红鲫C1HD近交系RAPD标记的建立

目的建立红鲫C1HD近交系的RAPD标记。方法从80条随机引物中筛选出20条扩增效果和多态性较好的引物,对8尾红鲫C1HD近交系和8尾普通红鲫基因组DNA进行RAPD扩增。结果S333引物扩增出一条特异性条带,大小约为2.1 kb。结论S333引物扩增出的特异性条带可以作为区分普通红鲫与红鲫C1HD近交系的分子遗传标记。     

中华鳖孵化一周胚胎的肾脏/尿生殖嵴混合组织的cDNA文库构建与特征

为克隆到与胚胎发育有关的新基因,以孵化一周的中华鳖(Trionyxsinensis)胚胎的肾脏及尿生殖嵴混合组织为原始材料,采用SMART和长距离PCR技术,构建了一个中华鳖cDNA表达文库。分析结果表明,该未扩增的cDNA文库大约含有4.134×105个克隆。任意挑取了192个克隆,提取质粒后用SfiⅠ酶切鉴定表明没有插入片段的克隆为9个,插入了cDNA片段的克隆为183个,插入的cDNA片段大小范围为0.4-3.8kb。其中,插入片段在0.4-1.0kb之间的克隆为19个,在1.1-2.0kb之间的克隆为53个,在2.1-3.0kb之间的克隆为92个,大于3.1kb的克隆为19个。另外,任意挑选45个克隆,提取质粒后,从5′端进行测序,Blast分析表明,除了21个序列在GenBank中找不到同源序列外,其余24个序列在GenBank中均被证实有各自相应的同源序列,这些序列代表6种类型的基因核糖体蛋白基因、代谢酶基因、组织特异性表达的基因、转录因子基因、受体蛋白基因及其它基因。该发育阶段特异性cDNA文库可以进一步用于中华鳖胚胎发育过程中相关基因的鉴定分离、结构功能分析、以及表达调控机制等研究。     

中华鳖HMG1基因的克隆与序列分析

为了解中华鳖(Pelodiscus sinensis)HMG1(High mobility group 1)的基因结构,利用RT-PCR,从中华鳖肝脏组织的总RNA中,克隆并测序了中华鳖HMG1cDNA片段,结果表明,中华鳖HMG1基因的开放读码框(Open reading frame,ORF)长度为606 bp,编码202个氨基酸。中华鳖HMG1多肽链主要包含三个保守的区域:位于多肽链N端的HMG盒区1(第9—80个氨基酸之间);位于多肽链中心的HMG盒区2(第89—162个氨基酸之间);位于多肽链C端的富含酸性氨基酸区域(第163—202个氨基酸之间)。在2个HMG盒区范围内,中华鳖HMG1多肽链与红原鸡、人、虹鳟等物种的HMG1多肽链相比,氨基酸同源性依次为96.5%、74%和67%。排序比较显示,不同物种HMG1多肽链之间的富含酸性氨基酸区域的长度是不同的,暗示了HMG1多肽链富含酸性氨基酸区域的长度可能受到选择压力的影响,但这种选择压力没有使谷氨酸和天冬氨酸这两种酸性氨基酸之间区分开来。系统发生分析表明,脊椎动物HMG1基因的HMG盒区1和盒区2分别形成了2个亚族。本研究首次报道爬行动物的HMG1基因。       

扬子鳄的CaSox4基因的分子克隆和进化分析

The completely identical HMG-box motif of CaSox4 gene from both male and female genomic DNA of the Chinese alligator (alligator sinensis) was cloned and sequenced by degenerate primer PCR.Compared with the human and mouse SRY,CaSox4 revealed 51% and 57% nucleotide homology respectively and 49% and 55% amino acid identity respectively,CaSox4 belongs to subgroup C of the Sox gene family.The GC content is 86% in the HMG-box region of the CaSox4 gene,Blast analysis showed that the CaSox4 gene shares 100^ amino acid identity with human Sox4.bird SoxLF4,turtle Sra4 and lizard CvSox4 genes.Casox4 may be orthologous with the human SOx4 gene.This indicates that CaSox4 gene shows the remarkable evolutionary conservation during the evolution of Alligator Sinensis,The extensive sequence conservation of the Sox4 gene between reptiles,mammals and birds suggests major functional constraints[Acta Zoologica Sinica 49(3):404-407,2003].