona curzoniae)等7种为莲花山首次报道.另外,采自海拔2,800 m的黑线姬鼠是该物种全球海拔最高的分布记录.通过对两种方法进行比较,我们发现形态鉴定需要研究者具有足够的分类学背景,基于DNA条形码的物种鉴定则限制于网络数据库中缺乏足够的序列信息导致成功率不高.因此我们认为现阶段形态鉴定依然是小型兽类鉴定的基石和主要手段,DNA条形码技术可以作为重要的补充手段,对形态鉴定的结果进行检验.最后本文认为DNA条形码鉴定前景非常乐观,但在现阶段的使用中应与经典分类紧密结合并尽可能保存凭证标本.     

鼩鼱科三物种转录组初步分析

中国是鼩鼱科物种十分丰富的国家,已知有12属61个物种在中国分布,并演化出多种生态适应型。本研究采用高通量测序技术对小纹背鼩鼱、云南长尾鼩鼱和蹼足鼩3个物种的心和肺组织样本进行转录组测序。其中小纹背鼩鼱和云南长尾鼩营地表生活,蹼足鼩适应半水生生活。3个物种的转录组测序一共获得20.5 Gb的Clean Data,拼接后分别获得131 045条、153 621条和135 838条Unigenes,BUSCO分析显示其中完整的保守基因最高为82.2%,共有同源基因家族超过8 000个。此外,我们发现通过优化分析方案,可以将单拷贝基因的比例提高18%~25%,同时将多拷贝基因比例从28.4%~31.8%降为0.7%~1.1%。同物种不同组织间的基因差异表达分析找到各组织的标志性基因。转录组差异表达分析发现,蹼足鼩心脏和肺均高表达HIF1A基因,该基因是缺氧诱导因子信号通路中的关键基因,调节下游与缺氧应激相关基因的表达,可能与水生适应有关。     

云南兽类鼠科一新纪录——南洋鼠

正中国科学院昆明动物研究所哺乳动物生态与进化学科组于2014年9月20日在云南省西双版纳傣族自治州景洪市勐龙镇勐宋村(北纬21°30'00″,东经100°29'24″,海拔1 604 m)附近的常绿阔叶林中使用sherman捕获两号疑似费氏树鼠属标本。通过形态学鉴定结合分子遗传比较,确定这两号标本为南洋鼠(Chiromyscus langbianis)。