不同生长阶段舜皇山土猪肠道微生物组成与多样性

目的挖掘肠道微生物在舜皇山土猪耐粗饲及抗病等方面的作用,为舜皇山土猪的饲养与保护以及益生菌的开发提供理论依据。方法采集3个生长阶段的舜皇山土猪粪便样品,各4~5组,进行16S rDNA V3-V4区基因高通量测序,分析其微生物的组成及多样性。结果舜皇山土猪肠道微生物主要由拟杆菌门(Bacteroides)、厚壁菌门(Firmicutes)组成,但这两个主要门类的丰富度在各生长阶段有较大差异,且哺乳猪肠道的变形菌门(Proteobacteria)丰富度明显高于其他生长阶段。舜皇山土猪肠道内的Firmicutes/Bacteroides(F/B)比例较低,具有较高的瘦肉率的潜力,但并未表现出很高的瘦肉率,推测与其自身生长缓慢有关。不同生长阶段舜皇山土猪肠道微生物中的优势菌属有所不同,但普氏菌、考拉杆菌属、瘤胃菌科是它们的共性菌,这与商品化猪肠道的优势属(主要是乳杆菌、链球菌等)存在明显差异。考拉杆菌属在肠道微生态的动态平衡方面起着至关重要的作用,并且在含致病菌较少的保育猪中丰富度较高,推测其在舜皇山土猪抗病特性方面具有重要作用。与其他两个生长阶段的猪相比,哺乳猪丰富度差异显著的细菌菌属有23种,保育猪12种,育肥猪27种,但它们含有较多的益生菌,如SCFAs产生菌、木聚糖降解菌、纤维降解菌等,推测与其耐粗饲料特性相关。结论舜皇山土猪的发育状态以及饮食习惯影响其肠道微生物的组成。舜皇山土猪的瘦肉率受肠道内F/B比例的影响,同时其自身生长速率也有可能影响其瘦肉率。考拉菌属可能在舜皇山土猪抗病特性方面具有重要作用。舜皇山土猪肠道内的木聚糖降解菌、纤维降解菌等微生物是其耐粗饲的主要原因。     

一种经济快速提取丝状真菌基因组DNA的方法

以螺旋木霉(Trichoderma SpiraleXX)、小克银汉霉(Cunninghamella phaeospora MK)和卵形孢球托霉(Gongronella butleri XT)3种丝状真菌为材料,采用改进的CTAB法提取基因组DNA.方法改进后无需液氮、聚乙烯砒咯烷酮(PVP)和NaAc等试剂,过程简洁,且所需菌体量少,提取的DNA纯度较好,适用于一次微量提取多个样品的基因组DNA.此方法得到的基因组DNA可用于PCR扩增.     

原核生物毒素-抗毒素系统的研究进展

毒素-抗毒素系统(toxin-antitoxin system,TA)由具有杀菌或抑菌作用的毒素和能中和毒素毒性的抗毒素组成,在细菌和古菌的染色体和可移动遗传元件中分布广泛。TA系统具有结构和功能的多样性,目前分为八大类型(Ⅰ-Ⅷ型)。研究发现TA系统与细菌生物膜的形成、细菌毒力、耐药性细菌感染、质粒拷贝数的调控及原噬菌体切离后在细胞中的稳定维持等相关。文章综述了近年来TA系统的最新分类、TA系统的功能及抗毒素的其他调控功能等进展,并对TA领域的应用做了简要描述。     

细菌的毒素-抗毒素系统:定时炸弹还是免死金牌

毒素-抗毒素系统(Toxin-antitoxin system,TA)在细菌和古菌的染色体和可移动遗传元件中广泛分布,目前分为六大类型(I型-VI型)。研究发现TA能够促进多重耐药菌群的形成,同时参与细菌的程序性死亡、调控生物被膜形成、介导细菌环境适应过程等多个重要的生命过程。TA的研究主要集中在肠道细菌和病原菌中,其中II型TA研究最为深入和广泛。本文综述了近年来新型TA的鉴定、毒素新型作用靶点、抗毒素的调控功能以及TA间的相互作用等进展,并对未来的TA领域的潜在发展趋势和应用前景也进行了评述。     

双歧杆菌中CRISPRCas系统生物信息学分析

目的加深对双歧杆菌中CRISPRCas系统结构特征与作用机制的认识,为基于内源性CRISPRCas系统构建基因编辑工具提供基础。方法以实验室保存的39株双歧杆菌为研究对象,找出基因组中的CRISPR簇与cas基因,并对各分型系统中CRISPR的repeat序列保守性、spacer分布特征和某些Cas蛋白序列进行生物信息学分析。结果39株双歧杆菌中含CRISPR菌株的比例为61.5%(24/39),相同分型系统的repeat序列有保守的回文重复序列,II型系统的tracrRNA可结合crRNA形成保守的结构,菌株内spacer重复分布发生较常见且类型多样,菌株间Cas1的序列同源性与系统分型相关而与种属无关,IIA型与IIC型系统的Cas9结构域构成差异明显。结论双歧杆菌中含CRISPRCas系统的菌株的比例较高,CRISPR序列重组比较活跃,在构建可移动基因编辑工具方面双歧杆菌内源性IIC型系统具有优势。     

不同被捕食细菌对新疆盐碱地粘细菌分离的影响

【目的】利用被捕食细菌诱导粘细菌形成子实体的方法分离新疆盐碱地粘细菌,并初步分析被捕食菌与被诱导粘细菌之间关系。【方法】从盐碱地分离出16株对粘细菌具有不同诱导作用的被捕食细菌,将其用以分离新疆阿克苏地区盐碱地粘细菌。【结果】对25个盐碱地土样的粘细菌进行分离,共分离到55株粘细菌,结合分子生物学手段和形态学特征,初步将其归属为粘球菌属、珊瑚球菌属、Pyxidicoccus、孢囊杆菌属和侏囊菌属及6株无法纯化的疑似粘细菌。供试的16株被捕食细菌诱导粘球菌属均具有较好效果,而Pyxidicoccus和孢囊杆菌只能由革兰氏阳性菌诱导。【结论】与传统分离方法比较,采用多种被捕食细菌分离粘细菌其出菌率明显提高,数量增加,且易观察和挑取,有利于后续纯化。不同粘细菌的捕食菌谱及捕食嗜好不同,增加被捕食细菌筛选范围可能会提高粘细菌的分离效率。本研究采用被捕食菌分离粘细菌的方法为粘细菌的分离提供了新思路与途径。